 Οι βιντεοσκοπήσεις με τη συγκεκριμένη εκδήλωση, τη συγκεκριμένου σεμινάριο, έχει το όλιο επενεργοποιημένα μικρόφανο στός, εάν στο τέλος που θα έχουμε τη συζήτηση θέλετε, πέρα από γραπτός να μας μιλήσετε και όλοι ας νεκράστητα από ψήσεις προφορικά, μπορείτε να απαντήσετε το σηματάκι που θα δείτε με το χεράκι, που θα δείτε πάνω στο πάνω λιξάς, στο Σύγναμψαζού, και να σας δώσουμε το λόγο. Θα συλλαίξουμε τις ερωτήσεις και τα σχόλια στο Q&A, οπότε καλύτερα να χρησιμοποιήσουμε το chat μόνο για να στέλνουμε links, ίσως που θα μπορούν να βοηθήσουν την κατανοησία σε διαφορών πραγμάτων που θα υποφούν κατά τη διάρκεια των προσιάσεων. Ωραία, οπότε το chat το αφήνουμε, γι' αυτό που χρησιμοποιούμε το Q&A καλύτερα για ερωτήσεις και για σχόλια, οι οποίες θα απαντήσουν στο τέλος και το υλικό, όπως πάντα, προσιάση και βιντοσκόπιση θα μειραστεί σε όλους τις ερχόμενες ημέρες, αν όχι αύριο από δευτέρα. Αυτά από εμένα νομίζω ότι μπορούμε να ξεκινήσουμε, να ξεκινήσουμε με τον Αλέξη. Ωραία, ξεκινάω εγώ, λοιπόν, να κάνω σερτινοθόνιμο σε πρώτο χρόνο. Ωραία, καλημέρα σε όλους, και ευχαριστώ που είστε εδώ. Καταχάς ελπίζω ότι βλέπετε την οθόνη μου, το οποίο το σημαντικό, και ό,τι μ' ακούτε. Ονομάζουμε Αλέξανος Δημόπουλος, είμαι ελέκτορα στη σχολή ναυτικών δοκιμων και επιστημόνικος συνεργάτης το Ερεμπτικό Κέντρο Αλέξανς Φλέμμιγ, στο πλαίσιο του προγράμματος Έληξη, Converse, για το οποίο θα σας μιλήσω. Ωραία, σήμερα εδώ είμαστε μαζί με τους άλλους δύο φίλους και συνεργάτες με τον Σανάστο Βεργούλη και τον Φόρετο Ψωμόπουλου για την Ανάλιση Ιολοϊκών Δεδομένων. Ωραία, πρώτο, αρχίως να μιλάω για το Γάλαξι, θα πω δύο πολύ σύντομα πραγματάκια για το Έληξηρ. Τι είναι το Έληξηρ. Το Έληξηρ είναι ένας οργανισμός, ένας... οργανισμός... ένας διακυβαινητικός οργανισμός που συγκεντρώνει πόρους άνα την Ευρώπη για τις επιστήμες της ζωής και υπόρει αυτή είναι βάση δεδομένων, εργαλία λογισμικού, εκπαιδευτικό υλικό, πρότυπα και υπολογιστική πόρη. Ο απότερος τόχος του Έληξηρ είναι να συντονιστούν αυτή η πόρη και να σχηματιστεί μία ενία υποδομή η οποία θα διευκολίνει τους επιστήμονες κατά την έβρεση και κοινή χρήση δεδομένων, ανταλλαγή υπιλογνωμοσύνης και σύμφωνοία για βέλτες πρακτικές την επιστήμονική έρευνα. Τώρα το Έληξηρ στηρίζεται σε πέντε πιλόνες. Όλους του ιδράσης πραγματοποιούνται μέσω πέντε πιλόνων που ονομάζονται platform, το tools, το compute, το training, interoperability και data. Με τη σειρά τους τώρα, αυτοί οι πιλόνες, αυτά τα platforms, καθοφηγούνται από 11 κοινότητες δεν θα τις αναφέρω, τις βλέπετε εδώ, οι οποίες αναπτήσουν πρότυπα υπηρεσίες και εκπαίδευση στους τομείς πάντα στις επιστήμες της ζωής. Τώρα το Έληξηρ έχει στόχο να ενώσει τους κορυφές οργανισμούς βιοεπιστήμων της Ευρώπης στις διαχείρις και τη ασφάλιση του αυξανόμενου οόγου δεδομένων που παράγονται από δημόσια χρηματοδοτούμενη έρευνα και τα μέλη του Έληξηρ σχηματίζονται κόμβους. Αυτή τη στιγμή έχουμε 22 μέλη κόμβους στις διαχείρις. Τι κύπρο όλοι αυτοί οι κόμβοι ενώ συνολικά περισσότερους από 700 ερευνητές σε περισσότερα από 220 ερευνητικά κέντρα και κεντρικά ηδραστηριότηση του Έληξηρ συντονίζονται από το Έληξηρ Χάμπ το οποίο εδρεύει στο Ινωμένο Βασίλιο στο Welcome to the New Campus. Τώρα εμείς στο ελληνικό σκόμβο, στο Έληξηρ Γκρίζ μετέχουν 16 μέλη στον ελληνικό κόμβο και μάλιστα τις τελευταίες μέρες προσθέσχε άλλο ένα μέλος ο δημόκριτος βλέπετε εδώ πέρα τα μέλη πώς είναι, είναι αποκεντρωμένα δεν είναι όλα μαζεμένα στα μεγάλα κέντρα είναι αποκεντρωμένα τα μέλη μας για την τρετία 2018-2020 ο προεπολογισμός ήταν τις τάξεις των 4 εκατομμυρίων ευρώ και από αυτό το προεπολογισμό χρηματοδοτήθηκαν στην PlatformaTools 23 εργαλεία στο data 12 βάσεις δεδομένων στο training 15 σειρές μαθημάτων και workshop ενώ στο compute βρέσκαν λύσεις για cloud computing AI authorization και authorization interface για ασφαλής τρόψη μεταφοράς αυτά με το elixir θα επανέλθουμε στο elixir όταν θα μιλήσουμε σε ένα λεπτό για τον κάλαξι πρωτού ξεκινήσουμε να μιλάμε για τον κάλαξι να σας πω την ανάγκη που μας οδείγησε να χρημοποιήσουμε κάλαξι από την αρχή όταν φτιάχτηκαν υπολογιστές ο πρώτος τρόπος που μπορούσαμε να επικοινωνήσουμε, να τρέξουμε δολές και προγράμματα στον υπολογιστή ήταν μέσω του command line μέσω της console μέσω της γραμμής εντολής cli αυτός ο τρόπος ξακολουθεί να υπάρχει και σήμερα και είναι πολύ πρακτικός με βολεύει εμένα που έχω εμπειρία όταν θέλω να τρέξω ένα πρόγραμμα θέλω να γράψω κάτι να μπορώ να γράφω σύνθετες εντολές σαν αυτή εδώ όπου το input από κάποιες άλλες μπορώ και συνδυάζω πολλές εντολές σε μια γραμμή και κάνω αυτό ακριβώς που θέλω αυτό όμως δεν είναι πάντοντε βολικό για ανθρώπους που δεν θέλουν να πούν στη διαδικασία να μάθουν ή που τους τρομάζει μια τόσο μεγάλη εντολή υπάρχει πάντοντε η χρήση του Graphical User Interface εδώ πέρα το γραφικό περιβάλλον που έχουμε όλοι σε ό,τι μηχάνιμα έχουμε με click click click πετυχαίνουμε αυτό που θέλουμε τώρα προφανώς δεν υπάρχει λόγος να χρησιμοποιώ μόνο το GUI ή μόνο το command line το ιδανικό να χρησιμοποιώ και τα δύο κάνω τη ζωή μου εύκολη με το GUI αλλά για πράγματα που γίνεται πιο γρήγορα από το command line θα χρησιμοποιήσω το command line ωραία έχοντας το μυαλό μας αυτό πάμε να δούμε τώρα τι είναι το γάλαξι το γάλαξι ή δενά πρόγραμμα είναι open source μας αρέσει αυτό την ανοιχτουκόδικα ευνητές που δεν έχουν μεγάλη εμπειρία στην πληροφορική να μπορούν να πραγματοποιούν υπολογιστικές αναλήσεις μέσω του διαδικτύου σε ένα χραφικό περιβάλλον ο χρήστης για να λεπιδράσουμε το γάλαξι το μόνο που χρειάζεται είναι μια πρόσβαση στο web άρα πρόκειται για μια software as a service η πηρεσία δηλαδή το μόνο που χρειάζομαι εγώ για να συνδεθώ με το γάλαξι είναι να έχω ένα web browser να βάζω τα δεδομένα μου στο γάλαξι μπορώ να καθορίσω τις αναλείσεις που επιθυμώ με βάση click, με βάση το γραφικό περιβάλλον όταν ολοκληρώσω τον καθορισμό το γάλαξι θα εκτελέσει αυτές τις αναλήσεις προφανώς σε κάποιους υπολογιστικούς πόρους που του έχω ήδη δώσει ο οποίος έχει κάνει την κατάσταση αλλά όλα αυτά θα γίνει με διάθανο τρόπο για το χρήστη άρα ο χρήστης δεν θα δει και θα έστρέξανε θα δώσει τα αρχικά δεδομένα θα διαλέξει τι χρειάζεται και θα πάρει τα αποτελέσματα τα αποτελέσματα θα παρουσιαστούν στην οθόνη μπορείτε να τα κρατήσει εκεί ή να τα προβωθήσει για περιτέρο ανάλυση σε κάποια άλλη οργαλείο του γάλαξι ή να τα κατεβάσει στον υπολογιστή του οπότε εγώσα χρήστης συνδέομαι το web browser μέσω του Firefox του Chrome, ότι έχω στο στη σελίδα του γάλαξι διαλέγω τι θέλω να τρέξει και το γάλαξι από πίσω χωρίς να ξέρω οπότε συνδέεται σε κάποιο server ή σε κάποιες cloud υποδομές και τρέχει της αναλύσης και μου αμφανίζει τα αποτελέσματα οπότε εγώ μιλάω μόνο με το web browser δεν χρειάζει να ξέρω τι γίνεται τώρα, το γάλαξι είναι κάτι το οποίο είναι δημοφιλές έχει πιάσει πολύ υπάρχουν περισσότερες από 100 εγκαταστάσεις του γάλαξι στο δίκτυο οι πιο γνωστές είναι το usegalaxy.org το αμερικάνικο γάλαξι, το usegalaxy.eu ο ευρωπαϊκός server το usegalaxy.org.eu στην Αυστραλία καθώς υπάρχουν και πολύ πολύ ακόμη ή πλέον με πολλές φορές εγκαταστάσεις του γάλαξι κάποιες είναι τελείως δωρεάν κάποιες είναι εμπορικές κάποιες θέλουν είναι για συγκεκριμένα εργαλεία γενικά υπάρχει ένα director υπάρχει ένα σκατάλογος εδώ πέρα σε αυτή τη σελίδα που μου δείχνει όλες τις διαθέσεις μες εγκαταστάσεις που υπάρχουν στο γάλαξι και έχουν βγάλει προς τα έξω τα στοιχεία τους μες αυτές οι εγκαταστάσεις σε 100 προσθέσαμε και το έλειξη Gris προσθέσε μια δική του εγκατάσταση του γάλαξι. Αυτή η εγκατάσταση τρέχει σε ένα κλάστερ τριών Vm τριών οικονοικών μηχανιμάτων τα οποία έχουμε πάρει από το eGCI δεν λογω κάτι παραπάνω για το eGCI θα σας μιλήσει αναλυτικότατα ο κύριος Βεργούλησα μετα έχουμε λοιπόν 3 μηχανήματα με συνολικά 48 CPU 192GB RAM και 3TB storage αυτά τα 3 μηχανήματα είναι συνδεδεμένα μέσω ενός ιδιωτικού δικτύου μοιράζονται ένα κοινό φάιλ σύστημα και οποιαδήποτε εργασία είναι να τρέξει ανατήθεται μέσω ενός Workload Manager του SLARM ώρα για να συνδεθω εγώ στο γάλαξη τη δικιά μας του έλειξη Gr δεν χρειάζεται είναι ελεύθερο δεν χρειάζεται διέτερ προσπάθεια το μόνο που χρειάζεται να πάω στην κεντρική σελίδα και είτε να κάνω