 La modélisation moléculaire dans le domaine de l'oncologie s'intéresse au fonctionnement des protéines. Pour déterminer si les mutations observées dans la tumeur d'un patient peuvent avoir un impact sur le fonctionnement de la protéine. Dans nos équipes, on utilise les outils bioinformatiques et de modélisation moléculaire pour essayer de comprendre si les mutations que l'on trouve chez le patient sont potentiellement pathogéniques. Il faut savoir que les cellules canceroses sont relativement instables sur le plan génétique, donc on va y trouver beaucoup de mutations. Certaines de ces mutations peuvent être ce qu'on n'appelle pas âgées, c'est-à-dire qu'elles n'ont aucune influence sur le comportement de la cellule. D'autres mutations sont par contre alpathogéniques, onctogéniques, elles provoquent la maladie et si vous êtes capable de repérer ce caractère, alors vous pouvez déterminer le meilleur traitement possible pour combattre le cancer. Il existe une autre catégorie de mutations qu'on essaie aussi de déterminer, ce sont celles qui ne vont pas forcément provoquer la maladie, mais qui pourraient avoir une influence sur l'efficacité du traitement. Donc dans ce cas-là, si on est capable de déterminer qu'une mutation fait partie de cette catégorie, on peut aussi orienter le traitement vers quelque chose qui va échapper à cette mutation. Vous avez une première mutation ici, donc ça, c'est un acide aminé qu'on appelle systéine, qui en l'occurrence chez ce patient est remplacé par une serine. Et ici, vous avez un autre acide aminé qui est une proline et qui, chez ce patient, était remplacé par une arginine qui est un résidu qui est beaucoup plus grand et qui a des propriétés physiques très différentes, le tout faisant basculer cette hélice dans la conformation active. Les logiciels de visualisation sont utilisés pour comprendre l'agencement des acides aminés qui composent la protéine. Lorsque la mutation touche une protéine qui est actionnable, on pourra revenir là-dessus, et qui est une mutation dont on ignore les faits, alors ces mutations-là sont communiquées à nos groupes et on utilise nos outils pour tenter des prédictions. En fait, nous utilisons beaucoup de données de différents types, donc tout ce qui a été accumulé par les chercheurs de par le monde concernant l'effet de mutations particulières, donc il existe des milliers de mutations qui peuvent toucher notre génome et provoquer le caractère canceré ou non. Tout ça est répertorié dans des bases de données auxquelles on a accès. On dispose aussi de plusieurs dizaines de milliers de structures de protéines à l'échelle atomique qui nous permettent d'utiliser nos outils de modélisation moléculaire pour déterminer le rôle des mutations dans le caractère canceré des cellules. C'est tout un ensemble de données qui a été collectées dans différents groupes de recherche dans le monde qui sont répertoriés dans des bases accessibles à nous qui nous permettent de faire notre travail de façon efficace. Puis la modélisation moléculaire peut aussi prédire la réponse à un traitement s'il sera efficace ou non. Cette approche presque mécanique, ou en lien avec l'ingénierie de la protéine, de l'étude du fonctionnement des tumeurs au niveau atomique est représentatif de ce qui se fait de plus pointu en termes de médecine personnalisée avec un impact direct sur le patient et sur le cancer.