 Hi, everyone. Welcome back for the second part of my talk in which we discussed how to use an unse judgment techniques in order to improve the predictive power and accuracy of molecular docking. And the last case study we will see concerns protocol that we developed in our lab in collaboration with Alexander Bombardini in Utec and Fabipi Trucci in Paris, in which we applied the famous technique The Meta Dynamics, in vprašanja compensate for the protein of the protein in to sailed to sample a low-light In this video, the Meta Dynamics works by adding bias to a set of the collective variables that should represent rare emotions in the systems it should not sample during unbiased molecular dynamics simulations in order to force the system to escape minima. Kaj, ki je nekaj nekaj nekaj minima, je stručnja stručnja obrženja na postručnju, da je, da je zvonjšel na sistem, da je od toj sistem, je to prišljeno, da je pošlo, da je zvonjšel začel, da je zvonjšel, da je obrženja na stratu, nekaj je stručnja na sestu. The way this is implemented is the following. You basically add bias potenčnjih, potenčnjih, v spasih tegulatičnih variabov, in tvoj izgleda se na formu gavšanih. In tvoj izgleda, kaj ima izgleda, izgleda vse konformacije, in kako je konformacija selektivne teori, je korrekt, če smo se da se počelili, da se počelila mali informacija. In sveč ne museli si odvijati, da si ne možemo naštah ga izvajiete in informacije o konflikte. Likaj se sebejtez, de firearm. V taj vseč sem tego, premačnječno, nače in ozvodno, metodemamik, je zvodnja metodememika včo premačnja. Pozirujem izvodnih možosti, zelo zdaj v Barduci, Bussi in Barglinalo, v kaj načo potenčnje izdeje včasne odgledo. Vseč je zelo vsobno, ker smo izgledo izgledo vsečnje. This is important, because if you put too much energy in the system, you can end up in distortions of your system. And also if you perform long enough simulation, your statistical sample will improve and the error associated with the evaluation of the free energy, that is the negative image ki se vzivimo, da je začeljena z vsem zestavljaj. In teknik, da je zelo vzivila v Lajo in Parinello, je tudi vziv, da bi je vziv začetjena metodranamikov. Časno njeste, da vzivimo replikac in zelo vziv vziv z vzivimi replikac in nekaj kretjave, We see with repugn GRSzone molecule in dynamic simulations Our approach which we call EdES that means Ensemble docking with sample of pocket shape consists of four major blocks In the first one we identify the structure of the system and the sampling site The stage can be identified either by asploiting in izgledajte informacije in zelo se z vseh metodov, ki se je zelo vseh labov, vših vseh vseh vseh mlade, in izgledajte, da je potrativ vseh vseh vseh. Zato vseh izgledajte počet, da se izgledajte vseh vseh vseh vseh vseh, da se zelo vseh vseh vseh vseh vseh vseh. In zato vseh vseh vseh vseh vseh vseh. Prv je, da je vse vse vse zelo vnenje ili izgleda. Zato imaš vse izgleda, da je vse vse izgleda, ki je vse zelo vse začnev, kako je zaprezentala, začno vse od različnev vse zaprezentala. Zazveš vse zelo vse inrša začnev. Vse začnev je vse zelo vse, je tudi autogonal za vse energije vzgleda z vrti zelo, in vzgleda vzgleda z vrti zelo. Kako se vzgleda, da se vzgleda 3 energije vzgleda, bude se vzgleda CIP, kontax vzgleda z vrti zelo. To je vzgleda z vrti, ko je vzgleda. Zato, kako se dobilo? Zato, da se je ovo prišli do vrstvih, a se bo vzgledati s dvim vrstvih, nekaj na vrstvih, na vrstvih, na vrstvih, na vrstvih. In početno, da se bilo vzgledati v kontakti vzgledati vrstvih vrstvih, zazvali zazvali zazvali. In vzgledati vzgledati vzgledati vrstvih vrstvih, potrebne plajele v spljegi in štečnjem plajenju treši, kar je otopovano,ится bil treši otopovano z glaserih z spljegem. Tukaj je občas, ta čas občas dela, dar vsi ima v našem zrindu. Vkreda tudi, imamo vidnje, nekinak poločne ihrojem do glasbenih. v tem, da je pedena, da se je umetila, in se je naparjena, da se je znažila, da je pridun kaj nakrečutak, in tjera, da je naparjena, in se je naparjena, kaj da je naparjena. Će se je naparjena, da je naparjena, in se je naparjena, da je naparjena, kaj je naparjena, premajno vse Bonoše vse začasovati, je začasovati režite na radiosobgerična, v kratu, da sem začasovati vse začasovati, in vse izgleda stabilizacija, z tvojim simulacijem, da je valjevanje radiosobgerične, da je verji sebe spolivitve, danes je valjevanje, je danes izgleda režite, in prišli od njih zelo v nekaj zelo, potem se vse zelo v 3 zelo. Zelo smo testili na tudi, na 3 zelo površtih sistemov, in površtih ljubov, in način način način v površtih. In prišli, da testi, način način vštih sistemov. Prvno je, način vsega in zelo, način način način, način način, način način način način, Se vzalizovujemo, da te istražimo besedine, ta ztešnja ima vela in je zadinga trafi trpnij, lesi vzalizom. Vičo pred ovoj skazov, je dostavno, da smo naj灭em po deli, in je tudi tem bolj komprešta tega vzalizovana začeljima. Zelo, ta drzina je bomo vzalizovana v nečej tega, v tudi se Sara da se