Munich, Alemania, 1923. Han pasado dos años desde que Edward Elric fue arrastrado desde su mundo al nuestro, dejando detrás su hogar, sus amigos y a su hermano Alphonse. Despojado de sus poderes alquímicos, todo este tiempo ha estado investigando la ciencia de cohetes, junto a Alphonse Heiderich, un jóven muy parecido a su propio hermano, esperando algún día poder encontrar el camino a casa. Hasta ahora sus esfuerzos han sido inútiles, pero cuando se entera que la Sociedad Thule, un grupo de ocultismo estrechamente relacionado con el partido Nazi, descubrió lo que podría ser una pista de la ubicación del legendario y místico lugar llamado "Shambala", la esperanza de Edward se ve renovada. Mientras tanto, en su mundo, Alphonse Elric se aventura mucho más profundamente en los misterios de la alquimia en busca de una forma de reunirse con su hermano.