register οπότε να κάνω register τον εαυτό μου να δώσω ένα e-mail και ένα password και να φτιάξω ένα λογαριασμό ή ακόμη καλύτερα αυτό που προτιμούμε εμείς είναι να χρησιμοποιήσετε το έλειξη login το οποίο πάλι είναι δωρεάν και εύκολο να βγει το σηκωτικό σας κέντρο από το πανεπιστήμιο ο οποιο affiliation έχετε ώρα ας αφήσουμε λίγο τώρα τα θεωρητικά και πάμε να δούμε αυτήν η σελίδα του usegalaxy το δικό μας usegalaxy-gris.org πατάω επάνω και ανοίγει τώρα δεν είμαι σίγουρος δεν βλέπετε ακόμη τον θόνι μου ένα λεπτό να την ξανααλάξω ώρα λοιπόν με το που συνδέομαι τρία κομμάτια εδώ αριστερά είναι τα εργαλεία εδώ δεξιά είναι το history και βλέπω ότι έχει τα δεδομένα που έχω χρησιμοποιήσει και στο κέντρο είναι εδώ που θα κάνω τις επιλογίες και τα διάφορα εργαλεία λοιπόν εδώ αριστερά που είναι τα εργαλεία ουσιαστικά είναι κατηγοροποιημένα αν πατήσω πάνω ας με εδώ το textman θα δω ότι από κάτω έχει και άλλα εργαλεία με το history που είπαμε ότι είναι όλα τα δεδομένα αν πατήσω σε ένα εργαλείο θα δω ότι εδώ στο κέντρο θα μου εμφανήσει τις επιλογίες για αυτό το εργαλείο ας φτιάξουμε ένα καινούριο history ας το πούμε openair λοιπόν εδώ μπορώ να βάλω ότι δεδομένα θέλω αυτή τη στιγμή δεν υπάρχουν δεδομένα ένας τρόπος είναι να ανεβάσω από τον υπολογιστή μου ένας δίκτυο ας ξεκινήσω αυτό τη δεύτερη επιλογή επιλέγω εδώ το ucse main και θα συνδεθώ στο genome browser του ucse και μπορώ να πάρω μπορώ να του πω δώσε μου τα γονίδια από το refsec και να του πω τι θέλω ή μπορώ να του πω να μου δώσει όλο το γονίδιο ή μπορώ να του πω θέλω μόνο το χρωμόσο ή μπορώ να του πω τι μεγεθώς ωραία θα μου το βγάλει σε ένα bed αρχείο έχει την καρισμένο το send του γάλαξη άρα ότι βγάλει θα το στείλει κατεθεί να στον γάλαξη πατάω get output μου κάνει άλλη μία ερώτηση αν θέλω το bed να έχει σε κάθε γραμμή όλο το γονίδιο ένα το spy ας βάλουμε ότι θέλουμε σε coding reactions δεν έχει σημασία για το δικό μας παράδειγμα και πατάω send θα αφανιστεί αυτό το πορτοκαλεί πλαίσιο που σημαίνει ότι κάτι τρέχει στο background έχει αρχίσει κάτι και τρέχει άρα πάει μόνο του το γάλαξη στο ucse και θα μου κατεβάσει τα γονίδια που υπάρχουν για το ανθρώπινο γονιδίωμα στο χρωμόσομα 22 ωραία όσο αυτό δουλεύει αν πατήσω επάνω του βλέπω ότι μου δείχνει εδώ πέρα πέντε πρώτες γραμμές του αρχίου αν πατήσω εδώ το μαντάκι θα μου δείξει όλα τα περιοχόμενα του αρχίου άρα βλέπω ότι πράγματι είναι ένα bass αρχείο που έχει τις υποχωρωτικές 3 κολόνες και τα υπόλοιπα σε κάθε κουτάκι πράσουν εδώ έχει την επιλογή του download αυτή η δισκετούλα εδώ ή αν πατήσω δίπλα στο details θα μου δείξει πληροφορίες σχετικά με αυτό το αρχείο πώς προήλθε θα μου πει ας με τι τίπου είναι θα μου πει που είναι αποθηκευμένο το πολύ ενδιαφέρον θα μου δώσει ακριβώς την εντολή την εντολή που χρησιμοποιήθηκε για να παρακθεί αυτό το αρχείο και θα μου δώσει κάποιες πληροφορίες για την εργασία σε πόσα που έτρεξε πόσα ο χρόνο έκανε και τα λοιπόν ωραία άρα πάμε εδώ πέρα να φέρουμε κάποια άλλα δεδομένα να φέρουμε κάποια δικά μας δεδομένα μπορώ να πατήσω upload file from your computer είτε θα κάνω drop εδώ είτε πατάω το choose και έρχε να λέω έχω ετοιμάσει δύο fast q αρχία πατάω start και θα δω ότι αρχήσαν να μπαίνουν και τα fast q αρχία τα έχω φτιάξει εγώ είναι απο reads που έχουν γίνει a line στο χρωμόσομα 20 άρα θα κάνουμε και τώρα θα κάνουμε a line πάνω στο χρωμόσομα 20 για να το κάνουμε a line χρειαζόμαστε και το γωνιδίωμα το γωνιδίωμα πειδή είναι μεγάλο θα ανεβάσω μόνο το συγκεκριμένο χρωμόσομο το χρωμόσομα 20 το οποίο όμως και πάλι είναι μεγάλο με την ζωή το Galaxy επιτρέπει να ανεβάζουμε και μέσω ftp άρα έχω ανεβάσει ήδη μέσω ftp αυτά τα αρχία με ένα πλο ένα file z λα είναι οτιδήποτε ftp και θα ανεβάσω το γωνιδίωμα το fast και ανεβάζω καλά δύο αρχία που θα δούμε στη συνέχεια που θα μας χρειαστούν αυτά τα αρχία θα ανεβουν πάρα πολύ γρήγορα και βλέπω λοιπόν ότι έχω ήδη τα δύο fast αρχία αν πατήσω επάνω θα μου δείξει πάλι την πρώτη γραμμή ωραία, ο στόχος μας λοιπόν είναι αυτά τα δύο fast αρχία να τα κάνουμε a line πάνω σε αυτό το fast πάνω σε αυτό το γωνιδίωμα ακριβώς επειδή δεν χρειάζεται κομμάντ λάιν εγώ θα γράψω θέλω να το κάνουμε το πρόγραμ με το bwa έρχομαι εδώ πάνω αριστερά και γράφω bwa και μου βγάζει τις επιλογές που έχει για το bwa ας πούμε όσο θα το κάνουμε το bwa με μου λίδα και μου λέει πού θέσα να το κάνεις μάπ σε πιο γωνιδίωμα σε κάποιο built-in όχι έχω το δικό μου θέλω να το κάνω σε αυτό στο cdsr 20 ωραία τι είδους ριντέχεις μπορεί να έχει single, perd, interlift έχω τα perd και το πρώτο είναι το sample 1 και το άλλο είναι το sample 2 έχει διάφορες επιλογές ακόμη τι είδους εδώ μένα, είναι η λούμινα είναι όντως η λούμινα άρα τι έκανα, επέλεξα ποιον είναι το γωνιδίωμα μου τα δύο fast αρχεία και πατάω execute θα δω τώρα ότι θα πάει εδώ ένα κουτάκι gris μέχρι να γίνει submit το πορτοκαλί σημαίνει ότι άρχισε να τρέχει η διαδικασία αν πετύχει θα γίνει πράσινη αν αποτύχει θα γίνει κόκκινη το πλάνο είναι να μην δούμε πότε το κόκκινο σήμερα τρέχει αυτό έχω ανεβάσει εδώ πέρα και ένα SAM αρχείο μπορούμε να δούμε αν πατήσω το μαντάκι θα δω το SAM αρχείο έχει αυτά τα περιεχόμενα για αυτά που ξέρετε θα δείτε ότι αυτό το SAM δεν είναι σορταρισμένο εδώ τα position δεν είναι ταξινομιμένα από το μικρότερο το μεγαλύτερο μπορώ να χρησιμοποιήσω να το ταξινομίσω πάλι θέλουμε να αποφύγουμε το command line άρα μπορώ να χρησιμοποιήσω το SAM tool sort εδώ το SAM tool sort που θα του πω ότι ξέρεις θέλω να πάρεις αυτό το αρχείο και να το σορτάρεις με βάση το coordinate θα πατήσω execute και θα αρχίσει να τρέχει όσο μήλαγα τελείωσε το alignment εδώ θα δω ότι έχει τελειώσει το alignment μπορώ να πατήσω το ματάκι και να δω τα περιεχόμενα του BAM αρχείο μπορώ να πατήσω το I και να δω ότι τι ακριβώς έγινε ότι είχαμε αυτό το input αυτό το fast αυτά τα δύο fast Q ήταν η λούμινα είναι 21 δευτερόλεπτα ωραία μπορώ επίσης με το download να το κατεβάσω στον υπολογιστή μου να το κάνω the download στον υπολογιστή μου δεν θα το κάνω δεν έχει νόημα και το πιο σημαντικό αυτό που επιτρέπει το galaxy είναι αυτό το QB που εμφανίζει και εδώ το run της job again αν το πατήσω τώρα θα δω ότι μου εμφανίζει ακριβώς τα ίδια settings που είχα βάλει το new task και μπορώ τώρα εγώ να τρέξω το ίδιο πράγμα απλά αλλάζοντας τα δεδομένα δηλαδή έχοντας έναν καινούριο πείραμα μπορώ να ανεβάσω τα καινούρια δεδομένα και να του πω τρέξε τα ίδια με την προηγούμενη φορά απλά άλλαξε αντί να τρέξε αυτό το αρχείο τρέξε κάποιο νέο αρχείο αυτό είναι πάρα πολύ σημαντικό γιατί μπορώ να επαναλάβω τα ίδια βήματα χωρίς να χρειάζεται να θυμάμαι γιατί ήχα βάλει γιατί μου το κρατάει το γάλαξι είδαμε και το samtool αν ήθελα πάμε όσο χάρι να κρατήσω από το αρχείο που κατεβάσαμε είχαμε κατεβάσει ένα bed αρχείο θα μπορούσα να του πω ότι θέλω να κρατήσεις από το BAM αρχείο τις συγκεκριμένες περιοχές που υπάρχουν σε αυτό το bed που κατεβάσαμε γίνεται πολύ εύκολα εδώ πέραξε, ο οποίοντας πάλι το intersect μπορώ να του πω ότι ξέρεις θέλω να πας και να κάνεις intersect με το bed tools για κάποιον λόγο δεν το βλέπω θα το βρω λοιπόν στο bed tools μπορώ να του πω ότι ξέρεις θέλω να κάνεις intersect τα δύο αρχία και θα κρατήσει το BAM αρχείο όσα περιέχονται εδώ στο bed γενικά οι δυνατότητες του γάλαξη είναι πάρα πολλές όσα εργαλεία έχω και προσθήθες συνέχεια και νουργιαργαλεία τόσες αναλείσεις μπορώ να κάνω πάνω στα δεδομένα μου οπότε νομίζω ότι κάπου εδώ εξάντλησα το 20 λεπτό μου θα σταματήσω εδώ και ευχαριστώ πολύ για την προσοχή σας καλόκηση έχετε και περνάω τώρα το μικρόφανο στον κύριο Βεργούλη καλή σπέρα και από καλημέρα βασικά λοιπόν να δοκιμάσω λίγο τη λειτουργή το surf screening λόγικά βλέπετε την οθόνη μου ναι ναι ok λοιπόν εγώ θα σας μιλήσω για το eGCI πριν ο Αλέξανδρος ουσιαστικά είναι η cloud υποδομή πάνω στην οποία τρέχει αυτή τη στιγμή αυτή η γάλαξη η κατάσταση και γενικά είναι η cloud υποδομή που χρησιμοποιείτε που αναπτήσετε και χρησιμοποιείτε για τις ανάγκες του ελληνικού κόμβου έληξη αυτό το συγκεκριμένο νέφος υπολογιστών και είναι αποτέλεσμα της αγοράς καινούργιο εξοπλισμού από το έδιτε που υποστηρίζει την κοινότητα του LXGR και θα απαρτίζεται από αρκετά μηχανήματα διαφορών τύπον και κλάστρα από κάτω που