nijak predrežili nekaj posleda autodokrf.r, začaj se je tudi reflet. Potem se vsezaj, da je vsezaj autodokrf.r in vina nekaj posleda nekaj neko počet in početna početna početna na vsezaj system. Zelo sezaj je betaglokozil transfer, občas od udp. Protočenje tukaj, kaj je tukaj inžbenje možnosti tukaj, zelo prišli at least 4-5 rezidusje, ki je tukaj, kaj je tukaj maženta, tukaj je tukaj veliko konformacijne vsečenje tukaj. Vseč, tukaj je vsečenje vsečenje tukaj vsečenje tukaj inžbenje konformacijne vsečenje tukaj vsečenje tukaj vsečenje tukaj vsečenje tukaj. in prizvaj je prizvoz, da je prezor je 10%. Zelo je to prizvaj pojadno, kaj je prizvaj kaj, da bomo tukaj besedil iz Salier in Grob. Zelo se da je dvoj tukaj, ki so nekaj poskup, nekaj nativljaj poskup, je pomegaj vtov poskupu 100. To je poskup iz Betaglokosilj transparizv. Tudi je, da je bilo bolj postavilo zepustovati z monati, očasno je veliko vzivati na vzivutih bilojzivih, če je tudi sva izgleda, da je bilo veliko vziv, če je bilojziv vzivati na vzivutih, če je bilojziv vziv in če je bilojziv vziv. V sej delavnih biloji vziv, da je bilojziv vziv, če je bilojziv vziv, for angstrom and the compression of the binding site itself amounts to about 25%. So, we perform at standard MD simulations in order to provide confirmation to perform standard ensemble docking calculations, in particular for each system we perform 10 microsecond long simulations, we also perform simulations of the complex in order to have confirmations that should resemble the experimental one. And then we applied our IDS protocol. And in order to test the performance of our protocol with different docking softwares, we use a dock, an auto dock, which differ both in the searching algorithm for pauses and in the scoring of the same pauses. So, here are the results in terms of sampling of native-like structures, shown for the metagrupusin transferase case. Yeah, here you can see in gray the X-ray structure of the complex. And in red the structure sampled by unbiased molecular dynamic simulations that feature the lowest RMSD of the binding site with respect to the X-ray auto structure. You can see that the binding site is reproduced fairly well, but there are important deviations and in particular you can see an argining here that points in the place where the ligand should bind that is shown here by this transparent blob surface. And in the case of IDS, instead, we were able to reproduce much better the conformation of the binding site. And in particular, we were able to force this argining that should be actually in normal condition, searching for H bond patterns and so is not surprising that it is in the middle of the binding site, solvated, to assume confirmations that are similar to that assumed in the presence of the ligand. To quantify better these results, we show in this table the percentage of structures generated by all protocols and featuring an RMSD of the binding site lower than two ends. So you can see that apart from the case of pricing where all the approaches were substantially equivalent, in the case of beta-gurcosyl transferase and allos protein, the unbiased MD was able to was unable to generate any conformation satisfying this constraint. While our approach was able to generate a significant although, of course, low fraction of conformations featuring a very low RMSD 1.3 or 1.2 with respect to the X-ray conformation. And this fraction was maintained or increased when we went to extrapolate the clusters to be used for docking calculations. In terms of docking, you can see here the results from unbiased simulations, you can see that again apart from rising in which the top pose was the native like one, in all the other cases, the closest pose to the native like is ranked very high in the ranking. While using our approach, we were able to have the native like poses well reproduced and almost always as the top one. So also our approach was able to improve the sampling of all alike conformations of different targets and to improve that in this way the results of molecular docking calculations. So to summarize, I hope that I shown you that using different computational techniques to announce the sampling of proteins, we can improve the accuracy of molecular docking. And there are several techniques available. You can choose the one you prefer. And of course, this will depend on the application. Clearly there are many other techniques I didn't have time to discuss. You can also consider to use hybrid approaches. For instance, considering different levels of flexibility or representing a part of the protein using coarse grain models and the other one using optimistic models. And of course, if you can use experimental information that will probably improve your output, but the implication must be clear in terms of biasing the chemical space of putative leads towards the ones that are giving you the information you are exporting. OK, so I'm done. Thank you again for listening to this lecture. And we are ready for taking your comments and questions.