 Olá, pessoal! Sejam todos bem-vindos e bem-vindas. Essa é a segunda sessão do treinamento de março de 2023 do NFCORP, certo? Então, com o quarto daqui mais tarde com vocês, ontem a gente teve a primeira sessão, certo? A primeira sessão desse treinamento. Fazer um recap aqui rapidamente, lembrando que tem em cinco idiomas. Essa é a sessão em português, mas todas as sessões, as quatro, as sessões dos quatro dias, você vai ter ela disponível em português, inglês, francês, espanhol e rindinho, certo? Então, aqui é a sessão em português, já falamos sobre isso aqui ontem, mas em resumo, ontem, na primeira sessão, a gente teve uma introdução muito rápida, assim, uma sessão muito profunda sobre o nextflow e o projeto NFCORP. Teve uma projeção mais aprofundada sobre o nextflow em si. Hoje é um dia que vamos falar um pouco mais do NFCORP, mas esteve sobre o nextflow ontem. Um pouquinho do NFCORP, e aí nós começamos o material de treinamento, que foi esse material aqui, certo? Training.nextflow.io, a gente entrou aqui, colocou para português, e a gente pegou essa primeira sessão aqui de bem-vindo com o coração do ambiente, introdução e um pipeline simples de RNA-seq, certo? Então, foi o que a gente viu ontem. Hoje nós vamos ter um foco muito maior no projeto NFCORP, nas tecnologias do NFCORP, nos pipelines do NFCORP, certo? Então, vai ter aí uma introdução ao projeto, como você navegar no site, um pouquinho de como utilizar as ferramentas do ponto de vista do usuário, depois como utilizar as ferramentas do ponto de vista do desenvolvedor, de quem está criando ou editando, atualizando, adaptando um pipeline, e o último subcapítulo de hoje, digamos assim, vai ser sobre módulos e subworkflows do NFCORP, e aí ele encerra esse dia de hoje, esse é o segundo na sessão, certo? Amanhã, nós vamos voltar para aquele material de treinamento que a gente não vai usar hoje, aquele training.nextflow.io que a gente não vai usar hoje. A gente retorna para ele para falar de dependência de containers, canais, processos de operadores, introdução, groove, modularização. Assim como ontem, que eu mencionei hoje, eu vou repetir agora, em vários momentos nós vamos pinçar alguns conceitos de algumas ferramentas e eu vou falar pessoal, apenas vejam como está funcionando, beleza, entendam a parte prática disso, mas saibam que amanhã que a gente vai, de fato, entender em mais detalhes, então vou falar algumas coisas hoje, na sessão de principalmente aqui no final, que eu falo de módulos e subworkflows hoje, resolver módulos e subworkflows, mas eu vou entender de fato em detalhes no final do dia de amanhã, nesse capítulo do material de treinamento e modularização. Dado impedimento você de checar o material, ele está público, mas se quiserem seguir a ordem, aguarda um pouquinho, vai ser melhor ver após ter visto que forma prática o que significa, certo? E aí no último dia nós continuaremos o material de treinamento, o training.nextflow.io, e vamos ver a parte de configuração, sinal de implantação, cache de um solução de problemas e introdução ao nextflow tower, que é uma tecnologia muito interessante, certo? Reforçando, vamos sempre ter sempre o possível de fazer algo prático. Nós vamos utilizar os alguinhas do Gitpod, que são magras virtuais, no seu navegador web, onde você pode entrar como um site, tem tudo instalado e configurado pronto para você usar e praticar, que é um perfeito treinamento e esse tipo de ambiente. Então vamos colocar no alça do Gitpod hoje e amanhã e no posterior, nas quatro sessões, aqui o link, sempre estou repetindo, o training.nextflow.io, lembrando que as dúvidas, tem vários canais do NFCore, inclusive tem um canal de ajuda, um Realtop lá, tem um canal que é o Readio Latin America, para perguntas em português espanhol, vocês podem perguntar em qualquer canal, inclusive nesses, só que durante essa semana do treinamento, eu recomendo que vocês perguntem nesses canais específicos criados para isso, certo? Aqui no caso seria esse aqui do português, porque tem pessoas que estão especificamente em treinamento e treinadeção nesses canais para ajudar vocês. Então embora você possa perguntar em qualquer canal e provavelmente ele saberá ajuda em qualquer um, dado que seja do topo que você está procurando, eu recomendo nesses semana do treinamento utilizar esse canal, certo? Então vamos lá. Vamos entrar aqui no site, certo, do NFCore, e vamos fazer um passeiozinho para vocês entenderem tudo que tem aqui dentro, certo? Então tem algumas informações aqui que eu mencionei no primeiro dia, na apresentação, nos slides, que eu fui bem a fundo sobre o que é o NFCore, não em termos de profundidade de detalhe, mas de amplitude, e falar de várias coisas ao mesmo tempo relacionadas. A gente viu que são pipelines, são otimizados, feitos para funcionar em vários ambientes diferentes, testados, tem ativos científicos utilizando eles, citando para você ver o quanto utilizado é um pipeline, eles têm documentação, eles têm uma automação de controle e de teste, então sempre que tem uma nova versão do pipeline, automaticamente ele é testado para garantir que nada quebrou, que não tem um novo bug sendo inserido, certo? Isso a gente conta com o patrocínio da Amazon e da Microsoft, que dê esses ambientes na moving com recursos deles, para a gente fazer esses testes, certo? E assim como o próprio grant do CGI, do Channels, do Quebec Foundation, initiative que financia em parte o NFCore e até o NextFlow, certo? Também como eu falei, ferramentas e templates, modelos de como desenvolver esses pipelines com as melhores práticas, assim como os gold standards, tanto isso reforçando aqui, a computação e tem esses módulos de pacotados, os próprios pipelines são esses módulos de pacotados isolados, tem essa busca de portabilidade e reproduzibilidade, nós temos várias releases, versões novas, os pipelines, mas tem as status, são as profiáveis e cloud ready, os pipelines do NFCore estão sempre prontos para ser enrodados localmente, no cluster de instituição, mas também na nuvem, principalmente na Amazon. A gente trabalha agora para levar isso para outras plataformas de nuvens, certo? A tua ideia é que não é ser apenas mais um arquivador de pipelines, se ele joga pipelines lá, o item não é esse. O item é desenvolver com a comunidade, certo? Tem uma base em comum para que fique fácil, pode ser ajudar em ter os modelos e as necessidades de melhores práticas e ferramentas, certo? E a ideia que eu repostei muito é de colaborar e não duplicar. Então, ah, eu estou aprendendo a utilizar as ferramentas do NFCore, Marcel, eu vou criar um pipeline e oferecer como doação por NFCore. Antes de começar a trabalhar nisso, chega junto e a gente conversa, fala, oh, estou pensando fazer um pipeline assim, assim é assado, vocês têm interesse, o que pode ser que já existe um pipeline muito parecido. E como a gente não é a forma de duplicar, né, dobrar os esforços, repetir esforços com pipelines muito parecidos, a gente não vai ter como aceitar este pipeline. Então, logo cedinho, antes de começar a tomar a massa, já conversa com a gente, olha, tem esse interesse, tem um pipeline assim, porque você vê se vocês querem que ele seja parte do guarda chude pipeline do NFCore. E aí a gente conversa, certo? O NFCore, ele é uma ferramenta independente do NextLow, certo? Vocês estão vendo aqui para instalar, ele é um pacote do Python, então você pode instalar com o PIP, que é um software para gerenciar pacotes Python, certo? Então você consegue instalar o NFCore com o PIP. Aqui a gente viu ontem, que é uma linha, que eu mando muito simples para instalar o NextLow, né? Então você alô os dois e já consegue utilizá-los juntos para fazer como você quer, certo? As informações aqui, beleza, a gente pode ver uma lista completa aqui de todas as empresas e instituições que tem em vários lugares do mundo. Essa lista é um pouco desatualizada, né? Tem lugares no Brasil já, mas vejam que tem gente, assim, CRG, que é uma circulação genônica muito famosa em Barcelona, o Cancer Research UK, você vai ter o Sangre Institute, o Francis Crick Institute, o Kibik na Alemanha, você vai ter aqui até o NDI na Suécia, você vai ter um estudo Corri na França, você vai ter aqui New York University, Berkeley, você vê vários locais de SNS que utilizam o NFCore regularmente, certo? Beleza, voltamos para a prática inicial aqui de página em página, né? Então, clicando aqui em Pipelines, aqui em cima, você consegue ter uma lista de todos os pipelines do NFCore, então você vê que já existem 47 com versões estáveis, que é um grande marco de desenvolvimento pipeline, mas tem vários que estão em desenvolvimento e foram arquivados, né? Foram substituídos por outro, os autores não quiseram continuar o desenvolvimento é uma coisa assim. Aqui está em ordem de conversão, mas pode ser por mais estrelas no GitHub, ordem afabética, certo? Apesar, por exemplo, de estrelas, acho que a Arnais SIG, que tem mais estrelas no GitHub, então aqui é um pipeline, você pode ver, ah, Attack Sack, e aqui alguns que trabalham com Attack Sack, Single Cell, você vai ter Sysmar Sack aqui, o próprio Arnais SIG também tem aqui, o Small Arnais SIG, você também tem aqui Single Cell, Arnais SIG, então você se coloca algumas palavras chaves e você consegue encontrar o pipeline que mais está alinhado com o que você está procurando, certo? Bora pegar aqui o Arnais SIG, é um bem famoso, um dos mais famosos, né? É muito comum. A gente tem algumas palavras chaves, certo? Uma descrição dele é a última versão. E