υποστηρίζει αυτό το υπολογιστικό νέφος πρώτον θα υπάρχουν σε αυτή την υποδομή 32 convy με 28 cores και 512gb tram που είναι η συνήθυση υπολογιστική πόρρη που θα χρησιμοποιεί η convy για τους υπολογιστικούς πόρους θα υπάρχουν δύο πιο δυνατά μηχανήματα που έχουν πολλά cores και αρκετοί διπλάσια RAM συγκεκριμένα 48 cores και 1tB tram το καθένα θα υπάρχουν κάποια μηχανήματα ειδικού σκοπού όπως είναι 3 μηχανήματα που θα έχουν πάνω τους gpu's για να μπορούν να χρησιμοποιηθούν από αναλύσεις που το υποστηρίζουν αυτό και 8 μηχανήματα με γρήγορους δίσκους σε στις διεχνολογίας για εφαρμογιές που μπορεί να έχουν πάρα πολύ μεγάλες απαιτήσεις σε διάβασμα και γράψουμε στο δίσκο τέλος υπάρχουν έχουν προβλευθεί και 9 μηχανήματα που θα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τις διάφορες πλατφόρμες που υποστηρίζουν την διάθεση των πόρων σε όλους αυτούς σε όλα αυτά τα σενάρια Συνολικά λοιπόν μιλάμε για ένα νέφος που περιλαμβάνει πάνω από 1500 πολιγιστικούς πιρίνες μπορείτε να το βρείτε στη διεύθυνση που φαίνεται σε αυτή τη διαφάνεια αν έχετε πρόσβαση στο περιβάλλον διαχείρησης σε αυτών των πόρων το IGCI Τώρα αυτό βλέπετε ότι το όνομα σε βέταμορφη το βασικότερο θέμα σχετικά με το βέτα είναι ότι ο εξοπλισμός αυτός που συζητάμε βρίσκεται ακόμα στη διαδικασία της εγκατάστασης υπήρξε ένας διαγωνισμός για την αγορά αυτό το εξοπλισμό έχει ελοκληρωθεί πριν από λίγο καιρό και ευελπιστούμε ότι μέσα στο Δεκέμβρι τα μηχανήματα αυτά θα κατασταθούν και αφού εγκατασταθούν τα μηχανήματα μετά θα χρειαστεί ένα μικρό διάστημα για να γίνει η μεταφορά τους της όλης πλατφόρμας πάνω στον καιδοκιμές πάνω στον καινούργιο εξοπλισμό Οπότε ευελπιστούμε και περιμένουμε ότι το αργότερο μέχρι το Φλεβάρι του 2021 θα έχει εγκατασταθεί το σύστημα αυτό και το εξοπλισμό που σας ζητάμε στο μέσω διάστημα πάντως εδώ και παραπάνω από 1,5 χρόνο υπάρχει διαθέσιμο υπάρχει διαθέσιμη συγκεκριμένη πλατφόρμα για τη διαχείριση αυτών τέτοιου ίδιους πόρων από εφαρμογές που ανήκουν στην κοινότητα του Elixir Gris και απλά χρησιμοποιούμε κάποιους δανικούς πόρους από το Εδητέ για να μπορέσουμε να υποστηρίξουμε αυτές εφαρμογές όπως για παράδειγμα το Galaxy σύστημα που είδατε πιο πριν Τώρα, η πρόσβαση στους υπολογιστικούς πόρους σε αυτό το νέφος οσχεστικά πραγματοποιείται επιτυχάνεται με τη χρήση κάποιων πλατφόρμων που έχουν αναπτυχθεί από το Ερυντικό και Αντιοαθινά η πρώτη πλατφόρμα το κλήμα είναι μια πλατφόρμα που χρησιμοποιείται για να γίνει που χρησιμοποιείται για το management των resources οσχεστικά όπως θα δούμε στη συνέχεια επιτρέπει στους χρήσης υποδομής να δημιουργούν projects και στους διαχειριστές υποδομής να διαχειρήσουν τα ετοίματα να τα εγκρίνουν ή να τα απορρίπτουν ανάλογα τέλος πάντων με τις προδιαγραφές τους και να επίσης δίνονται και η πρόσβαση μέσω αυτόντους συστήματος στους χρήσης αφού έχουν γκριθεί κάποια projects για αυτούς που δεσμεύουν συγκεκριμένους πόρους να έχουν πρόσβαση σε ένα άλλο σύστημα που θα δίνει τη δυνατότητα χρήσης αυτών των πόρων αυτή η πλατφόρμα όπως είπα και είναι ανοιχτής του κόδικα έχω τη διεύθυνση του αποθετηρίου στο github που μπορεί κανείς να βρει τον κόδικα και μπορεί να χρησιμοποιηθεί και από άλλα η νίσια της που θέλουν να φτιάξουν τα δικά τους clouds και μάλιστα υπάρχουν κάποιες πρώτε σκέψεις και συζητήσεις για τη χρήση του κλίμα και σε άλλες τα τις υποδομές το δεύτερο σύστημα που χρησιμοποιείται στο πλαίσιο του gci είναι το σκήμα αυτό επιτρέπει έναν αναλλακτικό τρόπο από αυτόν που είδα για τον galaxy για τη χρήση αντιμάντηπο λογισμών ουσχεστικά υποστηρίζει και αυτό την εκτέλεση workflows απλά όχι galaxy workflows συγκεκημένα workflows που είναι γραμμένα στην δηλωτική γλώσσα cwl και αυτό είναι ανοιχτού κόδικα και μπορεί κανείς να το βρει στο αποθετήριο github που έχω συγκεκημένη διαφάνεια και μπορεί φυσικά να στηθεί και να χρησιμοποιηθεί και από οποιοδήποτε άλλον το επιθυμί τώρα και οι δυο αυτές πλατφόρμες ουσχεστικά έχουν σαν requirement να υπάρχει στο cluster που θα κατασταθούν κατεστημένη open stack για τη διαχείρηση των virtual machines που βλέκονται σε αυτές οι εργασίες όπως επίσης και των Kubernetes για τη διαχείρηση των demand computations του σκήμα. Ας δούμε λίγο πιο αναλυτικά πώς κάποιος χρήσει της αποκτάπρος βασ αυτούς τους πόρους υπάρχουν 3 βασικά ήδη περισσειών που θα παρέχονται από το IGCI Το πρώτο αφοράσα υπηρεσίες που εκτελούνται που πρέπει να είναι διαθέσιμες 24-7 και θα μπορούσαν είναι για παράδειγμα ένα database ή ένα website που βρίσκεται μπροστά από αυτό το database και δίνει πρόσβαση στα αντίστοιχα data στους χρήστες για να το χρησιμοποιούν ή για παράδειγμα κάτι στο Galaxy που έδειξε πριν ο Αλέξανδος το οποίο το έχουμε στήσει ως 24-7 service πάνω στο IGCI Ουσχεστικά λοιπόν αυτές οι περισσείς παρέχουν virtual machines για τους χρήστες Το δεύτερο η δεύτερη μεγάλη κατηγορία είναι the on-demand computation projects αυτά είναι βασισμένα στα CWL workflow όπως είπα και πριν και ουσχεστικά δίνει να εκτελέσει on-demand είτε κάποια workflow που έχουν ανεβάσει άλλοι χρήστες και μπορεί να τα βρει διαθέσιμα με έναν εύκολο τρόπο και να γραφικό interface και επίσης να ανεβάσει ο ίδιος κάποια δικά του workflow και να τα κάνει διαθέσιμα στους υπόλπους ή να τα έχει διαθέσιμα για τον εαυτό του privately τέλος ακόμα δεν δίνεται αυτή δυνατότητα αλλά θα δίνεται υπολογίζουμε το πρώτο τρίμμινο του 2021 θα δίνεται λοιπόν δυνατότητα για μεγάλα data set που έχει κάποιος χρήστης να μπορεί να τα αποθηκεύσει σε tape storage προκειμόντας έχει διαθέσιμα για backup, μιλάμε για ένα είδος αποθύκευτικού μέσου όπου αν κάποιος χρειαστεί να τα κάνει retrieve αυτά τα δεδομένα θα πρέπει να περιμένει αρκετά λεπτά δεν είναι δηλαδή για τα δεδομένα τα οποία θέλει κάποιος τα χρησιμοποιεί για αναλήσεις σε πραγματικό χρόνο μιλάμε για κάποιο μεγάλο data set που δεν προβλέπεται να το ξαναχρησιμοποιήσει στο επόμενο διαστημα δεν θέλει όμως να το πετάξει για να απελευθερώσει χώρος άλλο είδος storage που μπορεί να το χρησιμοποιήσει για real-time αναλήσεις μπορεί να πάρει αυτό το data set και να το αποθηκευσει σε ένα τέτοιο τύπου project όλα αυτά τα project μπορεί κάποιος να χρησιμοποιήσει ουσιαστικά μέσω της πλατφόρμας κλήμα που είπαμε πιο πριν και η πρόσβαση σε αυτή τη πλατφόρμα για το intci είναι ανοιχτή με το χρησιμοποιήνταση δηλαδή οποιούς δίποτε χρήστης έχει φτιάξει στο πλαίσιο του έληξη ένα λογαριασμό εάν αυτό δεν χρειάζεται να κάνει κάτι τρομερό πρέπει απλά να κάνει η register με τα credentials που έχεις τον οργανισμό του αν έχει κάποιο institutional email στη συνέχεια, αν έχει ενεργοποιημένο λοιπόν τον έληξο λογαριασμό μπορεί να κάνει εναλογή και σε αυτή την υπηρεσία που είδαμε σήμερα να γίνονται χώσεις στο έληξη gr ένα πολύ γρήγορο πλάνο του interface υπάρχει ένα βασικό dashboard όπου χρήσεις μπορεί να δημιουργήσει ένα καινούργιο project μπορεί να δει τα project request που έχει στήλη μέχρι τώρα και σε τι κατάσταση βρίσκονται και για όσα project request έχουν γίνει αποδεχτά μπορεί να δει τα ενεργά project όπως επίσης και παλιότερα project τα οποία έχουν ελήξει αυτή τη στιγμή μπορεί να βρει περισσότερες πληροφορίες γι' αυτά πατώντας τα κουμπιά που στο κουμπάκι details που υπάρχει σε κάθε entry μπορεί να κάνει ένα έτοιμα για να ανανεωθεί το project για παράδειγμα τοπότε λίγη ή για παράδειγμα ποιους πόρους θέλει να δεσμέβω το συγγεκμένο project και τέλος υπάρχει το κουμπάκι access που μπορεί να το χρησιμοποιήσει για να μεταφερθεί στην αντίστοιη πλατφόρου με αυτό το δώση πρόσβαση στη χρήση αυτών των πόρων που διαθετεί μέσω αυτό το project εάν δούμε το κομμάτι των 247 services ουσχεστικά το συγεκμένο περιβάλλον τον οδηγήσει ένα interface που μπορεί να δηλώσει τι virtual machine θέλει να δημιουργήσει δίνει και κάποιο public SSH κλειδί για να συνθέται εκεί χωρίς κάποιο password και αφού τα δώση αυτά δημιουργούνται τα VM και ουσχεστικά να κατευθύνεται σε μια σελίδα διαχείρηση σε αυτό το virtual machine όπου μπορεί να δει ποιά είναι η IP του μηχανήματος που δημιουργήθηκε μπορεί να βρει κάποιες χρήσιμες πληροφορίες για το πώς θα παραμετροποιήσει το virtual machine στη συνέχεια και υπάρχει και ένα shortcut για να ανοίξει μέσα από το web browser κονσόλα και να κάνει κάποιες ενέργειες αν