 La chirurgie n'est pas systématiquement proposée dans le cadre de la prise en charge de l'endométriose. Elle peut être proposée dans le bilan d'une infertilité de couple, ou pour faire le diagnostic d'endométriose, ou enfin pour traiter des lésions profondes. Elle est réalisée parfois avec l'aide des chirurgiens digestifs ou urologues. C'est une chirurgie qui est réalisée parfois mini-invasive à l'aide de techniques avancées.