ela foi publicada dois meses atrás. Agora clicar nele aqui, por exemplo, um pouquinho. Estão entrando aqui, você tem a página do pipeline, certo? Ele tem toda uma introdução aqui do que é as pipelines, as ferramentas, se tem algum vídeo online sobre pipeline, certo? A gente tem um project que tem uma palestra de 20, 30 minutos, 15, 20, 30 minutos, onde alguém encontra falar sobre alguma coisa, então quando tem um site-stop como pipeline, ele já aparece aqui do lado, então o rutor patial, ele deu essa palestra sobre o pipeline do Arnais SIG, o NFCore, você pode clicar para assistir aqui. Aqui tem rapidamente com o Rodeis pipeline, com o programa de linha de comando do NFCore, com o Nextflow e com o Tower, que é outra ferramenta que a gente vai ver mais para o final do treinamento, certo? Há algumas formações aqui de estatística sobre o pipeline, então a última introdução foi um dia atrás, tem três públicos conhecidos, abertos, para quem tem diversão do código, são pedidos de modificação, no código a gente fez uma melhoria que é acrescentar a base padrão. Pessoas que já colaboraram com o pipeline, tem vários que vocês podem ver. E aqui você tem um sumar do pipeline, geralmente vários deles vão ter esse gráfico de metrô, esse subway plot que a gente chama. Então você tem aqui cada bolinha em uma etapa, os diferentes métodos que podem ser utilizados, que o pipeline lhe porta vários modos de funcionamento, com um alinhador, com o outro, com tal versão, enfim. Aqui você vai ter esses passapassos explicados com as suas ferramentas. Aqui um comece rápido, digamos assim, de como utilizar a versão necessária. São algumas formações aqui do pipeline em si, como a versão crélite, então na encofa, as instituições que estiverem envolvidas no desenvolvimento desse pipeline, se você quiser citar, então aqui tem um dói pra você citar no teu artigo, se você estiver utilizando esse pipeline, certo? E tem inclusive o paper do projeto do NFCore, que a gente recomenda que cite também. Botando aqui pra a parte de cima da página, como eu falei, sempre que tem uma versão nova de cada pipeline que tem bastados na nuvem, então clicando aqui na WS for results você consegue ver os resultados do pipeline que rodou com o sucesso na nuvem da Amazon. Se for com método com Starr e com Salman, eu clique aqui e vejo alguns arquivos. Esse aqui é o que a gente viu ontem, o publishspeed, que eu escolhi o diretor específico pra colocar os resultados que me interessam. Não os arquivos intermediários, que estão na pasta work, então posso ver aqui no Você vê aqui o report, né? Você consegue abrir aqui. Aí ele abriu aqui embaixo, na real. Demorou um pouquinho. Então, o que ele... A gente viu ontem do modo que o C aqui eu vejo, com bem mais amostras, deu um teste um pouco mais real, várias informações, certo? Várias ferramentas foram utilizadas. Então, isso aqui é uma execução, um round test, mas ainda assim, não tão distanto do real, né? Com várias amostras, várias ferramentas, e assim por diante. A página do NFCore, ele vai ter essa aba que é o results, para você ver os resultados, certo? Tem aqui a documentação de uso. Isso aqui é um pouco menos sobre o que é o pipeline, mas como utilizá-lo? Então, quais são os parâmetros, como você deve informar, onde estão as amostras, os dados, para que o pipeline funcione, certo? As opções dele, é que você pode utilizar o Star para alinhar, para utilizar o Salmon, que é o seu alinhador, o Highset 2, enfim. As opções de quantificação. Então, são várias informações de fato como utilizar o pipeline, certo? Com as dicas. Como você pode atualizar, enfim. Várias informações. Quem vai utilizar, ah, eu quero utilizar a maçã, esse pipeline do NFCore Arnecique. Beleza, a primeira coisa que eu recomendo é ler toda aquela primeira página, certo aqui no topo, o Introduction, ler-se os Docs, e, na verdade, ler tudo, né? Investigar um pouco essa pação de resultados de parâmetros, ver cada parâmetro que ele tem, certo? O que é obrigatório, você, por exemplo, tem que dar o parâmetro de um diretor para só fazer resultados. Se não, ele vai dar um e falar no opósito do pipeline, que você não deu um diretor de sair. Então, você tem que dar esse diretor, se você é requerido, né? Outros, nem tanto. Mas tem, ah, como você pode ver aqui, você vai baixando, ele vai expandindo aqui todos os parâmetros relacionados aqui a humanidade. Tem algumas opções linduras, né? Vai descendo. A opção de alinhamento, certo? O que você pode pular. Então, ah, eu não quero utilizar o PolyMap. É só usar o parâmetro no traço-traço e skip com o PolyMap, né? Algumas opções genéricas. E tem bem uns parâmetros escondidos, né? Que você pode ficar aqui, e ele vai te mostrar alguns parâmetros que, apesar de não poluir tanto dessa grama de parâmetros, né? Você consegue ver clicando aqui. Aqui é um pouco de documentação sobre a saída, certo? O que... E realmente ele ajudar a interpretar as saídas desse pipeline. Então, vai ter aqui, essa... uma sessãozinha aqui, OutputDocs, e algumas estatísticas aqui, certo? Sobre o pipeline em si. Então, de cada versão, foi das vezes atrás, três vezes atrás, um ano atrás. Então, o pipeline que há cinco anos que ele é desenvolvido, né? Aqui você consegue ver quantas estrelas e as vezes foi forcado, foi, né? O próprio repositório, número de commits, contribuidores, certo? Aqui em relação a clones. Então, você vê várias estatísticas, né? Contribuidores sobre o pipeline em si. Lembrando que, a todo instante, enquanto eu vejo a documentação, eu posso aqui mudar a versão. Então, eu vou estar aqui para essa parte de introdução. Essa aqui é a documentação de introdução para a versão a última, que é essa 3.10.1. Se eu for para 2.0, já muda, né? Era um outro pipeline com outras ferramentas, às vezes. E ele avisa, oh, essa página é para uma versão antiga do pipeline. A última estável é essa aqui. Então, idealmente, sempre procura utilizar a última estável, porque tem correção de falhas, ferramentas mais modernas, as suas versões atualizadas, e assim por diante. Então, essa aqui é a parte do pipeline. Retivil brinca um pouco o Arne Sik. Mas, como eu falei, eu posso ver aqui o Tax Profiler. E, mais uma vez, tem tudo que a gente está ramendo. Então, todas as pipelines vão ter a maneira dos estáveis, né? Todos esses campos, essas páginas preenchidas. Eu cheguei a falar um pouco de módulos, eu estava com 700 e poucos módulos no slide, e falei que tinha passado de 800 já. Então, aqui eu tenho 834 módulos hoje, prontos para ser utilizados. E, muito parecido com o pipeline, caramba, tem sua página, né? Então, eu vou vir aqui o SamTools, que é um módulo muito conhecido. O SamTools está aqui ali. Então, eu clico nele, e ele tem várias... Embaixo de uma ferramenta, que eu vou fazer com ele. Então, aqui eu tenho um módulo de SamTools para ampliar com chip, aqui para BAN2... Eu vou ver esse aqui bem simples. É um módulo que usa o BAN2FQ dos saltos para converter Sam, BAN e Chrome, esses formatos para o FastQ. Então, eu vou clicar aqui, vamos ver um pouquinho mais sobre esse cara. Ele vai mostrar a descrição, que a gente acabou de ler, o autor, certo? Como instalar, tem um comando pronto do pipeline. Tem a cama que vamos ver hoje ao longo do dia como fazer isso. Mas ele mostra, esse módulo que ele mostra são processos, né? São etapas do pipeline. Essa etapa, esse processo, ele vai receber uma variável de meta, que vai ter, por exemplo, um ID daquela mostra, esse é single-end para N, para quem não é de BINformatica, né? Isso tem relação com o arquilo, como os dados estão organizados, certo? Tem o input BAN, que vai ser um caminho para o arquivo desse formato. Ele vai ter um parâmetro chamado de Split, que é um boleano eredrofalso, e que ele explica o que isso significa. E para a saída, vai sair o ID, vai sair a versão, vai sair as leituras, enfim. Tem essa explicação aqui. E aquele falso da ferramenta, que é o Santos, para que a licença, de uso, a LCCMIT, para cada módulo que o Santos, para ver, que é o Santos, que é o Death. Mais uma vez, vou clicar, ele vai mostrar as entradas, são diferenças, as saídas são diferenças, a descrição é diferente, porque é uma outra função daquele pacote, certo? Então, para todos os módulos, tem isso. O bobo para essa ferramenta, se você imaginar principalmente a área científica, já deve ter um módulo aqui, certo? São vários softwares, que tem softwares que, como o BAN, são palavras-chaves, né? Então, são vários ferramentos aqui, que tem essa palavra, que tem relação a essa palavra-chave de BAN, ou que tem relação com relação a cobertura, com relação a algo fácil, enfim. Então, pelas palavras-chave, você consegue identificar o que você está procurando. Então, esses são os módulos. Tem aqui a parte também de ferramentas, que aí, no caso, tem relação com o NFCore2, que a gente fala, é um programa de linha de comando, que ele ajuda a desenvolver pipeline, a utilizar, configurar, enfim. Um mar de coisa ele faz, vamos ver isso hoje, certo? Aquela ensina como instalar o NFCore2, você pode utilizar o conda, porque ele tem a necessidade de pacote, que a gente viu ontem, que instala, atualiza, cria ambientes, isolados. Você pode dar o conda para instalar o NFCore. Você pode usar o PIP também, como o NFCore é um pacote em Python, você pode usar o PIP, o pacote em Python, para instalar o NFCore2. Então, ele pode baixar uma imagem que já tem o NFCore, uma imagem do Docker, que já tem o NFCore instalado dentro, e você executa essa imagem de modo interativo, entra no container e