Bem ao estilo de "Arquivo X", a história do filme permanece um mistério. Apenas o seguinte foi revelado: trata-se de uma história independente, nos moldes de alguns dos episódios mais aclamados da série, que conduz o complicado relacionamento entre Fox Mulder (Duchovny) e Dana Scully (Anderson) por caminhos inesperados. Mulder continua sua inabalável busca pela verdade, e a intensa e extremamente inteligente médica Scully mantém-se fortemente vinculada às investigações de Mulder.