Tras el incidente de Zanzibar Solid Snake se retiró del servicio activo. Años más tarde es requerido para realizar una nueva misión: infiltrarse en la base de la isla de Shadow Moses en Alaska, donde algunos integrantes el grupo de élite FOXHOUND se han rebelado y amenazan con usar Metal Gear Rex, un tanque bípedo capaz de lanzar una cabeza nuclear a cualquier punto del planeta.
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