consegue utilizar. Então, tem vários módulos que você consegue utilizar, mas que tem que ficar claro nesse momento, é que o NFCore2 é uma ferramenta, um software, e o NFCore2 é um outro software que te ajuda a trabalhar com o NFCore2, certo? Beleza, aqui em documentação, tem bastante documentação, tem como utilizar os PIP-Lines, o NFCore2, o CQ-Diante, bora deixar isso aqui um pouquinho de lado por um tempo. Em eventos, a gente tem sempre uma página atualizada com todos os eventos, então, atualmente a gente sabe que está consendo o treinamento de março, que vocês estão participando agora, por ar, tudo aqui, mas tem, por exemplo, o PIP-Line HGT-SEC vai ter um palace da 21 de março, parte do byte size. Daram para o doutor Laskai, danoça de págino e vai falar um pouquinho sobre o PIP-Line. Final de março vai ter um racatom, que estão todos convidados a participar nesse racatom, eu falei um pouquinho ontem também. Em relação a eventos passados, teve recentemente uma palestra sobre a função patch do NFCore2, que a gente vai ver hoje, do Modus Patch, vai falar um pouquinho sobre isso hoje, a gente tem uma palestra sobre o NFCoreMag que é um outro PIP-Line. Enfim, é que você consegue ficar sempre atualizado com os tutoriais que estão acontecendo no mundo do NFCore Next Floor, geralmente está por aqui, certo? Aqui em sobre, isso vai ter um pouquinho sobre o NFCore, vocês vão ver aqui. Então, nessa parte, já tem um pouquinho sobre o NFCore, o que incluirá o código de conduta, de como se deve se portar na comunidade, desses treinamentos, desses ambientes, certo? O Corking, que é uma espécie de coordenação do projeto, na... Perdão. Uma sessão de alumni, de pessoas que participaram por muito importante do projeto, mas não participam mais. E nós temos os teams de propósitos específicos, tem um time de mantenedores, que são pessoas que mantêm para ir para o NFCore, contribuindo com um projeto em si. Você vê que tem reto aqui do mundo inteiro, de empresas, academia, de vários países diferentes, certo? Tem um time de outreach, que é para organizar eventos, de palestras, treinamentos, esse tipo de coisa. Tem um time de segurança, se sentiu acediado, acediada. Acho que tem algo na conta do mundo como deveria, você pode entrar em contato, com essas pessoas aqui. Mais uma vez, aproveitar para agradecer o CISI para financiamento no impacto do NFCore, assim como o próprio SciLife Labs, SciLife Labs Data Center, a AWS, Microsoft, como eu falei, tem um pouco da história. Então, uma visão rápida, do site do NFCore, vamos voltar para agora a parte de documentação. Ah, lembrou da questão um coisinha aqui sobre, além de sobre, você vai ter aqui a parte de comunidade, certo? Você vai ter algumas informações sobre a comunidade, então, algumas caras aqui de alguns contribuidores, organizações, tem aqui, beleza, testimonios, né? Pessoas falando da experiência e ter contribuído, participado de alguma coisa do NFCore. Você tem a parte de estatísticas, aqui, tem várias e várias estatísticas relacionadas ao projeto, certo? Demorou um pouquinho para carregar a página, mas, mas bem, vocês vão ver o número de usuários do Slack, que é a plataforma que a gente utiliza para conversar, se planejar, responder perguntas. Contribuidores no GitHub, mais de mil pessoas, seguindo Twitter. E aí tem vários gráficos aqui, né? Você vê que o crescimento, ele está se acelerando, ele mora de usuários, mesmo ativa um número razoavelmente grande, certo? Enfim, várias estatísticas aqui, vocês podem ver com mais calma depois, que em relação à contribuição por indivíduo, né? Então, o papel aqui é, então, o papel aqui tem mais combines pipelines, né? Enfim, bastante jeito aqui, faz muitas contribuições. Aqui tem com bits para pipeline, aqui em laranjinha no repostor, em outros repostos do cliente NFCore, tem várias coisas diferentes, né? Voltando aqui para o about, você tem também as publicações, né? Que vocês podem ver, publicações relacionadas com NFCore, que mencionaram o NFCore, que no caso que utilizaram as publicações dos pipelines, né, em si, não tem pipelines que só o desolvante deles rendeu publicações. Vocês podem ver que o mentorship está acontecendo. Isso é um projeto do NFCore que a gente tem, certo? A gente financia alguns profissionais experientes em NextFlow para mentorarem indivíduos que estão querendo aprender no NextFlow, ou sabem um pouco, mas precisam de apoio para desenvolver algumas atividades. Então, a gente está no segundo round agora, acontecendo, certo? Essa edição foi muito interessante porque já tive pela primeira vez uma participação maior de indivíduos da América Latina e Caribe. Então, hoje, na mentoria, acho que se brincar um terço, é de todo... Pessoas do mundo inteiro, um terço dos participantes, eles são da América Latina e Caribe, né? Se ele é bem importante, são pessoas que são daqui, mas não estão mais daqui, o número ainda aumenta. Então, tem hoje a Ana Bela Triguila na Argentina, tem... Esqueci o nome dele agora que está no Chile, tem duas pessoas no Brasil, tem... Enfim, uma participação bem interessante, são poucas pessoas que são mentoradas, que têm o custo para isso e tudo mais, mas tem bastante gente proporcionalmente aqui da América Latina e Caribe. Então, aqui fala um pouco sobre essa mentoria, como é que funciona os pré-requisites e tudo mais. O terceiro round, ele vai abrir agora o primeiro de abril, então, quem quiser participar, fica de olho, uma seleção, sempre tem mais de 100 pessoas que se candidam, no final, entre 4, 5, 15, acho que 100 foram 13 pessoas que foram selecionadas para serem mentoradas, então, um número pequeno, certo, ou na aplicação. Aproveitem, assim, para explicar bem o que querem fazer, o que querem alcançar, né, com essa mentoria, como vocês pretendem, após serem mentoradas ou mentoradas, falar sobre NFPOR, se você quer dar custo da sua região, é fundamental anexar o currículo que muita gente não anexa. Então, você tem que preparar uma aplicação boa, que a concorrência é muito grande, certo? O Codo Conta aqui, ele vem em mais informações, né, com relação a lidar com todo mundo com respeito e o Join NFCore, que eu tinha esquecido de falar que é fundamental, como foi, ah, eu quero participar mais do NFCore, como é que eu faço é seguir o canal do YouTube, a gente tem conta no MasterDom e no Twitter, que tem a página do projeto no GitHub, e o Slack é fundamental, que é uma boa parte das conversas, e as conversas ocorrem, certo? Então, só clicar aqui que você vai conseguir o convitezinho para entrar no Slack. Vamos agora para Docs, essa faca de opuladinha, como eu falei aqui tem documentação de várias e várias coisas, vamos aqui embaixo, onde tem Tutorials, vai em NFCore Tutorial. Então, vou lá clicar aqui, certo? Perdão, perdão, errei. Vai aqui creating Pipelines with NFCore, certo? Tutorials do segundo. Então, de novo, cliquem Docs lá em cima, desce a tela embaixo, quando abrir a página, e vai aqui em Tutorials, creating Pipelines with NFCore, create Pipelines with NFCore. Clicou aqui, e você vai ter um tutorialzinho que a gente não vai usar, assim, olhando aqui para ele. Vamos fazer o que? Vamos abrir o Gitpod, que vem ontem, e trabalhar lá dentro. Então, vamos clicar aqui em Launch Gitpod. Clicando em Launch Gitpod, vocês vão ver que o endereço, na barra dentro aqui em cima, é igual a ontem, o Gitpod.io, barra, jogo da velha, e o endereço de um repositório do GitHub, que aqui é um repositório do NFCore Tools, certo? Ele vai começar a criar que a macro habitual, como ele está fazendo uma agunha, ele é um pouquinho diferente do que a gente viu ontem, não vai aparecer uma página aqui com um treinamento, certo? Ele está instalando algumas coisas aqui, vamos aguardar, mas como ontem tem vários arquivos aqui, conseguindo explorador, que apenas falta sobre o instenção que a gente colocou para ajudar a trabalhar com Git, mas vamos ignorar por um instante. Beleza, eu vou dar aqui um command L, um control L aqui para eu limpar a tela. A primeira coisa que ele vai fazer, é digitar mkdir, que é um comando do Linux para criar uma pasta, para criar uma pasta train, e vou lembrar nela com um comando CD. Beleza, entrei, tem nada dentro. Antes de tudo, como ontem, nós temos tudo que a gente vai precisar de instalado, então o doc ele está instalado aqui, você pode aperta a doc e vai mostrar as opções. O nextflow está instalado, vamos levantar um pouquinho a tela, acho que o ontem vai ter ficado um pouco pequena, beleza. O nextflow aqui ele vai mostrar também que está instalado, a gente está apagado com o control L novo aqui, NFCore. Ele vai também mostrar que está instalado, então está tudo instalado já. Nos Linux que eu mostrei há muito tempo brigando com o computador e poder desejar acompanhar o treinamento. Então a primeira coisa para a gente estar com o NFCore, traço-traço version, a versão do NFCore que está instalada, é a versão 2.7.2. Beleza, Marcelo. E do nextflow, como a gente viu ontem o traço-traço, ele é parâmetro de pipeline, quando é um parâmetro do nextflow é só um, então esse é traço, version. Eu posso ver o nextflow e ele vai nos ver version aqui, então. Version. A versão do nextflow, ela é a 2.10.1. Beleza. Como eu falei lá, a gente pode instalar o NFCore com o pip install, NFCore ou com o install NFCore, mas aqui já está instalado, então não vai fazer isso. Beleza. Marcelo, eu não usei o NFCore. Beleza, será que é um NFCore traço-traço-help? Subi um pouquinho, porque ele vai te mostrar todos os comandos que tem do NFCore. Vamos fazer