統計解析ソフト「R」の使い方 ～正規化編～

高画質版はこちら　http://togotv.dbcls.jp/20090319.html#p01　
前回のインストール編に引き続き、今回は、Rを用いたマイクロアレイ解析の前処理として必須なデータの正規化の方法について紹介しています。サンプルとしたマイクロアレイ­データは、皮膚の線維芽細胞からiPS細胞を作製したときのデータで、以前に統合TVで紹介したNCBI Gene Expression Omnibus (GEO)からマイクロアレイの生データをダウンロードする方法で取得したものを用いています。また、マイクロアレイデータの正規化手法はさまざまなものが知られています­が、今回は、RMA (robust multiarray average)とMAS5 (Affymetrix MicroArray Suite 5)を用いており、正規化したデータをそのままタブ区切りテキストファイルとして保存する方法を紹介しています。さらにMAS5に関してはPresent/Absentコ­ールを同様に保存する方法も説明しています。

具体的なコマンドは、下記の通りですので実際に使うときはここからコピー&ペーストすると良いです。

library(affy)
write.exprs(justRMA(), file="RMA_expression.txt")
write.exprs(mas5(ReadAffy()), file="MAS5_expression.txt")
write.exprs(mas5calls(ReadAffy()), file="MAS5calls_expression.txt")

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