για παράδειγμα από την χάνη για ποιονδήποτε λόγο η SSH συνδεσή του όσον αφορά τώρα το κομμάτι για τα on-demand computations ουσχεστικά και αυτά βασίζονται σε έναν κατάλογο από images που είτε είναι ανοιχτά διαθέσιμα μιλάμε τώρα για docker images είτε που μπορεί να ανεβάσει ο ίδιος ο χρήστης πατώντας πάνω στο κουμπάκι new image add new image or add existing image and image request αυτά τα κουμπάκια όλα οδηγούν στη δημιουργία μιας καινούριες εικόνας το πρώτο είναι για να φτιάξει μία καινούρια εικόνα from scratch το δεύτερο είναι για να δημιουργήσει έναν καινούριο version εικόνος που έχουμε ήδη μέσα στο κατάλογο και το τρίτο είναι για να δώσει ένα request οπότε να ενεργήσουμε κατάλαβο να το προσθέσουμε κι αυτό επιπλέον το κάθε έντρι έχει ένα κουμπάκι run που είναι το πατήσι, του εμφανίζει μία φόρμα όπου μπορεί να δώσει το input και της παραμέτρου χρειάζεται το software για να εκτελεστεί και να τρέξει το συγκεκριμένο software τα data του τα ανεβάζει αν πάει στην καρτέλα data και να βάσει κάποιο data στο το να διαφαίνει να χρησιμοποιήσει για τις αναλύσεις του παρόμια υπάρχει και το interface για τα workflows και τώρα πρωτού κλείσω να πω ότι υπάρχουν κάποια καινούρια features που έχουν δοθεί πολύ πρόσφατα όπως επίσης και κάποια που είναι προγραμματισμένον να δοθούν πολύ σύντομα όσο αναφορά την πρώτη κατηγορία το πιο σημαντικό από αυτά είναι το κουμπάκι visualized by workflows και με βάση την περιγραφή στην WL που έχει δοθεί για το καθένα από αυτά μπορεί να δημιουργηθεί αυτομάτα ένα visualization που δείχνει πια τα components που αυτό περιλαμβάνει τώρα για τα οι δεύτεροι κατηγορία για τα features τα οποία θα δοθούν πολύ άμεσα συγκεκριμένα μέχρι το γεννάρι του 2021 τα δύο πιο σημαντικά είναι ότι προστείθε τη υποστήριξη με κάποια data repository και κατά λόγους από data sets από open data sets συγκεκριμένα το Helix και το Zenondo ο σχετικά ο χρήσης θα μπορεί να ανεβάσει επευθείας από το Zenondo και το Helix data set για να τα χρησιμοποιήσεις τα αναλήσεις του όπως επίσης και κάποια αποτελέσματα μιας αναλυσής του να μπορεί εύκολα να τα κάνει upload στους συγκεκριμένους καταλόγους ενώ το δεύτερο κομάτι αφορά στη δημιουργία arrow create objects τα οποία είναι κάποια πακεταρισμένα αρχεία στο πούμε έτσι που περιλαμβάνουν τα πάντα γύρω από ένα υπολογιστικό πείραμα ουσχεστικά κάθε εκτέλεση μιας ανάλυσης μέσα στο σχήμα θα μπορεί με ένα ευκολο τρόπο να αποθηκευθεί σαν ένα τέτοιο αντικείμενο ουσχεστικά αυτό το αντικείμενο θα περιλαμβάνει μεταδεδομένα για την ανάλυση που έγινε πια software χρησιμοποιήθηκαν πια versions, πια configurations πάνω σε πια inputs και αν υπάρχουν κάποιες σχετικές δημοσιεύσεις όπου τα δίστιχα αποτελέσματα έγιναν report οπότε θα μπορεί ο χρήστης εύκολα να μετατρέψει ένα οποιοδήποτε εξεκίσουν που έχει κάνει σε software πανέβα στο ίδιος ή που έχει περθεί η διαθέσουμε ανοιχτά από την κοινότητα του eGCI να το κάνει ένα τέτοιο πακετάκι και μπορεί μετα οποιοδήποτε άλλος χρήστης να κάνει reproduce το ίδιο πείραμα ή λίγο παραλαγμένο παίρνουν σε αυτό το πακετάκι έτοιμο τέλος να αναφέρω το σκήμα για το κομμάτι του workflow και τον task που εκτελούνται ηλοποίη κάποια international standards από το GA4GAs συγκεκριμένα το web specification και το web specification τα οποία αφορούν στην εκτέλεση τον demand κάποιων tasks και workflows και οσιαστικά υπάρχουν έχουν χρησιμοποιηθεί αυτά έχουν κάποια endpoints ανοιχτά που έχουμε φτιάξει εμείς για να μπορεί να χρησιμοποιηθούν ακόμα και σε μια λογική federated resources δηλαδή να διατείθονται κάποιοι port to eGCI από κάποια άλλα cloud πιθανά άλλον Convent to Elixir για τον ίδιο υπολογισμό και φυσικά υπάρχει βοήθεια υποστήριξη μέσω φόρμα κάποια χρήγορα στατιστικά που δείχνουν δεν νομίζω ότι έχουν πολύ μεγάλο ενδιαφέρον εκεί που θέλω να σταθώ πριν κλείσω είναι ότι υπάρχει το επίσημο Twitter account για το Elixir GR Computation Compute Platform και υπάρχει επίσημο κανάλι στο YouTube το οποίο αυτή τη στιγμή δεν έχει ακόμα υλικό αλλά σύντομα θα αρχίσουν να ανεβαίνουν εκεί κάποια tutorial σχετικά με διάφορα χρησιμοί χρησιμοίς λειτουργείς θέλω να κάνει κάποιος πάνω στο eGCI και τα δύο υπάρχουν σαν σύνδεσμι στο κάτω μέρος στο footer το eGCI, οπότε αν δεν τα δείτε από τη διαφάνεια μπορείτε να τα βρείτε από εκεί εύκολα αυτά από μένα και επικοινωνίες, γιατί τίποτε θέλετε σχετικό μπορούμε να μιλήσουμε και αυτά ήταν από μένα Τέλεια οπότε νομίζω είναι η δική άμψηρα τώρα καρχήν να ευχαριστήσω το Athena και την LA και για την πρόση, για την εξαιρετική οργάνηση στις τώρα θα κάνω και εγώ σε την φωνή μου αλλά αυτή τη φορά θα κάνω λίγο μια διαφορετική λογική και ελπίζω να βοηθήσει λίγο περισσότερη κατάσση εκεί πέρα όπως είπηκε η Έλη στην Νησαγωγή το όνομα μονήφωσης των όπλους συμμεριβουθεί στον τοφασμό δυοπιστημών στο κέτα, στη Σαλονίκη με τον κάλαξι αν και ασχολούμαι περιστασιακά αρκετά χρόνια ουσιαστικά η εμπλοκή μου άρχισε πιο στιγματικά να ζήτητα τελευτα περίπου δύο χρόνια πρώτο στόχος μου τώρα είναι να σας δείξω λίγο πώς μπορεί να γίνει ανάλυση εδωμένων COVID πραγματικών εδωμένων COVID με την υποδομή του ελληνικού INSTANCE στον κάλαξι, όπως την έχει ειστήσει ο κύρις Λυμόπουλος και όπως έκανε την παρουσία συμπριν για το πώς είναι τη χρήση του. Ορισμένα κομμάτια θα τα περάσω σχετικά γρήγορα γιατί τα έχει αναφερει ο κύρις Λυμόπουλος και η λαϊκή που θα ακολουθήσουν οι εξής καταρχήν όπως ανεφέρθηκε ήδη, υπάρχουν διάφοροι τρόποι που κάζουν να βάζει το δωμένα. Αυτό που θα χρησιμοποιήσω σαν προσέγκη σε αυτή τη στιγμή είναι να χρησιμοποιήσω δωμένα από το SRA. Το SRA το έχω ανοιχτώ ήδη είναι μια βάζεο δωμένο που δίνεται από το NCBI στην Αμερική και ουσιαστικά αυτό που κάνω μην πάω και επιλέγω μισό λίγο να φαίνεται και θα πάσω εδώ πέρα την SRA και μπορώ καληθεί να επιλέξω να μου δώσει όλες πληφορίες γιατί σε έχω σχέση με το SARS-CoV-2. Αυτό που κάνει γερθεί να μου τα επιστρέφει όλα αυτά. Τώρα εδώ έχω διάφορα σενάρια. Αν ήθελα να κάνω μια πολύ σημαντική μελέτη όπως βλέπετε, οι ελληνικίες που έρχονται είναι τα αποτελέσματα που έρχονται να το κετά. Μπορώ να τα περιορίσω σημαντικά ας σας πω να παίρνω τους χάρη για την DNA. Οπότε αυτοόματα παίρνω αυτές τις επιλογές να είναι Paird η βιλιοθήκης δηλαδή να μην είναι μόνο μιας επιβορίας και όλα αυτά μετά στη συνέχεια μπορώ να πάω σε αυτή την επιλογή που λέγεται RunSelector και να επιλέξω πιο διαδραστικά το κάνω πλάγια να δείτε λίγο πώς βλέπει διαδικασία πιο διαδρασκά ακριβώς τον τάτασε το οποίο με διαφέρει και αυτό με τη σειρά του να το στείλω πίσω στο Galaxy. Αυτό είναι το βασικό πλεονέκτο που δίνει το SRA και το RunSelector εδώ. Όπως λέει το Galaxy ήδη υπάρχει εδώ σαν κουμπί που σημαίνει επιλέγοντας από όλα αυτά τα πειρά μου, τα 1300 πειρά μου τα πια είναι αυτά που θέλω μπορώ επιλέγοντας να πάω με το σχάρι εδώ βλέπω ότι εγώ πήρχε κατεθεί να τον Galaxy και μπορώ να τα στείλω εκεί. Θα αποθύγω αυτή την διαδικασία περισσότερο γιατί θα πάρει αρκετό χρόνο και δεν θέλω να τον σπαταλήσω για αυτό το πράγμα. Οπότε αυτό που θα κάνω θα κάνω θα σβήσω λίγο όλο τα φίλτα θα κάνω κάτι λίγο πιο στοχευμένο και θα επιλέξω παιφθίας τον κοβικό ενός data set που ανήκει σε αυτή την κατηγορία το οποίο θα το χρησιμοποιήσω μετά σαν είσοδο στο Galaxy με παρόμη λογική ώστε να κάνω ένας άλλης. Όπως βλέπετε αυτό είναι ένα σύκωση με το οποίο έγινε στην Αμερική είναι άμπλικο και συνολικά έχει ένα κανοπτικό πλήθος από βάση που καλύπτει τον νιώ. Το ενδιαφέρον για εμένα και θέλω να παρατηρήσω είναι ότι όπως λέει και εδώ τον data set αυτό έχει ήδη επεξεραστώ σε ένα βαθμό και μόνο τα rates τα οποία αντιστοιχούν στην αλλιουχία του αιού έχουν διατηρήφει και επίσης έχει σημασία να δει ποιον το ρέφερο και θα μπορώ να το δω και από το πέρα και θα πάω κατεθεί στον κάλαξι να σας δείξω ένα άλλο τρόπο να μπορέσει να κάψει να τραδείξει εδώ μένα και εδώ ουσιαστικά κάντας ένα χίλκρο διαλέγω τα SRA το κάλαξι όπως το έχει στις το Flaming και ο κύριος Ζημό που συγχριμέν έχει διάφορα εργαλεία τα οποία είναι οργονομένα με διάφορες κατηγορίες μια από αυτές είναι και για COVID-19 γενόμιξ οπότε πιλέγω εδώ αυτό το εργαλείο το SRA εδώ μπορώ να βάλω πιαδήποτε λίστα από κοδικούς και να τους σομπήσω υπάρχουν και πλέον επιλογές πώς θα κατεύουν αυτά το