aqui esse list. Eu quero listar os pipelines do NFCore disponíveis. Então ele ficou list. Ele vai perguntar, mas você quer saber aonde, remoto ou local. Aqui ele já pega o remoto porque não tem nada local. Então aqui a última vez que eu puxei o pipeline, a versão que eu tenho lá, não tem muita formação porque não tem nada aqui. Então eu vou pegar o NFC que a gente estava vendo e dar o NFCore ou ver aqui do novo o help. Então, eu quero dar antes de aprender mais com o nextflow eu consigo baixar um pipeline. Então, eu vou baixar aqui NFCorearnasync. Eu vou dar esse comando aqui para o do nextflow para baixar esse pipeline do NFCorearnasync. Aqui por padrão, como eu não falei nada, ele vai buscar o GitHub que de fato é onde se está. Então eu vou dar aqui o nextflow para o um baixar e ele vai dizer, eu estou procurando, já canso, eu troquei. Beleza. Vou dar um NFCore list aqui. NFCorearnasync aqui. O céu baixou agora a versão é essa e ela é, de fato, o estável. Você também pode utilizar. Deixa eu ver aqui. Você também tem assim. Deixa eu ver aqui. É, de fato, eu não tenho NFCorearnasync. Seria com o nextflow mesmo. Beleza, baixei. Eu posso agora eu quero baixar outra versão. Eu fiz assim para baixar o Ornasync, mas vou usar esse minus r aqui de revisão e quero baixar a primeira versão estável que esse pipeline o Ornasync teve. Vamos lá, o nextflow baixar o NFCorearnasync menos r de revisão. Não tem essa revisão. Vamos voltar lá no site. Vamos ver aqui pipelines. Ornasync está nessa versão que a gente viu. Vamos para 2.0 2.0 Beleza, agora eu baixei o Ornasync do NFCore. Se eu der o NFCore list, a última vez que você baixou por aqui, mas a versão não é a última estável, ele é 2.0 Eu quero a última. Vou ver assim. Vou dizer um nome. Agora tem que dar o para esse ponto 1. Vou lá revisar o que era. Ops da NFCore list ele mudou a versão. Não foi a última, mas ainda assim porque a última é 3.0 10.0 10.0 Mas onde você aprendeu esse parâmetro aqui eu vou mostrar. Vou dar o NFCore list de novo. É a última. A gente pode sempre dar o nextflow para a sua garra. Vou mostrar todos os parâmetros. Aqui eu posso dar um run menos h e vai ser aqui, menos r de revisão. Revisão do projeto que você quer baixar. Aqui no run, mas na verdade estamos usando pull. Vou mostrar os parâmetros do pull. Menos r é o menos r, é o github, se você não fala nada, ele vai entender que é um github mas se você quiser baixar do github de outro serviço de github você vai utilizar com esse menos r. É assim que você aprende os comandos do nextflow. Você pode ir na página de documentação dox.nextflow.io você vir aqui em command line interface e vai ter tudo isso. Se você não é além do comando, você já consegue, só no menos h, run menos h tipo aqui o outro comando tem aqui drop menos h, clean menos h você consegue assim todos os parâmetros. Então beleza, vimos aqui o nfcalllista ele mostrou todo mundo eu posso dar aqui o nfcalllista local Ops, não é o list que ele fala esse menos h então o list é que ele remostrar os pipelines que eu tenho que existem né, e os que estão no local ele vai mostrando aqui que já foi baixar alguma vez quando foi e você tem uma última versão ou não, beleza eu posso baixar mais uma vez qualquer um então eu vou baixar o viraury call e pouco fala nada ele vai pegar a última versão que no caso de viraury call é o 2.5 a última versão estável foi 8 meses atrás o earningfusion teve 1 hora atrás tem uma beleza baixar aqui o viraury call vou dar um nfcalllista mais uma vez está aqui o viraury call baixou agora a versão correta beleza, até que a rede paixou lembrando que não tem nada com a minha pasta train por hora é só que como estou rodando as coisas aqui parece alguns arquivos do nextflow mas eu não criei nada ainda mas é onde é que está então se você usou o nextflow pull é que eles estão então eles ficam aqui na minha pasta de usuário essa variável aqui do baston dentro de ponto nextflow que é uma pasta oculta assets não está aqui não tem outro aqui enfim o nextflow quando você faz o nextflow pull ele baixa e salva para você o pipeline aqui como está no gitpod não está muito claro para mim onde que ele salvou mas enfim, eles estão salvos são envenenciados pelo nextflow sem que você se preocupe onde é que eles estejam então aqui vamos por exemplo rodar o nextflow run vou optar o arnec pipeline eu acho que roda ele, eu já baixei ele ele me ia fazer agora então ele ia baixar para mim eu vou usar o profile isso aqui é uma coisa que a gente não viu ainda vai ver no dia de configuração mas entendo que é um parâmetro que eu posso falar para o pipeline eu vou rodar na minha cultura local na nuvem, na versão de teste rodar com tal parâmetro enfim você conseguir definir um conjunto de configurações aqui eu vou dizer que é o docker e teste se eu estar entre vai dar um erro para ver o que é esse pipeline ele tem que ter aquele parâmetro de outb onde vai essa voz de resultados vou colocar aqui outb resultados vamos rodar aqui a versão aqui com revisão menos R eu quero usar esta ele já começou a rodar aqui o pipeline ele ficou arnec aquele nome aleatório que eu falei que é ser com a diretiva de um cientista ele vai colocando aqui, vai usar com docker e ele mostra onde que está de fato ele está aqui procurando claro não sei o que não apareceu que é o home do nextflow.acets aí o main space aqui na NFCore o Dressenxtflow.io e por último de fato o nome do pipeline o profite colocou o docker e teste ele já mostra que está o arquivo de configuração principal não tem apenas um mas o principal as entradas mas eu não falei nenhum arquivo de entrada na hora que você coloca o profile e teste ele já tem alguns arquivos para teste e é o que está acontecendo aqui o alinhador foi do salmo padrão ele colocou que o máximo de memória que passa a utilizar a ser Giga de RAM no máximo 6 oros e passou 2 CPUs e que foi só rodar, ele está rodando aqui vocês podem ver que tem várias etapas aqui está 0.03, o 1.1 já foi concluído com sucesso na hora que ela foi concluída a gente tem aqui o diretor que aprendeu a ver ontem a pasta work então vai ter que dentro dessa pasta aqui vai ter todos os arquivos, configuração e executáveis dessa etapa dessa tarefa do processo que o processo tem várias instâncias 10 amostras, 10 instâncias, 10 tarefas cada um da sua pasta isolada e aqui ele está rodando enquanto ele roda vamos abrir aqui um terminal um line rom nextflow uma key assets e aqui é os dois que eu tinha baixado vira o recon e o RNA-seq e aqui então todos os arquivos o pipeline aqui como ele está rodando ele vai demorar um pouco porque embora seja um teste ele tem uma quantidade razoável de dados então esse pipeline demora um pouquinho para rodar mesmo o modo de test você vê que é um pipeline que de fato não é simples ele tem várias etapas se a gente for lá no site NFCore lines, RNA-seq ele tem aqui várias etapas sendo que cada uma delas se fizer sem a moda você sem instâncias ele tem todas as ferramentas ele está rodando aqui então aqui o pre-pair de nome tem várias vezes o fast key tem duas vezes aqui então 5 de 5 aqui aqui é 4 de 5 uma coisa interessante que você vê aqui está 1 de 5, aqui está 4 de 5 esse é um exemplo excelente está para a realização acontecendo ao mesmo tempo partes de um processo está rodando aqui ao mesmo tempo que parta aqui e o pipeline sendo que possível ele vai tentar otimizar os recursos da tua máquina para executar o máximo possível do pipeline então aqui a gente pode ver o next-low.config que é o principal que é o de configuração vamos abrir aqui ele vou baixar um pouquinho aqui pra que dever então é aqui que está toda a configuração de pipeline mas se você não falou que é o principal mas tem outras beleza, aqui vai ter o grosso dentro da pasta conf aqui embaixo ela tem outros arquivos de configuração que é justamente as configurações para testes então esse é o arquivo principal mas ele mesmo inclui configurações outros arquivos de configuração aqui pra você ter todo a configuração final inclusive o next-low config é um comando deixa eu mostrar ele aqui enfim, quanto carrega aqui então aqui a configuração vão ter aqui várias formações de autor algumas funções então aqui vai usar o docker se for preferir docker vai usar o docker, uma emulação se for árvore, vai usar isso aqui se for os parâmetros aqui saíram no final, vai ficar nubo, padrão então você tem que dar um update como vocês viram a skip toda a configuração ela está aqui precisa dele no next-low, traça o hcmod o help, tem aqui config ele dá a configuração resolver então se ele tem o next-low config aqui deixa eu dar esse arquivo mas não é isso que eu estou vendo aqui se ele é resolvido incluindo os outros olha algum isso aqui é um pouco mais real é o que de fato vai ser utilizado pelo pipeline mais uma vez só a minha parte de configuração acho que é amanhã ou depois da manhã não se atende muito entender o que está aparecendo aqui apenas compreendo que existe um arquivo chamado next-low.config que é o principal arquivo de configuração do pipeline que vai ter uma boa parte da configuração desse pipeline vai estar aqui segue rodando aqui o pipeline que é grande sempre que já tenha alguma tarefa já bota aqui o id do resto do diretório uma coisa interessante que a gente pode vir aqui deixa eu abrir de novo aqui é que não só você tem perfil de ausikonda, ausimamba, ausidoca você também tem perfil de até de instituição no clâncer da minha instituição é assim assado deixa eu ver onde é que está aqui vou procurar aqui eu sei que tem um cric