Fullerene iz goin too fast!

Tongue-in-cheek molecular dynamics simulation of a C60 molecule being spun by an external [divine] torque until centrifugal forces tear it apart.

Simulated in LAMMPS using ReaxFF, visualized with VMD, trajectory length ~5 ps.

Category:

Science & Technology

Tags:

• C60
• fullerene
• molecular dynamics
• lammps
• reaxff
• vmd

[shurakbh]

В LAMMPS есть возможность штатно так раскрутить, или в коде поковырялся?

[darthvasya]

@shurakbh делается с помощью команд variable и fix addforce

[shurakbh]

@darthvasya я никогда не работал с этим симулятором, (оч хочу научиться, но никак руки не доходят) но я так понимаю, можно штатно. Не посоветуешь какой-нибудь quick-start guide для LAMMPS, помимо их официальной документации? Спасибо.

[darthvasya]

@shurakbh эээ... дело в том, что он так устроен, что так уж прям quick там не получится - я подозреваю, научиться можно только путём инкрементального поиска собственных ошибок... Поскольку у него очень богатый набор возможностей, возможностей сделать что-нибудь не так - ещё больше. Зато документация очень хороша.

[paddelnisttoll1]

How did you solve to show the breaking and generation of bonds in VMD? By the way nice video and cool idea :)

[darthvasya]

@paddelnisttoll1 Thank you! Maybe nice, but still completely unphysical ;)

I simply used the "DynamicBonds" representation in VMD. (Also overlaid with a transparent CPK representation.)

[shurakbh]

@darthvasya Ясно, придется ковыряться. Мне в идеале бы найти документ, который бы описывал, что делать (по шагам, для дебилов), если у меня есть структура, скажем, нанотрубки в pdb формате и надо посчитать, скажем, теплопроводность с теми или иными потенциалами.