SRA έχει μια βγιά του λογική την οποία κατεβάζει τα ευδομένα αυτά και τα ενδιαφέρον είναι ότι με το πτοπάτησα βλέπετε ότι ανωκοπήθηκαν ήδη τέσσερα πλέον τάτα σε παιδό με την εξής λογική ότι το SRA είναι έναν μπαίνονι και το SRA είναι έναν μπαίνονι και αυτή λοιπόν εξόπητα είναι ο ουρανός και όπως και όποτε εδώ μπορεί να απορρέχεις την ίδια πλουοφορία ουρυμμένος σου λέει ότι δημιουργήθηκαν διαφορετικά τα άντασες και στο τέλος κάθε ένα από αυτά θα περιέχει την δίση πλουοφορία λευδομένα θα έχονται μόνο τα Perenn όπως υπάρχουν εδώ τα SRA διοντάς εδώ, εδώ και ζητώνω να κατεβάσω δωμένο από εξωρική βάζο δωμένο. Ξέρω ότι η αλλογία αναφοράς είναι κατεχημένη και στο ζενόντο, οπότε μπορώ να χρησιμοποιήσω το link απαιχθίας από το ζενόντο και να του πω, ωραία, αυτό το αρχείο μου θέλουμε από το κατεβάσεις. Μπορώ να κάνω διάφορες επιλογές, να μου διαλέξεις πιο τύπο δωμένο, τον κάλαξη είναι αρκετά έξιπμος της αλλογικής λογικής, οπότε μπορεί να αναγνωρίσω εσείς κάτι μια λογική εφάστα, δεν με προβληματεί για αυτό το κομμάτι. Οπότε έτσι θα έχω τα αρχικά μου δωμένος στην πορεία. Βλέπετε ότι όσο συζητούσα, βλέψα και τα γρήγοια και κατέβεστε τα δωμένα κατευθείαν πέραντα. Αξίζει το κόπο λίγο να το δούμε αυτό για να δείτε λίγο ένα διαφορετικό τροποργάνο στον δωμένο στον κάλαξη. Όπως είπε κοιτούζουμε πλούς πριν, το κάθε πράσινο τραγωνάκι εγώ τη στιχή σε ένα data set. Επομένως από εδώ και πέρα κάθε ένα από αυτά της πεί σε μια πλοπηγή πλοφορία, σε ένα αποτέλεσμα μερικές φορές. Παρόλα αυτά τον κάλαξη έχει την ανθρώπηση σε collection, δηλαδή αν έχουμε ένα πήρα με το οποίο υπάρχει από 15 εδίγματα, δηλαδή να έχω 15 διαφορετικά πράσινα κοιτάκι εδώ, μπορώ να ζητήσω να με το οργανώσεις σαν ένα collection. Απότε εδώ βλέπετε ότι το εργαλείο που έτρεξε αυτό εδώ, ατι είναι κατεβάση data, είναι κατεβάση collection. Εδώ είναι το συγκεκριμένο κατέβαση, εγώ βλέπετε πραγματικά οι αληχές φάστισκοι εδώ και το reverse, απότε είναι το περέντο αρρένο εκτοαρδείο. Αν δω τα υπόλοιψη θα δούμε ότι ουσιαστικά είναι άδεια, το οποίο μου κλειδιώνει ουσιαστικά είναι αυτό που ήξερα και από την πλοφορία του πειράματος, ότι είναι ένα parent πείραμα, και ήδη έχει γίνει μια προεξερασία, πότε έχω πάρει το αδωμένο πίσω. Ένα άλλο πράγμα μπορώ να κάνω για να δειχνώ την ζωή, εδώ βλέπω ότι είναι η αληχία να φοράς, πηράξω λίγο, ώστε το όνομά του να με αντιστήσω αυτό και θέλω. Μπορώ να βιώξω, λέω, το link, σαν όνομα πλέον, να το σώσω. Οπότε από εδώ και στο εξής, θα το βλέπω εδώ, σαν πλοφορία ότι αυτό είναι η αληχία που διαφέρει. Το επόμενο βήμα, ο στόχος, γιατί δεν ανέφακα αυτό το στόχο, αυτό που σοφούν να κάνουν αυτή τη στιγμή είναι έχοντας τα εδωμένου πανέβαση, δηλαδή αυτό το δίγμα μου, το NGS, τη δίγμα μου και την αληχία να φοράζει, δηλαδή η στιγμή με τα λάξη μπορώ να εντοπίσω. Για να το κάνω αυτό, θέλω πρακτικά να κάνω δύο πράγματα. Ένα είναι να αντιστοιχήσω αυτές τις ελλογίες στο γωνεβίωμα να φοράς του Ιού, ώστε να δω πώς ταιριάζουν καλύτερα εκεί. Να κάνω μια πλήκρη εξεργασία των αντιστοιχιών, ώστε ουσιαστικά να κάνω πολλαπλά περάζοντος το ίδιο πράγμα και να ενταλυθέψω ότι έχει γίνει σωστά η δουλειά, υπάρχουν θέματα με ρίτη που θα μπορούσε να πάρει σε καλύτερο σημείο. Ένα παιργανός, αν θέλετε καλύτερα χώση να τα πειράξω. Και στο τέλος να κοιτάξω να το πλέον ποιες είναι οι μεταλάχοι που υπάρχουν. Για να το κάνω αυτό, το πρώτο πράγμα είναι το εργαλίο που έχει συγχειρήσει με ο Πλουσπίμ που είναι το PWM. Και επειδή αυτή τη στιγμή ξέρω πώς το ξέρω, πηγαίνονται σε εδώ πέρα στο δίγμα, μπορώ να δω ότι το μίκος σε λιχιών είναι κάτω-τεκατό. Πηγαίνονται σε εδώ, έχω βλέπω ότι έχω 2 PWM επιλογές. Θα βάλετε ευθείαν σε αυτή η οποία είναι για short reads. Είναι κάτω-τεκατό. Και εδώ θα επιλέξουμε ποιον το γονιδιό μοναφοράς. Υπάρχουν και επιλογές για γονιδιόντας μοναφοράς, τα οποία υπάρχουν ούτως οι άλλες με στη βάση μου, αλλά εδώ ούτως οι άλλες έχουν φορτώσει ένα ποτοφσόμπιο αυτό. Και εδώ σαν επιλογή, τι θα παρασανείς εδώ, πηγαίνω κατευθείαν το Perpet FastQ Collection. Βλέπω ότι υπάρχουν και τα δύο. Αυτό είναι αν θέλουν να επιλέξουν ξεχωριστά έναν τα δίγματα, εφόσον τα υπάρχουν σαν συλλογή, θα βάζουμε αυτό τον τρόπο. Και εδώ επιλέγω, να πάω λίγο να τα βλέπετε και εσείς από εδώ πέρα, επιλέγω ουσιαστικά αυτό που είναι το αποτέλεσμα που θέλω, που είναι το Perrent. Το τρέχω. Δρέχει σχετικά γρήγορα, αλλά όσο τρέχει μπορώ να συνεχίσω και στη επόμενα δίμοδα. Ουσιαστικά όπως μου θέλω κρυκωθεί, αν υπάρχουν κάποια PCR duplicates, αν υπάρχουν διπλότυπα λεκκουληφιών για να τα πετάξω έξω, και να κάνω κάποια βασικά σαριστικά. Για να το κάνω αυτό, διαλέγω ένα γραλείο που λέγεται Mark Duplicates, έχει αυτό το έχω άντες στο όνομα, να το. Και εδώ μπορώ να επιλέξω κατευθείαν κάτι ο οποίο ακόμα τρέχει, λέω ότι αυτό είναι σε εκτέλεση, λέω εγώ έχουμε να τότε να πάω ήδη να ξεκινήσω να επιλέγω πράγματα που θα εκτελεστούν, αν πάρουν περισσότερο χρόνο. Φεθμόντι,νη πρώτη γκλειτω σύγγουλο ταύτα, θέλω να δούμε ότι υπάρχει μόνο ένα Under Hidden. Κάπου εδώ μέσα υπάρχει αυτό σαν ξεχωριστό αρχείο, αλλά είναι πιο πρακτικό, εφόσον θα είχα θεωρητικά πολλά data κάτω από αυτή τη συμλογή, να το βάλουν, το κάνουν συνολικά για όλο και αν δεν το κανά ένα ένα. Επιλέγω και αυτό να μην προσταίσει τα Duplicates, να τα πετάξει τίτε έξω, περισσότερο για ταχύτητα. Και όσο τρέχει αυτό, για το πόση καλά έγινε η ανάληση, πόση καλά έγινε το mapping. Το εργαλείο ελέγεται SampleStats, το επιλέγω από εδώ. Ήδια ακριβώς λογική, θα επιλέξω το αποτέλεσμα της διαδικασίας που έχει τώρα, οπότε επιλέγω το market duplicates. Τα υπόλοιπα δεν τα πειράζω, δεν με πειράζει, δεν έχω κάποια ουσιαστική αλλαγή να προοδηθήσω και το εκτελό. Βλέπω ότι προχωράει σχετικά χρήγορη δικασία, γιατί εκ το πρωτέρον επέλεξα ένα δάδεσε το οποίο είναι σχετικά μικρό και μπορεί να πρέπει σε γρήγορη. Επιλέγοντας αυτό μπορούμε να δούμε κατευθείαν και τα αποτέλεσματα που υπάρχουν μέσα. Υπάρχουν αρχιπές πληροφορίες για τα στατιστικά, αλλά προς το τέλος της διαδικασίας, όλα αυτά μπορούμε να κάνουμε συνολικά σε ένα κείμενο. Σε μία αναφορά, μάλλον, συγνώμη. Θα κάνουμε άλλα δύο μικρά βήματα, πριν κάνουμε την πραγματική ανοίχνηση των μεταλάξεων. Το ένα είναι να βελτιώσουμε λίγο, να ανασυντάξουμε, αν θέλετε, τα εδωμένα από το mapping. Οπότε θέλω να κάνω ένα αριαλайнμέντ. Το ρίτσο, όπως βιέμουν, έχουν εντυπιστεί. Είναι αυτό το εργαλείο. Επιλέγω πάλι το αποτέλεσμα του τελευταίου βήματος, που είναι το 11. Εδώ θα χρειαστεί να ξέρει ποι είναι το γονιβίο μοναφοράς, πάνω να προωρείται κάποιος που υπάρχει στον κάλαξη ή επεχύστερη, το οποίο είναι αυτό. Δεν με διαφέρουν οι πλέον πληροφορίες και το εκτελό. Και αφού ολοκληρωθεί αυτό που είσα πάλι ο χρόνο, το επόμενο βήμα είναι να ελέγξω, αν υπάρχουν νησέρσεις και πιλήσεις, και να βελτιστοποιήσω λίγο και τις ποιότος που υπάρχουν εκεί. Περισότερα για να εξασφαλήσω, ότι αυτό που θα προκύπτει σαν διαδικασία στο τέλος, κάπου το χάνω, αυτό που θα προκύψαμε σαν αποτέλεσμα στο τέλος, θα μου δίνει ακριβώς την πληροφορία που θέλω, δηλαδή, ότι θα είναι αξιώπιστοι με γι' αυτό που ζητάω. Το βάλω λίγο διαφορετικά, μήκος με το που βάλει σαν σέρξ. Κάπου το έχω χάσει, αλλά θα το βρω αμέσως, ή απλά μπορώ να το πει, δείξω το βήμα και να προχωρίσω παρακάτω. Μένει και αυτό σαν υπολογή. Θα προχωρίσω παρακάτω, αλλά θα προγματίζω λίγο τίπονο. Βάω, υπάρχει ένα λακτικό σενάριο, το οποίο θα σας δείξω τώρα και όλα, επειδή όταν έχω εκτελέσει, βλέπω ότι το ιστορικό υπάρχουν διάφορα ιστορικά, πότε αυτό μπορώ να κάνω εύκολα, επειδή είναι ακριβώς το ίδιο data set, να επιλέξω αυτό ακριβώς που είχα κάνει σε προηγούμενο βήμα και να το φορτώσω σε εμένα. Πότε αυτό που θα κάνω είναι να παίρνω αυτό το βήμα και ο τραβάδο εδώ. Βλέπω ότι το ιστορικό υπάρχει, πότε πλέον βλέπω ότι κάτι που έχω τρέξει στο παρελθόν, μπορεί να χρησιμοποιήσω στην τρέχωση ιστορία, στον τρέχωση ιστορικό. Οπότε συνεχίζω στη εδικασία αυτή, έχοντας θεωρητικά τρέξει στο βήμα, ζητώ συγγνώμη γι' αυτό, κάτι κάνω μιστά επλάθος, όλοι δεν θέλω να χάσω πλέον χρόνο. Ευμένω, στο επόμενο βήμα, που είναι αφού έχω κάνει και αυτή τη στήχη, και εδώ θα χρησιμοποιήσω ένα εργαλείο, βλέγεται Low Freak, και εδώ θα χρησιμοποιήσω κάποια πλέον βήματα. Καταρχήν, θα επιλέξω