em algum lugar para ver qual é o arquivo que ele segue rodando então aqui vai ter em algum arquivo de configuração o perfil do cric que eu não consigo encontrar aqui ele é apenas falar que tem o perfil o cric, beleza eu acho que ele não está configurado mas o importante é que você quando criar um pipeline você pode muito bem dar um nextflow run um nfcore, até uma hora nesse ele pode alterá-lo para ter um perfil o frn, por exemplo de modo que o clâncer do frn tem que ser o slurn que é um escalonador de lote uma ferramenta para você conseguir executar gerencial o compartilhamento de recursos em um acitulo de clâncer então na hora que eu colocar o profile ele já está pronto para ser utilizado na minha inscrição qualquer pessoa que quiser falar no frn o clâncer do frn você já vai saber que é só dar um profile e está tudo pronto esses perfils ajudam muito nesse sentido aqui no próprio nextflow.config vocês vão ver algumas informações sobre docker, sobre condas certo? se vocês virem aqui no diretor de bin seria bom ver por aqui mas enfim aqui no bin vocês vão ver que dentro do director tem vários programas e sempre que você coloca um programa no diretor bin o nextflow automaticamente coloca na variável que ele consegue encontrar o seu programa você fala apenas o nome dele e ele vai encontrar o que está nessa pasta bin e você consegue utilizar para o pipeline se vocês podem ver aqui eu abri no próprio responsório que eu acho que é melhor fcore, rdc eu vim aqui no github vocês conseguem ver melhor aqui os arquivos de configuração que tem vale até para módulos aqui que tem algumas coisas para tal módulo, com tal nome eu quero que vá para esse diretório eu quero que saia assim o assado configuração é um mundo de coisa, realmente é bastante coisa e vamos ver com mais calma na sessão de amanhança não me engano aqui vocês podem ver também o b-mode que tem o bin, também tem o lib o diretor lib que você bota alguns biblioteques que você quer utilizar em módulos e até alguns módulos que estão instalados nesse pipeline em relação a módulo NFCore tem vários módulos aqui que os autores desse pipeline os que eu vejo na mão eles aproveitaram que o módulo existia e apenas colocaram o módulo no pipeline e eles conseguiram ter tudo direitinho aqui para utilizar eu acho que por hora que a melhor gente já começa a tentar criar o nosso pipeline, digamos assim acho que ficar esperando aqui isso terminar e demorar um bocado mas por exemplo, aqui no diretório como a gente viu, a gente usou o run o nextflow, run, NFCore, NFCore o profile, testing doc, revisão, o desce aqui beleza, mas Marcel eu criei um arquivo de configuração local aqui na minha máquina que eu quero utilizar você pode utilizar o "-c ou "-c- e o nome do arquivo de configuração e aí ele vai se levar em consideração pelo nextflow então de novo, o nextflow-h é com o run que eu vou utilizar então vou dar um run-h na verdade eu vou fechar aqui porque ele está deixando um pouquinho lento para ajudicando aqui o nosso treinamento mas enfim, eu dou um nextflow run-h e ele vai mostrar aqui o o "-c- que é dele ah não, porque o benocelio de fato não é do red o próprio nextflow então um "-c você dá um "-c- e ele vai adicionar o arquivo de configuração que você deu, aos demais que tem vários e ele vai ter um arquivo de prioridade porque no próprio site da documentação ele fala qual é a prioridade mas tem a prioridade entre os arquivos que está no arquivo do workflow que está no nextflow.conf e aí também tem um "-c- que é no caso ele usa o que você falou e sobre escreve os outros então dependendo do que você quer pode ser que seja melhor isso aqui uma coisa legal que você pode de vez em usar o nextflow run você pode usar um "-nfc-launch que eu dou aqui um nsec nfc-arnc quando você rodar esse comando na tua máquina ele vai, beleza, você fala que é o "-nc-release que você quer eu quero a última que é o 3.10.1 dá um enter ele dá uma checa de resinha e aí ele fala beleza você não deu nenhum parâmetro eu não falei mais nada só falei a versão aí ele fala, você quer utilizar a linha que comando ou navegador para você preencher esse parâmetro eu vou colocar aqui navegador clica em open ele abre um sitezinho para mim para encher as informações então aqui tem todas as informações o pipeline, a versão, um id aqui vamos lá vou dar o nome disso treinamento execução, run o treinamento então perfil vamos usar de novo docker e teste onde vai ser salvo o arquivo intermediário você vai passar de trabalho agora deixa o padrão que é o work você quer que ele retome de uma execução passada interrompida? sim, não os inputs e aqui mas o que é o input? é um caminho para um CSV que tem informações amostras que você quer utilizar tem aqui todas as descrições e ajuda tem uma ajudazinha aqui então é um formulário riquíssimo para você colocar os valores e rodar as pipelines na vez que você tenha preencheio tudo isso você clica em nonctwork-work e ele vai executar aqui no caso eu não preenchei escorrer direito mas ele já pegou eu escrevi lá no site coloquei em launch ele se comunicou de volta e falou baseado por você digitou esse é o comando eu botei um nome e falei para fazer o resume beleza, eu quero fazer assim isso vai dar um leio mais importante é mostrar para vocês como funciona que você dá um endf for launch ou terminar você continua o eleabo no navegador super rico de informações detalhes no final você clica em launch e ele se comunica de volta e vai rodar aqui com tudo que você escolheu eu vou cancelar aqui porque eu nunca acabei de executar eu queria apenas mostrar o endf for launch mas você já vê como ele é poderoso outra coisa vocês viram que eu utilizei o nextflow pull para baixar o pipeline mas em alguns momentos eu quero apenas dar o nextflow reload então se eu fizer aqui por exemplo o nextflow list ele mostra todos os pipelines que eu tenho baixados então tem dois aí se eu der o nextflow reload que é um pipeline do git hub do nextflow io o padrão ele busca lá ele vai baixar, que é o planilinha está baixando e vai executar e vai lá olá mundo e algumas linguagens se depois disso aí eu roda o nextflow list de novo ele vai mostrar o reload beleza então o que eu tocando e chegar em alguns casos são tensas internet então se você não tem o cluster por exemplo você quer rodar um pipeline e você não tem como baixá-lo lá na hora então o que você pode fazer é usar o endf for download então eu vou baixar aqui o single cell ornicic eu quero essa versão Marcel e porque eu não baixo simplesmente o com o nextflow pull porque tem outras questões que são baixadas durante a execução do pipeline o que eu vou colocar é como a imagem o singularity que é uma outra tecnologia de conténue que vamos ver amanhã e aí como é que eu faço no meio do caminho ele vai estar baixar eu não vou conseguir baixar porque não tem que derrever da erro com o endf for download ele dá essa opção baixar também a imagem de conténues sim eu coloquei o singularity aqui eu vou concordar o caminho eu não queria o caminhon deixar o padrão mesmo eu quero baixar com o singularity eu não quero definir uma pasta eu quero baixar ele comprimido compresso eu quero com zip para com aquilo um pouco menor eu tenho não sei o que dizer mas enfim, rebaixar o arquivo inteiro e mais ou menos o que é necessário fazendo esse comando eu consigo porque o singularity não está instalado no material que ele explica no gate pod a gente não instalou o singularity eu não funcionava por causa disso beleza, tem isso feito isso aqui basicamente é um resumo de como você como usuário vai utilizar essa mesma NFCore você vai listar os paipulais que tem remotamente e na tua máquina certo com o list você vai usar o NFCore launch para abrir ou ali no comando mas com vários recursos ou no navegador para preencher esses valores você vai usar o nextflow run para executar você vai usar NFCore download para baixar o pipeline e os arquivos que sejam necessários para utilizar offline para o usuário basicamente são esses quatro comandinhos que é bem tranquilo e sempre usando o nextflow para executar de fato o pipeline vamos agora para uma segunda parte que é para desenvolvedores beleza então aqui agora vamos começar a utilizar aquela pasta que eu tinha criado que era de train que a gente estava aqui pode eu não lembro com a pasta que eu retava então vamos para a pasta train que eu criei, beleza vou pensar algumas coisas que eu rodei o pipeline então ele vai ter que ir retratado eu limpei ela vamos usar aqui os oputos de log beleza limpei aqui a pasta vamos agora criar o nosso pipeline eu preciso do NFCore então é como eu falei você não precisa do NFCore 2 para criar o pipeline você pode criar o pipeline normal e usar o nextflow para rodar e pronto a questão que correto o NFCore ele criou um conjunto de melhores práticas para se criar pipelines e aí vale a pena utilizar as ferramentas deles hoje é para você então agora a gente está comando o NFCore para ver o help e agora tem todos esses comandos para desenvolvedores vamos começar com o primeiro NFCore create não entra beleza vamos criar aqui com a versão do NFCore 2 qual é o nome de teu workflow vamos chamar de demo demonstração descrição uma descrição do meu workflow enter auto clica aqui enter você quer customizar alguma parta agora costumar nada e ele está criando pipeline chamado demo lembre-se de criar um diretor no GitHub para ter tudo o versionado que você está fazendo aqui não, mas é fundamental ajuda muito na prática de desenvolvimento você tem um repositório do GitHub com