NCBI GEOの使い方4 データセットブラウザをさらに使い倒す

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Uploaded by on Mar 6, 2009

高画質版はこちら  http://togotv.dbcls.jp/movie/090306dataAnalysis_f.html 
NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ)のデータベースです。

今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットを解析するツールの使い方をさらに詳しく紹介しています。例として、まず、GEOに登録されている様々な実験条件にお­けるnanogの発現データを検索してその発現が特徴的な実験条件のデータを選択し、その選択したデータに関して色々な解析をデータセットブラウザで行います。データセッ­トブラウザ中のデータセット解析ツールで、注目したい遺伝子の検索や、階層的、非階層的なクラスタリングの結果を手法や距離の定義を変えてヒートマップ等で詳細に閲覧した­りすることができます。さらにデータのt検定や平均値の差による統計解析や、箱ひげ図による発現分布の見方についても紹介しています。

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