πάλι το collection, το οποίο είναι αυτό που φόρτες αντρυγούμε μιστορικό, το οποίο είναι το όλτι, θα χρησιμοποιήσω το γονιδιό μαλαφοράς, σίγουρα, οπότε πλέγω αυτό. Θέλω να βρω μεταλάξεις σε οποιοδήποτε σημείο του γονιδιόμοντος, και θέλω να βρω όχι μόνο μόνο σημείκες, αλλά βρω και Intel's. Τώρα, αυτά είναι τα πιο βασικά χαρακτηριστικά. Για το σκεκριμένα τάτα σε τόμες, επειδή ξέρω ότι έχει αρκετά μεγάλο πλήθος από Reads, θα αλλάξω κάποια από τις παραμέρδες, και σκεκριμένα θα ζητήσω να μου έχει μια ελάχιστη κάλεψη για κάποια μετάλαξη, πλάχιστον 300 Reads που έχουν βρει η μετάλαξη αυτή. Θέλω η ποιότητα των βάσεων που χρησιμοποιούνται για να δούνω ότι όντως εδώ υπάρχει μελάχιστον πλάχιστον 30. Ποιότητα των λουχιών που έχουν διαβαστεί. Και τέλος ότι η ποιότητα διστήξης πλέον στο γονέδιο μοναφράση, πλάχιστον 20. Μέσα αυτές προκύπτουν από τις αναλείς που γίνει τόσο καιρό. Αυτές αλλάσουν ανάλογο με το πόσο αυστηρά ή λιγότερα ύστερα εντακριτήριά σου, και κυρίως με το αρχικό πείραμα που έχει γίνει. Αυτό είναι το καταξοχήν βήμα το οποίο μας ενεφέρε αυτή τη στιγμή, γιατί αυτό θα μας δώσει, τις επιμέρεις μεταλάξεις. Πέρα από αυτό όμως, το άλλο μπορούν να κάνουν όσο εκτελείται, το αποτέλεζουν το χρησιμοποιήσω για να βρω πληροφορίες, όσο να φορά το πιανή επίδραση που έχουν μεταλάξεις. Εδώ υπάρχουν, αυτό είναι το εξής ενδιαφέρον, που αξίζει να δει κάποιος, γιατί διευκολείνει πολύ τον κάλεξ. Βλέπω ότι το αραγλώδο που σου λέγεται SNIP-F, SNIP-EFFECT, και υπάρχουν δύο εκδόσεις. Μία είναι αυτή εδώ, και είναι κάτω από την λογική του COVID-19 genomics. Και υπάρχει το variant calling εδώ. Το ενδιαφέρον είναι το εργαλείο, είναι το ίδιο στην ουσία του, η διαφορά είναι ότι αν επιλέξω αυτό, θα δείτε ότι υπάρχει ήδη φορτομένο εδώ, το γωνιδείο μοναφρώρεται να χρησιμοποιήσω για να χρησιμοποιήσω το annotation από. Και εδώ υπάρχουν διάφορες παραλλαγές που μπορώ να χρησιμοποιήσω από κορνοϊστό, Αν έπαιρνα το κλασικό εργαλείο, εδώ βλέπω ότι εδώ θα πρέπει να βρω κάπως, ποιοχα είναι δύο μοναφρώρετς να χρησιμοποιήσω, ποιον notation θα χρησιμοποιήσω. Άρα με διευκολήν τον κάδιξη λέγοντας ότι κορνοϊστό έχω έτοιμο αυτό, να μην το ψάχνεις. Και πηγαίνω σπέρα εδώ, θέλω να το έχασα. Οπότε, χρησιμοποιώ το σωστό στις οργικά εργαλείο. Πάλι πλέγω το collection που προκειπιέχω εδώ, δύση εύκρανος ανήσοδο, δύση εύκρανος ανέξοδο, μπορώ να βάλω φίλτρα για το τι θα πειράζει κάποιος, το πώς θα το παρουσιάζει αν θέλει κανείς, αν θέλει να πάρει παραπάνω περιοχές ή αν θέλει να ξερέσει περιοχές και στο τέλος θέλω να μου βγάλει κάποια θετικά, από όταν απλά το κτελό για να τρέξει. Ουσιαστικά έχουμε τελειώσει ένα βήμα παραπάνω που θα μπορούσα να κάνω, είναι να ζητήσω, όχι μόνο αυτό, να θέλω να μου βγάλει κάποια παιδεία. Δηλαδή, πέρα από τα αποτελέσματα που έχουν προκείψει, από το τελευταίο βήμα, θέλω να μην μου δώσει μόνο το χρωμόσομα, την ποια θέση βρίσκεται και τα βασικά χρακτισικά, λόγη, το μεταλάξιον, αλλά θέλω να μου δώσει χρακτηριστικά, όπως είναι το cavernage, το depth, το leather frequency, ποιον το impact, ποιοφορίς επίσης μου χρειάζεται για να εξελογήσω ίσως την ιχνοταλάξη. Εφόσον μπορεί να υπάρχουν πολλές ποιοφορίες μπορώ να τις χωρίσω με κόμμα, αν δεν υπάρχει ποιοφορία θα το βάλω με τελείως, θα μείνει λίγο πιο μορφοποιημένο το αποτέλεσμα. Το εκτελώ, βλέπω ότι θα λογωθεί σχετικά γρήγορα και το ενδιαφέρνουμε, τώρα εδώ μπορώ να πάρω κάποιος να δει από τα αποτελέσματα, με την ίδια λογική, βλέπω ότι υπάρχουν 84 γραμμές, ερά βρήκε 84 μεταλάξεις, τα δομένα μπορώ να δω και με αυτό το τρόπο και όντως βλέπω ότι εδώ υπάρχει το χρωμόσομα, η θέση, ποιον είναι το ρέφερν, ποιον είναι το λόγο που βρέφει, ποιον είναι η στωχνητή μου να αφοράσει και τη βρέφει στη σαντικόμες δάδεσσαι, οι διαφορετικές ποιότητες, το depth, το αλελικ frequency και τα λοιπά. Τώρα, θεωρητικά έστω, θέλω να βρω μόνο τις ελλογίες που έχουν δεν είναι τις βρήκαμε σε μερικά reads, ανεξάγαμε το βάθος, αλλά το βρήκαμε συνολικά να είναι παντού, σε όλα μου τα, σε όλα τα reads. Οπότε αυτό μπορώ να κάνω είναι εφόσον εγγραμμένες σε στείλες, να επιλέξω έναν εργαλείο το οποίο είναι σε κάθε κατάσεις του γαλάξης και μας επιτρέπει να κάνουμε την εξεργασία κάποιο αρχείο. Αυτό που θα κάνουμε είναι θα επιλέξω πάλι το collection, το τελευταίο αυτό που έγινε το οποίο ξάγαμε κάποια φεδία, επιλέξω τα γρήγορα να δω ποιά είναι η στείλη που ενδιαφέρει και θέλω ουσιαστικά να το περιρρίσουμε βάση το alec frequency, το οποίο είναι αυτή η στείλη. Άρα επιλέγω εδώ ότι θέλω να κόψω τη στείλη αυτά και θέλω να φιλτράρω αυτά για το οποία το alec frequency είναι πάνω που είναι 0,9. Άρα είναι μεγαλύτερο, ίσο που είναι 0,9. Συγνώμη είτε, 0,9. Πώρα αυτό το κάνω λίγο πιο πιο πιο πιο, ξέρω πως το θέλουμε. Οπότε εκτελώ πως πάλι στην ιστορική μας, τρέχει αυτή η διαρικασία. Οπότε στείλωσο προκύπτει μερικά μόνο αποτελέσματα. Όσο ολοκληρώθηκε, θα κάνω ένα τελευταίο βήμα. Όλοι αυτή είναι, όλα αυτά τα βήματα κάνω με αυτή τη στιγμή για να ανάλυξει ενός δίγμωτης. Καλό θα είναι στείλωσο να έχουμε μία αναφορά αντι να έχουμε ένα εντοσύμ. Οπότε μπορώ να πω πίσω ένα αγαλείο που λέγεται μάλωτη QC, το οποίο είναι αυτό ακριβώς οπότε μπορώ να ζητήσω να μου δώσει από τα σταριστικά που έχουμε κάνει πριν πια είναι τα αποτελέσματα μου, οπότε επιλέγω κατευθείαν το αποτέλεσμα που είναι από τα SamTools. Μπορώ να ζητήσω να μου βγάλει από τα Duplicates, οπότε εργαλείω το αντίστον το card, πια είναι τα Duplicates που αναγνωρίστηκαν, οπότε επιλέγω το Mark Duplicates. Και μποφανώς θα ήταν καλό να δω και από τις μεταλάκεις που βρήκαν, το Effect, τι πραγματικά Effect έχουμε βρει. Οπότε εδώ επιλέγω το αποτέλεσμα που είναι εδώ. Α, δεν έκανα λάθος. Ξέχασα να βάλω να επιστρέψει τα αποτελέσματα. Σαν αρχή οπότε εδώ πιστεύω ότι θα μου βγάλει κάποιο λάθος αλλά θα το δοκιμάσω γιατί ελπίζω. Οπότε εκτελώ θα φάνει τώρα, θα βγάλει κόκκινο, υποψιάζω να μου βγάλει ένα κόκκινο για να μου αναγνωρίσει ότι ένα από τα δεδομένα που είδε σαν να κάνει το reporting, οπότε θα μου το βγάλει θα λάθος. Αυτό μπορώ να τραδείξω το σε άλλο εισαρικό για να με το τέξω στην αρχή. Το είπα. Αυτό είναι δικό μου λάθος, συγνώμη. Αυτό μπορώ να πάει να πάει στο εισαρικό μου και να επιλέξω το τελευταίο που έγινε από εδώ. Θα πάρω με τη σειρά, ένα, δύο και τρία. Και ουσιαστικά αυτό που προκύπτει είναι ένα ιστοσελίδα, η οποία καλονικά θα μπορούσαν να τη δω με το ματάκι, αλλά πιο εύκολη διαδικασία να την επιλέξω σαν αρχή με την κατεβάση τοπικά και αυτό που θα προκύψουν να καταφέραν το δω. Αν μου δώσει ένα λεπτό θα το κάνω αμέσως για να δείτε ακριβώς τι είναι το ποτέλος μου προκύπτει, το οποίο είναι αυτό εδώ. Αυτό είναι το ποτέλος μου προκύπτει και το ποτέλος. Βλέπετε ότι υπάρχουν για κάθε ένα παιργαλείο που ζήτσε να μου κάνει ρηπόρτ για δίστι και νότητα. Το συνολικό πλήθος των πλοφορίων από αρχείο. Μπορώ να πάω στο SomeTools ότι το Align είναι πολύ καλό. Είναι τα 5,4% των 3% που έχουν γίνει Align σωστά. Μόνο 4,6% δεν έχουν γίνει Align. Αυτά είναι οι κάποιοι συμμετρικές. Το Duplication φέρνω ότι είχαμε αρκετά Unique Pairs σε εξονικές περιοχές, ποιες Intergenic, ποιον είναι το Effect που περιμένει με βάση το Annotation που έχουμε δει και έχουμε οχωρησμένο σε High, Moderate and Low σε κατηγορίας. Αν είναι Silent Missense in Nonsense και γενικότερη ποιότητα που έχουν ευρεύει. Το ενδιαφέρον για εμένα είναι ότι αφού έχω κρυθεί η ελευθεία δικασία και αυτό που θα κάνω είναι θα πάω κατευθεία σε αυτά που φίλτραρα, για να δω λίγο τα αποτελέσματα τώρα, από εδώ και πέρα μπορεί να γίνει a Downstream Analysis, να γίνει πιο συστηματική μελέτη. Μια προσέγγιση θα μπορούσε να γίνει να χρησιμοποιήσω ήδη έτοιμες αναλύσεις, εδώ σας δείχνω μία που έχει γίνει και διατηρείται αρκετά συστηματικά που είναι ουσιαστικά εικαταγραφητό μεταλάξεων σε Σαρκόβδιο με βάση τα δεδομένα που έχουν κατητεύει ως τώρα. Η τελευταία νημέρωση βλέπω ότι είναι μέχρι 24 εφερβή, οπότε δεν είναι μετάλαξεων πίσω το αποτελέζονται εδώ πέρα και να δούμε ουσιαστικά από αντιστοιχούνιση μεταλάξεων, επειδή έκαναν ήδη μετομάτη αυτήν την διαδικασία. Δείτε λίγο αυτή είναι η αδέτη μετάλαξη, η 14-14-108, αν κατέβω εδώ πέρα, η μετάλαξη αυτή βρίσκε εδώ. Είναι σε αυτό εδώ το κρισμίου. Ουσιαστικά, δηλαδή, ένα σημείο