tudo o que você tem do versionado e o que faz com que a pessoa come a executar tem pipeline que só dá um next-low run e o endereço do name space e o mhiberganta-barra meu pipeline e ele vai rodar aqui ele já está pronto comando o que tem que digitar para fazer isso para enviar para o GitHub e é aquele aviso que eu falei no episódio do comandado nfcore antes veja como começar com a gente para ver se existe interesse tem aqui algumas informações de como entrar beleza da comunidade vamos dar um alias de novo para listar agora uma parte do nfcore demo beleza tem várias e várias coisas aqui dentro várias várias arquivos beleza Vamos dar aqui um git status. Ele mostra que, de fato, é um reposso do git. Eu posso dar até um git log aqui e já tem o primeiro commit que o próprio NFCorp foi pra mim, que ele chamou de criação do modelo inicial. Beleza? Eu posso dar um git branch pra mim. Todas as branches aqui, quem não sabe nada de git, pode ficar um pouco perdido aqui, mas interna que o que é git é a ferramenta pra devestionamento, controle, administração de um projeto de código, certo? Então, aquele tem três branches. A principal, que é o que a gente vai utilizar, de fato, a dev, que está em desenvolvimento, ou antes, tem um RIS, e tem um template que não é como você mexer aqui. Tem várias coisas que, se você mexer, vai quebrar. Então, é interessante saber que não é pra mexer na branch de template, certo? Então, a gente pode ver aqui vários arquivos em relação... Ah, César, tem algumas coisas aqui. Configuração, tem vários arquivos de configuração. O Dirutório de Beam, ele tem um arquivo, ele tem um programa já, que o próprio... Ele ficou quando criou esse pipeline pra você. Ele já trouxe esse programinha, daqui a pouco, vamos entender por quê, certo? Ele já vem com algumas bibliotecas também. Documentação já tem um pouco também. Então, ele já traz muita coisa pronta pra você começar a editar e utilizar, entendeu? Então, sub-workflow, sub-workflow, modus... Tem já bastante coisa. Vamos fazer aqui uma coisinha. Agora, já rodar o nosso pipeline. Mas se eu rodar o que, não tem nada aqui, não fiz nada. E já tem uma demonstração básica pra você conseguir interagir um pouco esse pipeline. Então, vamos voltar pra pasta anterior, né? Vou dar um nextflow, run, esse NFCore demo. O perfil, ele já criou pra você. O perfil, então, de docker, com o de teste. E, como sempre, traz, traz... Eu vou dar um diretório que eu vou chamar aqui de meus resultados, né? Meus resultados. Vou rodar isso aqui. Então, já tem todas essas informações iniciais aqui que o NFCore faz pra você. O nome, tá usando o docker e tal. Aqui é 1.0 dev. Não é só 1.0 estável ainda, é 1.0 dev, isso é. Os dados que tá utilizando aqui, que são de teste, né? O mesmo é massa, enfim. E tem aqui quatro processos de demonstração que ele vai checar os arquivos. Vai rodar o FastQC. Vai rolar uma ferramentazinha aqui. Vai gerar um relatório como outro QC. Parecendo o que a gente fez ontem. A nossa prova de conceito de um pipeline de Arnec, certo? Então, aqui, 1 de 1 já foi. Tá gravando esse 0 de 4 aqui. Então, já temos o nosso pipeline que a gente já fez e a gente tá em NFCore Creates. Já tem um pipeline, já estamos conseguindo utilizar e ver alguma coisa acontecendo. Vamos ver resultados na nossa pasta de resultados, certo? Faz um concor aqui pra ele terminar aqui, pra gente ver os resultados. Pronto, demorou aqui um minuto e 30 segundos. Ele falou que vai completar com sucesso neste dia, tal. Beleza. Eu posso agora vir aqui, ó. Quer dizer. Vai ter uma paixa chamada Meus Resultados. Às vezes demoram um pouco pra atualizar aqui. Pelo termino, a gente pode ver melhor. Ah, não tá aqui. Aí, Meus Resultados, que ela fica a pouco em cima. Meus Resultados. Então, vamos ontem aqui, ó. O relatório do mundo QC. Eu posso como ontem, né? Clica aqui embaixo e tá aqui o relatório. Desse teste que a gente fez aqui com as amostras aqui, tal. Beleza, conseguimos ver alguma coisa. Então, já temos um teste básico do nosso pipeline. Quando você vai desenvolver um pipeline, uma função que você usa muito de NFCore, é o lint, certo? Então, ele vai checar todos os arquivos do pipeline pra ver se tá tudo de acordo com o padrão ouro, certas e melhores práticas de pipeline. Aqui eu tô fora do diretório, então ele vai dizer que tá errado, né? Eu vou entrar aqui no NFCore demo, que é a passa do meu pipeline, e vou rodar um NFCore espaço lint. E ele vai fazer uma checa de todos os arquivos, e no final vai dizer o que tá, o que não tá, o que tem muita atenção, alerta. Pronto, aqui ele falou que nada falhou. Tem alguns avis, algumas alertas, mas nada demais. Aqui, por exemplo, ele falou, ó. Tem novas versões desses módulos, certo? Mas, fora isso, quase tudo passou. E aí, ele tem alguns avisos aqui. Mas, beleza, no geral, o lint deu certo. Vamos ver aqui um arquivo como o CodeConduto, certo? E bora apagar tudo, dizer que eu faço o que eu quero. Eu faço o que eu quero. Beleza, se eu der agora um NFCore lint, ele vai dar um falhar. Não salvou aqui. Vou estar na pasta errada. Vou poder aqui o CodeConduta. Então, eu estar na pasta errada. Eu faço o que eu quero. Vou mudar aqui o CodeConduta do meu pipeline. Então, eu vim agora aqui dar um NFCore lint. Ele vai dizer, ó, isso aqui você não pode mexer. Aqui, ó, um teste falhou aqui, ó. O CodeConduto não bate o modelo, né? O template que ele tem que ter. Então, tem uma pasta, na verdade, que tem um link que mostra todos os arquivos que você não pode modificar, né? Então, são os arquivos aqui. Você não pode modificar. Se você quiser... Não, mas esse é por alguma razão. Eu não quero mandar o pipeline meu e tal. Eu quero mudar ainda assim. Beleza. Aí, tu vai fazer o quê? Tu vai vir no arquivo NFCore e ML. E vai acrescentar aqui embaixo, ó. Que o CodeConduta... Acho que é assim um nome, né? Você quer que ele possa ser modificado. Então, isso já não seria certo para o NFCore. Claro, mas imagine que tem algum arquivo de configuração, alguma coisa que não pode mudar e você quer mudar para o seu caso. E você não quer ficar recebendo esse erro porque não é o erro para você. Então, você vem aqui e vai conseguir... Colocando isso aqui no arquivo NFCore ML, né? Ló, nada falhou porque você falou que está OK. E aí ele fala que, ó, tem um teste que foi ignorado. Que é o quê? Esse arquivo não era para poder ser alterado, né? Você falou que não é um erro, então não vai ser mostrado como erro. Beleza? Deixa eu ver outra coisa aqui. Quando você está alterando esses arquivos, né? Às vezes... Eu vou mandar aqui um git checkout, um CodeConduta para voltar ele para o padrão dele, certo? Digamos que eu... Essa linha aqui... Não estou mudando o conteúdo, certo? Eu estou apenas mudando a formatação, vou colocar assim. Então, eu não mude o conteúdo em si e tal. O quê? O que vai acontecer na verdade? Tem uma ferramenta que se chama de Pretier. Que ele vai checar a formatação e arquivo de markdown. Ele tem esse documentação. Então, você pode dar um check, com apenas um traço por c. Ele vai checar o arquivo... Ops, ele dá um ponto depois. E ele vai checar os arquivos sobre quais arquivos estão com algum... Não é que está errado, mas não está no padrão de descrito, certo? E ele fala, olha, tem arquivos aqui, tem dois logo, que tem algum problema. Então, o que você pode fazer é dar um pretier em vez de ser check, em vez de ser write. Ou W. E aí ele vai alterar. E vai aparecer... Na hora aqui, é que geralmente a gente coloca no markdown um espaço depois do título de caralho. Você tem espaço depois. E ele fala alterado. A gente abriu, não. Você ainda ficou em ML? Que caralho é errado aqui. Talvez o espaço... Não tinha linha no final, uma linha em branco. Ou o espaçamento não estava correto. Então, o pretier, ele ajuda a garantir uma consistência de formatação, toda a documentação, e ter os arquivos de texto, certo? A gente pode, por exemplo, vir aqui no nektoconfig. Ops. Nektoconfig. Eu vou... Tem vários... Ah, meu Deus. Tem vários parâmetros aqui, né? De baixas aqui. Eu vou colocar mais um. Vou colocar aqui. Eu vou colocar aqui, ó. Um. Ele vai ser céu. E eu vou colocar aqui... Não sei o que ele dá, né? Bar. E vai ter um valor igual a... 100. Certo? Beleza, peraí. Meu Deus, eu não precisava com o meu arquivo de configuração. Agora eu vou dar um NFCore lint. Vamos ver o que vai acontecer. Opa. Dois testes falharam. E testes são esses. Aí ele fala, olha. O parâmetro full desse arquivo de configuração, ele não está no nexfoesquema. O parâmetro bar também não está no nexfoesquema. O que é isso? Vamos abrir esse nexfoesquema. Não. Esse nexfoesquema que... E é um arquivo JSON. Tem várias informações sobre o pipeline. Quando você usou o clínio, né? Ficou a launch. E ele mostrou aquela página web, cheia de informações, ajuda, descrição de cada campo, exemplo. Ele veio desse JSON aqui, esse esquema. E sempre que você cria parâmetros, ou os valores práticos no NFCore, aí você também cria informações sobre os seus parâmetros. Para aqui, quando eu vou rodar um NFCore launch, por exemplo, tem toda a informação, a documentação, você gerar automaticamente com isso, certo? Então o que ele vai fazer? Bora criar isso aqui. Pô, Marcelo, mas tá até dá medo aqui. Olha o negócio indígenso aqui. Eu vou ter que digitar na mão isso aqui. Não, você não tem que digitar na mão. Você vai vir para o terminal. Vou digitar o NFCore de novo. Ops. Vai ver aqui, vamos lá. E ele que a gente já viu, o link que a gente já viu, tem outro comando que é o esquema, que são ferramentas para isso. Então vamos rodar aqui o NFCore. Esquema. Vamos ver o que vai acontecer. O esquema tem as opções aqui. Beleza, eu quero criar, quero um build, eu quero criar o esquema aqui para essas variáveis novas, né? Então ele fala, oh, e aí encontrar um parâmetro launch, no arquivo de configuração. Mas não tá no esquema. Você quer adicionar esse parâmetro no esquema? Y, sim, quero. Oh, também encontrei o bar. Beleza, também quero. Beleza. Você quer abrir o navegador para editar o esquema com isso aí? Beleza, eu quero. Y entra. Ele vai abrir uma página. E aqui boteu interface web para me ajudar a criar esse parâmetro. Então vou procurar que cadê o fuba deve estar lá embaixo. Tá aqui. E o tipo desse parâmetro é o string e o padrão que eu coloquei é o Marcel. Eu quero que o padrão seja sem nome. De fato, é um string. Eu quero manter com string. Eu quero que seja required, necessário. Se a pessoa, assim como ao dir, se não dar esse parâmetro, o pipeline não roda. Vou colocar aqui um require. Eu quero que apareça o iconizinho. Uma pessoa, sei lá, human, tem alguma coisa aqui. Um relógio que tem alguma coisa assim. Perdão. Então, eu vou vir aqui e colocar qualquer outro link que eu quiser. Um carro batendo. Ficou com a flor final, né? O nome desse bar mesmo, a descrição é um parâmetro de número. Aqui eu posso botar aqui o nome da pessoa que está executando o pipeline. Aqui eu posso aumentar. O link dessa barra aqui pra eu alterar o número. Ele já sabe que é o número, né? Podia ser também um boleano, um inteiro, um número fracionário. Beleza. E eu vou mexendo aqui e ele vai, aqui embaixo, criando meu JSON, certo? No final, eu posso ter manualmente, aqui, em Especional JSON, certo? No final, aqui em cima, tem outras funcionamentos, né? Para adicionar mais parâmetros ainda, por aqui. As coisas aqui. Ele vai falar, ó, então está feito. Terminou tudo aqui? Realmente, terminei. Então ele vai salvar e falar, ó, está feito. Eu vou vir aqui, voltar para tuz. Se eu der um link de novo, o que será que vai acontecer agora? Eu não mexo, ah, daqui eu tarrar tudo lá pelo navegador, né? Será que ele vai de novo dar um erro? Agora nada falhou. Como é que pode? Se eu voltar e abrir o Nexplo.conf o Nexplo schema e procurar pelo full. Agora apareceu. É o tip string, o default assinou, não é mais o Marcel, o ícone é esse, a descrição é essa, aqui o bar, também. Então um arquivo generalmente é chatim dele, tá? Que é um arquivo em JSON, na mão, já imaginou? Não, com o Nexplo, com o NFCore schema, ele automaticamente usa aquela interface, você preenche o arquivo de schema, certo? Um afirmamento que preciso de mencionar é o black, que ele usa uma checagem de sintax, certo? Isso que tá tudo ok, beleza. Se não, um kit de status aqui pra ver o que tem sido mudado no repósito, agora eu já mudei algumas coisas, belezinha. A ideia é que você nunca ter que alterar o esquema manualmente, certo? A ideia é que você sempre utilize o Nexplo, o NFCore schema pra atualizar e editar e melhorar o teu esquema de pipeline, certo? A gente ficou até aqui no site do NFCore em si, nos modos, sempre que você tenha as informações do que é entrada, do que é saída, não é que isso é adivinhado, certo? Isso vem de arquivos de schema e esse tipo de coisa que o NFCore tem, certo? Pra gente que ainda não precisa mais, que o NFCore de novo, práticos redores, daremos o create pra criar pipeline, o lint, o schema, beleza. E agora, vamos trabalhar com modulos e o work-close. Deixa eu ver se tem uma coisa que eu não comentei aqui. Ele pode ver aqui, a gente, modularização, como eu me ensinei no comecinho, só vai ser amanhã, né? Mas vamos ver um pouquinho hoje de modulos, eu sei que vamos ver um pouquinho no primeiro dia, um pouquinho mais agora de modulos e seu block-close. Em modulos aqui, se você abrir a passagem de modulos, ele vai ter alguns modulos locais e alguns do NFCore. Os do NFCore, ele tem o FastQC, por exemplo. E dentro, ele vai ter o meu main, potenef, que é o modo de um processo, tá aqui, o FastQC ele é um processo. Todos aqui, vamos ver quando é com condas, se é com container, o que ele entra, o que recebe, o que de fato é feito. Aqui é só um local de processo, o modo de isso. E tem um arquivo aqui, que tem várias informações. E é aqui que tem o que entra, por exemplo, quando eu estava mostrando aqui agora, pouco, isso é um espécie daquilo de esquema, certo? Eu estava mostrando agora quando entrei aqui os modulos, e aqui no NFCore, ele falou, a entrada é uma variável de mapa, chamado meta, e um arquivo chamado reads. Como ele adivinhou isso? Aqui, um meta, tipo map, um read, tipo file. Ah, uma descrição aqui, não é que ele inventou isso? Aqui, ó, no arquivo. Então, cada modo ele vai ter o main.nf que é o processo em si, certo? Com um bloco de entrada, de saídas, diretivas, que a gente viu ontem, de container, e tudo mais. E aqui, o que de fato é feito no bloco de script, de fato, o que o modo faz. E no meta.im, eu vou ter várias informações descritivas sobre o modo. Se eu for fazer alguma coisa, aqui no main vai ter, ó, informações, blocos de entrada, saídas, script, e no meta.im, eu vai ter as variações que entram, que saem, descrição, e tudo mais. Beleza, Marcelo. Já aprendi que tem módulo, que esses módulos são processos prontos, feitos por especialistas, para eu facilmente utilizar no meu pipeline, mas como eu faço isso? Eu já criei no pipeline aqui em si, no NFCore, ele tá criado, falta acessar coisas aí, vamos acrescentar. Então eu posso vir aqui, NFCore, módulos e dar um enter, limpei com o controle, ainda vou dar um enter para ver que parâmetros eu tenho dessa ação módulos do NFCore. Então tem várias coisas, para começar aqui tem o list, vou dar um NFCore módulos, list, para listar. E aqui que eu estará confundindo no comecinho, quando eu estar usando o NFCore list para pipelines, aqui ele tem o local e se eu der um NFCore list módulos list local ele vai mostrar os módulos que estão nesse reposição local muito baixados. Aqui vai ser o PESQC, o MonteQC e esse custom que a gente viu. Então aqui nessa pasta, o local é o... os módulos que estão aqui, beleza. Se eu der um remote, aí é diferente, todos os módulos são mais de 800 que a gente viu, todos os nomes dele, aqui o local Fabética. A maçã, eu quero adicionar no pipeline no módulo, o SamTools, por exemplo. Beleza, um daqui o módulos. Estão lembrando aqui, apartamento para ver os comandos, install aqui. E vou dar uma maneira para o módulos install, o que acontece. Qual o nome da ferramenta? O nome é Sam, ele vai completando. Certo? Então eu vou dar um SamTools para aquele ban, FQ, que a gente viu no comecinho. Essa é a maneira que eu quero. Pronto, já está instalada. Se você vir aqui módulos, de fato, vai ver que vai ter aqui dentro do RefCorp, tem a nova pasta que é o SamTools que a gente baixou agora. Dentro dela, tem aqui o ban, FQ e tem o main, tudo o que a gente quer aqui em formação. O que de fato é feito e o metaiamel que tem os detalhes desse módulo, certo? Você pode definir autô, o que sai, o que entra, descrição, palavras-chaves. E como é que eu uso? Basicamente, você só vai acrescentar isso aqui, porque a gente não viu ainda mais o detalhe de se amanhã, mas você adiciona isso aqui no teu arquivo de pipeline. Aqui na raiz, eu tenho o arquivo main.df, que é o arquivo de pipeline. Eu abri aqui, eu preciso ter com dois de isso. E esse é o arquivo que já veio, o comando RefCorp Create criou para mim. Aqui eu tenho todos os includes, de workflow e tudo mais. Então, vamos abrir esse demo aqui. Só que eu fui um pouco rápido, talvez. Aqui no main, ele tem exceção para cada coisa, mas ele falou, o workflow de pipeline, eu estou incluindo ele do arquivo workflow demo, certo? Aqui ele. Então, vamos abrir esse cara. Ele está em workflows demo. E aqui você vai ver que ele tem uma parte que ele importa os módulos. Não tem que ser aqui, qualquer lugar antes de chamar esse processo, tá ok. Mas se você ficar organizado, você procura a sessão onde os módulos são instalados, e você dá aqui, eu vou instalar os sum tos. Tendo feito isso, eu soubei aqui o meu bloco de workflow, como a gente viu ontem, que ele está chamando todo mundo aqui. Você vai colocar aqui em algum lugar queira, digamos assim, no final de tudo. E como é que é o nome aqui? É sum tos. Esse é o do processo. Eu vou colocar aqui. Aí acontece. É bom que eu venho aqui em módulos e venho no meta.io, mas entender que ele espera de entrada. Ele espera de entrada um mapa que vai ter o nome do ID, esse é a single way do parent, que é que eu falei que é bem comum em informar o jornal, vai ter um input bem, que é um arquivo e o split, que é boleão ou não. Então, levando para a ração isso que eu vou saber, o que eu vou botar aqui, como canal e entrada. E vou utilizar os operadores, e estar pra ler de algum canto, pegar o channel from path, pra ler o arquivo, ou from file pairs, como a gente viu ontem, e passar pra cá. Então assim, o trabalho de ele costumir esse mostra não tem. Com um comando que a gente colocou aqui, Defcore modules install, instalou, só fiz copiar aqui em cima e inclui aqui, e vou chamar para isso aqui. E lendo aqui a documentação dele, eu sei o que está acontecendo. Então, como se pode ver é muito simples trabalhar com esses módulos, certo? Deixa eu ver aqui se tem mais alguma coisa. Você vai falar, Marcel? Deixa eu abrir aqui de novo. Eu muito útil, realmente. Eu gostei de utilizar esse Defcore module install. Gostei aqui do Santos, beleza. Só que me salvou muito o