διάσπασης. Και αν θέλω να πάω ακόμη πάνω, θα δω ότι και αυτή εδώ η μετάλαξη είναι εδώ. Όπως και αυτή εδώ η μετάλαξη υπάρχει 23303 23303 είναι εδώ. Και συνεχίζοντας, αν βρει κάποιος τα βήματα αυτά, μπορεί να δει κάτι λογορές πότε αν έχει πρώτη φορά αυτή η υπογραφή. Πώς αυτή η υπογραφή αυξάνει με βάση συχνότητα, δηλαδή, στην αρχή δεν ήταν τόσο ελφανής. Άρχισαν φανείς το Μάρτιο, Μάιο, Ιούλιο και Σεκτέμπρες για τα υπογραφή. Αυτή η υπογραφή αυξάνει πρώτη φορά. Και αν ψάξω ακόμη περισσότερες μεταλάκεις που έχουμε δει, διαπιστόν ουσιαστικά ότι μετάλαξη υπάρχει και η 1559 Ταφ, η οποία είναι εδώ. Και από το οποίο πρακτικά μας βοηθάει να καταλάβουμε το συγκυπμένο δίγμα, η υπογραφή του δίγματος που βλέπουμε, σε φιλογηνητικό δεν το πλέω, να ακολουθεί αυτήν εδώ τη πορεία, με το βίτα 1 Κλείνοντας, αυτή την πάρα πολύ χρήχορη η παρουσία εις πώς μπορεί να γίνει αυτή η ανάλυση, γιατί αυτό, όπως είπα, είναι για ένα δίγμα, έγινα σκέτικα χρήγορα. Πού μπορεί να βοηθήσει τον κάλαξη πέρα από το... Όλα αυτό που περιέγραψα, όπως είπε και κ. Πλουσπριν, μπορεί να το κάνουμε καλύθως ένα κομάντλα- интерφαίσ, στο μαύρο παράφυλο που λένε ορισμένοι, χρησιμοποιώντας, σε ακριβώς ειναι στην δολές, που είσα έμεσα, υπάρχουν επίσης από κάθε γαλείο. Αυτό που μπορούμε τρέπει να κάνω είναι να πάω εδώ και να εκτρέψω όλο αυτήν την διαδικασία, να την αποκτήσω, να την κρατήσω σαν μια ροεργασία. Οπότε, όλα τα βήματα, απενεργοποιώνω, ουσιαστικά, την ίσοδο, αυτή και την ίσοδο, αυτή και ουσιαστικά, αυτό είναι την ίσοδός μου, μπορώ να την σώσω, σαν ροεργασίας, μείνος... το κάνω λίγο για να δείτε πώς μοιάζει, φορθώνει το Workflow έτρο που υπάρχει στον κάλαξι, και βλέπουμε πλέον όλα τα γαλείο που χρησιμοποιήσα, όσοι έχουν οργανωθεί και μάλιστα, μπορώ να ζητήσω να μου κάνει ένα auto-layout, ώστε συνόμη, ώστε να αρθανεί λίγο, συνολικά, όλη αυτή η διαδικασία. Αυτά είναι τα βήματα, δίνω σαν ίσοδο πράγματα, όλη αυτή εδώ είναι η ίσοδός μου και όπου για τρέρα κάνουμε τις μεταλάξεις, τις αλλαγές της διαφορικές επιλογές, και ό,τι προκύτησαν έξω εδώ, μπορείς να θέλεις να χρησιμοποιήσουμε να κάνουμε τις μεταλάξεις με το μάλιστι που εσύ σαν τελικό αποτέλεσμα. Αυτό μπορώ να το σώσω, το οποίο το έχω σώσει βασικά ήδη και αν πάω, οπότε έχω την πληροθήκη μου, μπορώ να πάω στο Workflow που έχω σώσει και βλέπω ότι αυτό μπορώ να το χρησιμοποιήσω για να το ξανατρέξω, κάνω να σκλίξεις το Run Workflow, τώρα έχω ένα υπαρξιακό, θα το κάνω ένα ριφθέσσα δυλέψη. Θα μου σβήσει πρακτικά, ποιά είναι τα data cell, τα οποία πρέπει να προσθεθούν, ώστε να βλέπτω. Οπότε βλέπτω είναι που data cell πιο θα πάρω, μπορώ να το φρωτώσει είδω το history, μπορώ και εδώ να φορτέξω φωτώσει τα αντίστοια από το history και να κάνω όλη την διαδικασία, την αρχή μου αυτό τέλος. Οπότε με αυτά, ελπίζω να μην έχω φύγει πολύ εκτός χρόνου, σταματάω το διαμύρασμό και να μην μπορώ να πάμε προς τη συζήτηση. Χαριστούμε, φώτη, θανάση και Αλέξανδρή, για τις περισσιάσεις. Πολύ ενδιαφέρουσες, σίγουρα και πολύ χρήσιμα, όλα αυτά να δούμε και σε αντέμο, πώς μπορούμε να τα χρησιμοποιήσουμε. Υπήρχανε κάποιες ερωτήσεις κατά τη διάρκεια και οι υπέσεις έχουν απαντηθεί στο chat, στο Q&A. Δεν βλέπω κάποιες άλλες, στο chat. Μέχρι να μας στείλετε, γιατί για την τελευταία κυρίως παρουσίαση δεν υπήρχαν ερωτήσεις, δεν ξέρω τι απόρες έχουν προκύψει, μέχρι να μας στείλετε, να ρωτήσω εγώ, γιατί όντως ήτανε πολύ γρήγορη, γρήγορα τον δέμο, γιατί να ρωτήσω λίγο, πια ήταν τα βήματα, να δούμε τα βήματα και τα εργαλία που χρησιμοποιήθηκαν ένα ένα δίπλα δίπλα, με βάση και το workflow μπορούμε, τα εξήγησες, τα εξήγησες πολύ ωραία, σαν ένα recap, να δούμε λίγο τα βήματα και τα εργαλία που χρησιμοποιήθηκαν. Τέλεια, αυτό μου δίνεται μια πάρα πολύ ωραία δυνατότητα, τα οποία θα την έχουμε τελευθώσει, στο εστ. Και στο chat, οπότε θέλω να πιστεύω, το βλέπουμε όλοι. Θα ξαναμηράσω λίγο την εθόνη μου. Αυτή, τέλεια. Λοιπόν, το Galaxy έχει μια αρκετά έντονη παρουσία στην εκπαίδευση. Το Galaxy χρησιμοποιείται πάρα πολύ για την... και οι εξηγησικούς σκοπούς. Έχω χρησιμοποιήσει αρκετήσεις φορές και συνηθίζω να το κάνω, το τόχος είναι να κάνουμε scaling την εκπαίδευση στο Galaxy ειδικά σε μια πολύ βρυδική και virtual morpheus, για να μπορέσει οποιουζίπατα να πάρει τις προφορίες. Αλλά, σε κάθε περίπτωση, το Galaxy τραίνει το οποίο είναι εδώ. Έχει πολλά κόρσεις, τα οποία μπορεί να χρησιμοποιηθούν για την ονάλιση δομένων. Αυτό που έδειξα σήμερα, βασίζεται πάρα πολύ σε αυτήν εδώ την παρουσία. Όπως βλέπετε, υπάρχει μια πολύ αρκετά αναλυτική περιγραφή του πώς χρησιμοποιεί το SRA, τι είναι το SRA, ποια είναι τα εκπημέρους κομμάτια, πώς συμβιάζονται και προς το μέλλος, υπάρχουν βήματα, αν παίρνουμε και πέρα, ενδείχνουν και πώς θα πίνουν, που χρησιμοποιούν. Και μάλιστα δείχνουν επιλέξη. Ένα βήμα το οποίο χρησιμοποιεί, είναι το Fast P, το οποίο σωστικά διώχνει αντάπτωρες και βλητιώνει την πληροφορία των αρχικών εδωμένων. Για να μπορείς να βγάλεις ακριβώς, θα αποτελέζει το οποίο ας συζητήσαμε πριν. Οπότε, για να παντήσω την ερώτηση σου, έλη, τα βήματα πρακτικά είναι τα εξής. Φορτώνουμε τα εδωμένα από το SRA, αυτή ήταν μια από τις, μια αρπερεγαλή, τα οποία δίνει το ίδιο τον κάλαξι, να φορτώνει κάποιος εδωμένα. Άψουμε τα φορτώνω, φορτώνω εκεί σαν δεδομένο εισόδου, το γονιδείο μαναφοράς, τα οποία μπορούν να χρησιμοποιηθούν για μακροκρόνια, αποθήκευση και για σάιτι. Γίνεται και το alignment των REITs, αυτόν με το εισογονιδείο μαναφοράς με αγαλίου, βλέπετε, π.wm. Συσέχεια κάνουμε κάποια μικρή επεξεργασία, αυτού που παράγεται για να διαθούν με κάποια διπλότηπα, για να γίνει κάποια επαναντιστήκηση των REITs, στον έννοι, είναι λίγο πιο σωστά μορφοποιημένα, το θέσω έτσι, να ελεγχθούν ξανά οι ποιότες, π.wm. Πώς γίνει το μάπρο της ποιότες, όταν μιλάμε για διαφορεία insertions και πλήσεων, γι' αυτό κάνουμε όλα αυτά. Το κύριο βήμα είναι εδώ, το οποίο το εργαλείο το λέει το low freckle, την ακρίβεια, αυτό που κάνει πένεις ανήσοδο αυτές τις αντιστοιχίες των REITs, το γονιδείο μαναφοράς και με κάποιες παραμέτρους, οι οποίες εδώ τις είχα πειράξει πόν περισσότερο εγώ, τώρα κάνουμε τις τυχίσεις να εντοπίσουμε μάλλον τις μεταλάκεις που βρίσκουμε με τα ρίτσμα. Το snipef είναι ένα εργαλείο το οποίο μπορεί να χρησιμοποιήσει να υπάρχει ένα notation και να αξιολογήσουμε πλέον τις μεταλάκεις που έχουν εντοπιστεί τι impact που μπορεί να έχουν, δηλαδή αν εμείς sense, no sense, silent, high, low, medium impact, και αυτά είναι εργαλείο το οποίο είναι για φιλτράρισμα, όσο αυτό πρόκειψαν vcf, το οποίο είναι αρκετά πληροφοριακό, αντί να πάρουμε μόνο τις βασικές πληροφορίες που μας δίνει, που μπορεί να χρησιμοποιήσει που είναι ουσιαστικά, σε πιο χρωμόσο με βρήκα, σε ποιά σκηκοίνη θέση, πιο είναι αυτό που έχει το κονηδίο μοραφορά, πιο είναι ταλόμορφο, να βάει και πλέον πληροφορίες, όπως είναι το depth, αλλαλεκφρήκονση και τα λοιπόν. Το maltikius είναι πολύ ευέλυτη, εργαλείο χρησιμοποιείται για να κάνεις τη σύνοψη κάποιες ανάλυσεις σε πιο δίκρα σημείο το κλίνωσυστικά. Το node που σωσέτειξα είναι a link εδώ πέρα από το κάποιον που μπορεί να το δει και φυσικά γύρνοντας πάλι στο κομμάτι της εκπαίδευσης ακριβώς ότι δει αυτό είναι λικό το οποίο φτιάχνεται από αεθελοντές για αεθελοντές για κενικό τριχής της κοινότητας. Αν υπάρχουν παρατηρήσεις υπάρχει πάντα εδώ το σημείο, στο οποίο μπορεί κάποιος να ζητήσει να δώσει σχόλια, να δώσει πληροφορίες ακόμα και να συμμετάσει και αν θέλει συνοβελτιωθεί αυτό το κοινωτικό λικό γιατί όλα αυτές είναι σεγκύτχαν. Ελπίζω να πάνω σε συνερώτηση μια δύο ευθύνη συνόψη από όμως αν υπάρχουν ερωτήσεις να χαρούμες να φαντήσουμε. Να ευχαριστούμε πάρα πολύ, ήταν πολύ ευκοβαμιτικό. Υπάρχει μία ρωτή στο chat, μία ρωτή στο chat. Τα VMs θα μπορούσε να χρησιμοποιηθούν σε δεσκαλία μαθηματός. Διξερροποιούσα ή θέλει να θα έρθω λόγω. Δεν είμαι απόλυτα βέβαια στα VMs, αν αναφέρετε στα VM που παρουσίασε ο οθανάσεις. Ναι, κι εγώ δεν είμαι σίγουρος. Αν μιλάμε πάντως για τα VMs του IGCI, δηλαδή τη δυνατότητα να χρησιμοποιηθούν VMs από το 247 Services τύπο Project, φυσικά, ναι, είναι η διαθέσιμα. Αρκεί να πάρει έγκριση το αντίσχο Project. Ωρα, ναι, απάντησε ότι στα δικά σου VM αναφέρετε. Η ερώτηση. Ναι, ναι, όπως είπα, υπάρχουν γενικά, δεν περιορίζονται ο σκοπός χρήσεις αυτών των VMs είναι για οτιδήποτε έχει να κάνει γύρω από επεξεργασία και hosting services από βιοεπιστήμες. Απλώς υπάρχει μία, ειδικά, ανάλογα, το πόσα resources μπορεί να χρησιμοποιηθούν. Υπάρχει ένας περιορισμός σε αυτό, οπότε, αντίστοιχα εάν ξεπερνάμε τις ανάγκες ενός απλού δοκιμαστικού VM εκεί χρειάζεται κάποια έγκριση. Οπότε, σε κάθε περίπτωση, μπορεί να έρθει σεπαφή κάποιος που ενδιαφέρεται με εμάς, να δημιουργεί στο αντίστοιχο Project και θα βρεθεί η άκρη. Υποθέτω ότι αυτό απαντάει σαν υπάρχει κάποια συνδρομή. Στην ερώτηση, υπάρχει κάποια συνδρομή. Αυτή τη στιγμή, υπόρειο πήγε, γιατί θα είναι ελεύθερα διαθέσιμη, και ακόμα τη συγκεκριμένη περίοδο είμαστε μακριά από το να γεμίσει το σύστημα. Δεν έχει γίνει καμία πρόβλεψη για το πώς υπάρχει πρόσβαση σε αυτή τη πλατφόρμα στο μέλλον. Απρόσεκτιμό, ότι επειδή όλο αυτό βασίζεται σε κάποια χρηματοδότηση της υποδομής του LxRGR και επειδή μιλάμε για ερευνητικά προγράμματα, ότι δεν υπάρχει στο άμεσο μέλλον το πλάνο να δημιουργηθούν χρεώσεις. Τώρα εάν η χρήση της υποδομής είναι τόσο μεγάλη ώστε τελικά είναι πολύ μεγαλύτερη από τους διαθέσιμους πόρους, εκεί θα χρειαστεί να υπάρχουν κάποιες αποφάσεις σχετικά με το πρωτεραιότητα σε πρώτη φάση και μπορεί να δημιουριθεί και η κουβέντα για το, εάν μπορεί να δοθεί να προθεθεί μια επιλογή χρέωσης. Αλλά νομίζω ότι είμαστε μακριά από αυτό. Βλέπω, υπάρχει άλλη μία ερώτηση. Για κάποιο ράμμα, όπως είναι το πρώτο, το μοτομπέιες, το ξέρω. Αυτό, έξερα κάποια φορά, από το ίνσωση του Γάλαξιού που σωμπή κανείς. Φαντάζομαι, στο Γάλαξι, το χρειάζεται, που μπορεί να περαστεί, εφόσον υπάρχει το tool set, αυτό είναι το βασικό χρειστικό. Τα όλοι τα εργαλεία που έχουν στον Γάλαξι υπάρχουνε κασιμένες στο tool set. Αλλά νομίζω ο κύριος Νότιμς μπορεί να παντήσει καλύτερα σε αυτό. Ναι, γενικά, είμαστε ανοιχτής στον Γάλαξι να προσθέσουμε εργαλεία που χρειάζονται οι χρήστες. Οπότε, αν κάποιος χρειαστεί κάποιο εξτραεργαλείο, το οποίο είναι mainstream, το οποίο μπορεί να μπει με πολύ χαρά να το βάλουμε. Τώρα, αν κάποιος θέλει πάρα πολύ δουλειά για να μπει, εκεί το συζητάμε, αλλά γενικό στον Γάλαξι έχει έτοιμα, έχει ένα tool set, έτοιμο, που διαλέγεις από εκεί, ποια εργαλεία μπορείς να καταστήσεις. Ωραία, λοιπόν, μεν ερώτησαν, τι περιορισμού σε resource να χρήσει, τι υπάρχει. Αυτή τη στιγμή, έτσι όπως είναι το Γάλαξι, δεν έχουμε βάλει κανένα περιορισμό, δεν έχουμε βάλει ακόμη στο δίσκο. Οπότε, ακόμη ψάχνουμε για test users ή είμαστε πολύ χαλαρί, ο καθένας μπορεί να χρησιμοποιήσει όσους πόρους θέλει. Αν γεμίσεις το σύστημα, με βάση το SLARM θα μπει σε μια ουρά αναμονής και θα εκτελεστεί το πρόγραμμά του όταν υπάρχει διαθέσιμο σπόρος. Θα εκτελεστεί κάποια στιγμή, απλά, αν υπάρχει κάποιος άλλος μπροστά στην ουρά, θα περιμένει ολοκριώσει ο άλλος πρώτα. Τα αναλύσεις θέλουν 30-40 core, αλλά πολλά RAM-μνήμη. Εμείς έχουμε μέχρι 192GB μνήμη σε αυτή τη στιγμή. Αν χρειαστούν παραπάνω, δεν έχουμε αυτή τη στιγμή παραπάνω μνήμη, αλλά μελλοντικά όταν θα έρθει η υποδομή του έλεξη που περιμένουμε, λογικά θα μπορούμε να έχουμε και παραπάνω μνήμη. Αλλά αυτή τη στιγμή, στο στάδιο που είναι το Galaxy, το 192GB πάμε, δεν μπορώ να πάμε παραπάνω. Να ρωτήσω εγώ κάτι άλλο που αφορούσα το τελευταίο demo. Ποιο εργαλείο χρειάζεται για την ανάγνωση του αποτελέσματος που κατεβάσαμε, χρειάζεται να εγκαταστήσουμε κάτι ενεργαλείο για να μπορέσουμε να το τρέξουμε κυρίως φωτοί. Δεν είμαι σίγουρος ότι κατάλαβη για ποιο εργαλείο μιλάμε, αν αναφερόμε στο μάλι της QC, οπότε σωστικά αυτό που κατέβασα είναι ένα Z-παρχή για τα περισσότερα όταν κατεβαίνουν από το Galaxy να κάνεις ένα Z-παρχή για να κερδίσει λίγο χώρο και χρόνο. Ποιο εργαλείο στο μάλι της QC όταν το κατεβάζω είναι ένα Z-παρχή το οποίο είναι μέσα, έχει ένα html αρχείο. Αυτό είναι, δεν χρειάζεται κάτι παραπάνω. Όλα τα επιμέρως, ό,τι παράγονται είναι συνήθως CSV αρχία, Tandy Limited, που μπορούν να κατέβουν και αυτον όνομα και να χρησιμοποιηθούν σε ποιοδήποτε down payment. Ένα άλλο πράγμα το οποίο εξίζει να αναφέρουν ότι, κουλάστον στο ευρωπαϊκό εισαστό του Galaxy για να πάω λίγο και εκεί, υπάρχει αυτή η σημή δυνατότητα πολλά να ενσωμερωθεί το RStudio και άλλες άλλα integrative περιβάλλοντα εκεί, που σημαίνει ότι αν κάποιος έχει μία ανάλυση, η οποία στην αρχία υπέρει απετή κάποια κομμάτια ή κόστους όπως αυτά που αναφέρνει στον chat, 3440 cores και αρκετά Giga RAM και μετά έχει κάποιον down payment που γίνεται με ARM, με πάρφα με κάποιον Super Notebook, αυτά μπορούν να γίνουν επίσης μέσα από Galaxy. Προφανώς δεν έρωτογε γνώστοι, θα μπορούν να γίνουν απεφία σε κάποιο cluster, σε κάποιο command line interface με άλλο τρόπο. Ο ρόλος που βλέπει για το Galaxy είναι καταχύ ο λόγος συμπλεωματικός, ώστε αν κάτι μπορεί να αυτομοτοποιηθεί και να το χρησιμοποιεί κάποιος ένα έφυγος από τρόπο χωρίς να απεκεί περισσότερες νόσεις, είναι μια εύκολο και κομψιλής. Ευχαριστούμε. Υπάρχει κάποια άλλη ερώτηση απόρυα. Υπάρχει ενθυσιασμός από τους συμμετέχοντες, αυτό είναι καλό. Δεν ξέρω τι θα θέλετε να δούμε, πριν κλείσουμε θα θέλετε να δούμε, ρώσετε ίσως για το Galaxy, το ευρωπαϊκό είπα κόσμο είναι η event που θα γίνει το χρόνο, σε περίπτωση που θα θέλει κάποιος να το παρακολουθήσει. Ωραία. Αυτό επίσης μπορώ να το παντήσω, ελπίζω. Αυτή τη στιγμή ετοιμάζεται ένα event ξανά στο... για το Galaxy, το οποίο έχει σαν στόχο, να είναι καθαρά virtual, όχι live, θα είναι μια σειρά από βίντεο, αλλά όλα αυτά θα βλέπουν σε κεκριμένα topics, το οποίο με τη σειρά τους μπορούν να χρησιμοποιηθούν, θα υπάρχει μονήμως ένα σλάκ κανάλι για ρωτήσεις, για πορίες και τα λοιπά, ώστε αν θέλει κάποιος να το παρακολουθήσει, να δείται τα σενάρια, να δείται το τόπο χρήσεις και να λεπιδράσει με αυτούς που κάνουν το μάθημα σε βίντεο, μπορούν να το κάνει το δικό του χρόνο και πλάνε επιχειονήσει μαζί μας. Θα βάλω το link της ανακήνωσης στο chat, το οποίο είναι εδώ, οργανώνεται από το Global Lixit Training Event, από το Global Lixit Training Community, αλλά έμεσα υποστηρίζεται πέρα από το INEP και το KTA, και από το Erasmus Plus, το πρόγραμμα που έχει σαν στόχο να δημιουργεί το επίπεδο συγγέντς και ταυτόχρονα σταχευμένα για το πέρος του τοπία. Θα εκκλωθώρησε και αυτό για να εκείνος ευγύει και πολύ πρόσλα, έτσι πριν από περίπου δύο μπρομάδες, θα φροντίσουμε εκκλωθώρηση αρκετά και στην Ελλάδα, οπότε είστε προφανώς όλοι ευκρόζεκτοι να το παρακολουθήσετε γιατί στα δίδια και από πρόγραμμα που έχουν διαφορετικά για το τοπιξ, τα πρώτα είναι πολύ πιο πασικά, η σαγωγή στον κάλαξι και το NGS, δωσικά μπορώ να μοιράς και την οθόνη για να βλέπω και την να φάγω βλέπω. Αυτό είναι το συλληγό του Event, είναι το Φεβράλλη του Κοσιένα, είναι γενικό τρασόλες της, δεν υπάρχει κόστος, η πρώτη μέρα είναι κυρίως για κάλαξι NGS, αυτά είναι τα κοινέρους τοπιξ, έχει και ένα κομμάτι επασέμπλη, το δεύτερο είναι για reference based RNA-SEC, μετά μου δηλαδή και σύγκληση, but RNA-SEC, προτεόμιξη τα τελευταία μέρα και η τελευταία μέρα είναι ουσιαστικά το Chuzirón Adventure, πραγματικά θα έχουμε ένας σορό από διαφορετικά τοπιξ, τα οποία είναι λίγο πολύ ελληνθέτα, όχι, ανεξάρτητα, αλλά μπορεί κάποιος να πάρει ή να προτείνει κάποιο τοπιξ, το οποίο θα μπορούσε όμως να προσθέσουμε ή να κάνουμε κάτι αντίστοπο εκεί. Αυτή είναι η λογική, ελπίζω να θα μην χρήσουμε και ευχαριστώ για την ευκαιρία να μιλήσουμε και για αυτό. Πολύ ευχαριστούμε, φαίνεται πολύ να γεφέρουν κι αυτό το event. Βορεα, δεν βλέπω κάποια άλλη ερώτηση από όρια, φυσικά μπορούμε να επικοιονήσετε μαζί μας σε κοιμόλπους τους ή συγκητές, σε δεύτερο χρόνο και offline. Ευχαριστούμε πάρα πολύ για την... Ευχαριστούμε πάρα πολύ για το χρόνο σας και για τη συμμετοχή σας. Ευχαριστούμε και τις ομλικές πάρα πολύ και συναδέλφους. Ευχαριστούμε πάρα πολύ για για αυτά που έχουμε ξεκινήσει τη συνεργασία εδώ και ποιο χρόνια. Και ευχαριστούμε που είναι έτσι, που προχωράει έτσι. Ναι, με αυτού το... με ευχαριστούμε αποτελέζουμε τα, ας τα πούμε. Αυτό, ευχαριστούμε και καλή συνέχεια. Θα τα πούμε στις δεκαεφτάδες και μυρίκονται επόμενο. Ευχαριστούμε πάρα πολύ για την προσκλησή και την όλη το οργάνωση. Ευχαριστούμε για την προσκλησή και την οργάνωση. Άλλη συνέχεια σε όλους. Γεια σας.