trabalho. É uma contada de coisa aqui, que só pra digitar demorando um pouco, imagina você inventar isso, né? Achar o nome da imagem do container, o pacote. Marcel, eu quero usar a versão diferente. No meu pipeline eu quero usar a versão 1.10 do Santos. É o mesmo, pra planejar esse oposto do que você quiser, né? Só considera o Defcore lint. Vai acontecer uma coisinha. Ele vai, ó, teve um erro. Qual erro? Um teste de módulo falhou. Por quê? Porque a tua copia local ela não coincide com a copia remota no módulo, então seu módulo foi adulterado. Isso é importante porque pode ter alguma forma de segurança que você vai mexer no teu computador, altera outro pipeline, então essa alerta vai mostrar você aqui, ó, se você tá pensando que tá usando o módulo do Defcore, não é ele, é outra coisa. É ele alterado. E é importante que você tenha essa alerta. A questão é, agora, de fato eu queria, eu quero um módulo alterado. Eu quero alterar isso aí. E aí pra isso, é que a gente usa um outro comandinho que tem aqui que é o patch, certo? Esse patch ele vai, vamos lá. Ele vai criar um patch, certo? Qual é a ferramenta? É o Santos. Ele já é completo pra você aqui, ó. Com o tab, ele é completo. Essa é a ferramenta. Agora, ele gerou Diff. Que é isso? Eu posso vim aqui? Ele cria um arquivo mostrando qual é a diferença. Como era antes e como é agora. Criando esse arquivo de diferença com esse simples comando qual é o maior módulo de patch dizendo o nome da ferramenta que cria esse patch, se eu der o NFCOLINT ele não vai me reclamar. Porque eu cria esse patch, ele entendeu que eu quero rodar uma versão alterada do Santos. E de fato, não deu mais a ele como vocês podem ver. Pode ser que você passa um tempo eu não quero mais utilizar esse módulo. Vai dar um modus, um NFCOLINT remove, vai colocar aqui o nome Santos. E aí ele falou você tem que remover esse módulo, mas esse módulo, ele está incluído em um de seus functions de trabalho. Está aqui o include. De fato, ele alterou lá. Ele pega, você quer remover ainda assim? Vou dar um input que eu quero sim. Ao fazer isso, vai sumir aqui, a pasta sumiu como vocês podem ver. Só tem os três que já estavam antes. E ele foi de fato removido. Vou botar aqui o workflow demo. Ainda vai estar aqui essa inclusão porque eu tenho. Eu vou tirar porque não existe mais esse módulo. Então pronto, isso é como funciona o módulo remove. Já vimos como listar os módulos, como instalar como remover, como fazer um patch eu posto também um input com a informação sobre algum módulos info. Tem vários, esse módulo está instalado localmente e aqui não, eu quero informar sobre aquele que não... Vai estar você apenas a perda não. Info, ele está instalado localmente eu quero informar sobre o módulo que eu acabei de remover. Ele não está instalado localmente, eu dou um N. Ou um que eu nunca tenho instalado. Qual é o nome? Vamos ver um outro, para ver se são os aqui calma. Então entra e pega aqui a informação bonitinha na tela com íconezinho o repositório é esse a ferramenta é essa, a descrição dela é essa, calcula md tags mdnm a entrada tem três canais de entrada que ele espera trem de saída, o padrão esperado é esse aqui sem instalar ele com esse comando então acaba que ele avilha muito a entender os módulos que tem e essa importância e o NFCore mod novamente basicamente é isso para você utilizar esses módulos né aqui você tem uma coisa aqui o próximo passo é sub workflow de novo da NFCore para listar tudo a gente já viu o NFCore create para criar um pipeline com o acaboso do NFCore com as melhores práticas o lint que faz várias checagens o módulos então você vai utilizar módulos também como você criar seus módulos a gente não vai abordar aqui hoje então como utilizar módulos como e agora vamos ver o esquema que a gente viu para gerar documentação para gerar aqueles formulários e vamos ver agora o de sub workflows então vamos andar aqui sub workflows e o entra sub workflows então ele vai ter um info o install, list, remove e update vamos dar aqui um sub workflows e um list lembrando como eu falei no primeiro dia os módulos são os processos e os sub workflows são fluxos de trabalho menores eles são conjuntos de processos que trabalham juntos então assim como o módulos list ele pergunta o local remoto para colocar um local e o que tem que existe no NFCore então tem alguns não são tantos com outros módulos mas já temos alguns sub workflows que ele pode inclusive ver no próprio site do NFCore e aqui ah não, para eu dar aqui você não tem um alistar em sub workflows perda, o erro meu então voltando, você consegue ver aqui eu quero dar um info eu quero comentar sobre um deles para ver aqui o por exemplo ele está instalado não o ECF ah deixa eu ver aqui imputes os imputes aqui ele fala ó, é um sub workflow esse é o repositório ele faz isso ele espera essa entrada ele espera essa saída para instalar e assim assim como com o módulo aqui o NFCore sub workflow, install e o nome, ou não coloca o nome e não vai perguntar naquela a janela que a gente viu né ele está instalando aqui na pasta sub workflow vai aparecer ele, mas nada de módulos vai aparecer o glimpse que ele utiliza o bcf2 que ele utiliza então ele cria aqui o sub workflow o vcf mas como um sub workflow no conjunto de módulos os módulos aparecem aqui como sempre o main.nf e o meta aqui no caso tem várias ferraments do glimpse o main.nf, meta e assim por diante e aqui eu vou ter o main do próprio sub workflow que não é mais um processo não é um bloco de processo porque um bloco de processo é um módulo ele é um bloco de workflow então ele vai incluir aqui esses módulos, quatro modulos ele inclui um sub workflow que vai esperar algumas coisas vai sair outra, fazer algumas coisas direitinho aqui, também vai ter um meta com informações com os módulos que esse sub workflow consiste certo quem vai entrar ou que vai sair todos esses detalhes ele já mostra aqui para você assim como antes eu posso remover um sub workflow aquele olha não é perguntar nada porque eu não cheguei a acrescentar em nenhum arquivo né só o sub workflow mais isolado e ele apagou aqui os arquivos como vocês viram mas eu vou contar sobre isso sub workflow ele não tem um patch sub workflow também não vamos falar como criar sub workflow é um pouco mais complexo, nem a gente viu módulos pode ser deixado para depois mas como sempre, tem algum andu digite nf core, enter vai mostrar os comandos e o preto naquele vai criar de fato mas esquema vai mostrar os comandos do esquema para você lint e aí você vai pouco a pouco aprendendo esses comandos em si vou fazer no próprio site do andu meaquindox e tem uma documentação extensiva muito extensa de várias questões de como utilizar, como criar o modo que a gente não viu hoje usando componentes do nf core uma documentação bastante extensa mas muito completa como utilizar esses ferramentas cada um deles o nf core download que a gente viu hoje o create na parte de módulos o patch o sub workflow o modo de update que a gente não viu pode vir aqui baixar para os offline tem bastante texto é um pipeline mostrando um exemplo customização alterando o arquivo de template fazendo lint aqui criando patch que a gente viu hoje atualizando o modo da versão são vários e vários comandos bastante coisa o mundo, só essa parte de o nf core a gente tirou um dia do treinamento só para falar sobre isso, porque de fato é bastante conteúdo se vocês terminassem esse dia de hoje é siente de que o nf core ele é uma ferramenta independente do nextflow, um outro programa mas que lhe ajuda a trabalhar junto com o nextflow ou seja, criando novos pipeline executando pipelines que já existem fazendo testes o lint de melhores práticas você pode usar tudo do nf core e não pretender enviar para o nf core o pipeline você não tem que mandar o nf core é compartilhar esse conjunto de melhores práticas para o que o pessoal utilizar então você não é um obrigado a outra ferramenta agora eu vou ter que dar para o nf core não, é uma escolha completamente sua então se facilita muito esses modos do subworkflow essa parte de lint a parte do esquema e o nf core e ele abriu o navegador com todos os campos com ícone, com descrição com general idea ajuda isso faz uma diferença muito grande basicamente é isso sobre hoje conseguimos ver os arquivos certo acho que é só então até amanhã vai voltar para aquele material de treinamento que é o train que é o nf core sempre manda clicar aqui em cima nesse simbolzinho vamos começar o treinamento tal que a gente viu ontem até esse pipeline sem treinamento amanhã vamos ver a parte de dependência e contêiner canais, processos, operadores e eu acho que é só o nf core mas enfim é isso pessoal lembrando que as dúvidas podem ser perguntadas lá no slack no canal especifico do idioma mas o idioma tem mais gente olhando e não só durante o período de treinamento que lança o vídeo essa semana inteira fica a voltar para perguntar por lá após essa semana provavelmente vai arquivar esse canal e vocês vão voltar a perguntar nos canais normais de ajuda mas até lá é indicado que pergunta esses canais porque vão ter mais pessoas expostas para lhe ajudar então vai ter a parte de modernização e eu acho que é na outra sessão de amanhã que vai ter bem mais detalhes sobre como fazer essas coisas fiquem tranquilos porque amanhã muito é o que vai ficar mais claro tendo visto hoje na prática como é que você usa mas construir em si fica mais fácil amanhã então agradeço a presença de todos até amanhã espero que tenham gostado estejam gostando e é isso aí