O Instituto Sea Shepherd Brasil -Guardiões do Mar integra a Sea Shepherd Conservation Society, baseada nos Estados Unidos que também tem escritórios na Austrália, Canadá, Inglaterra, Holanda, França e África do Sul. A Sea Shepherd Conservation Society - SSCS foi fundada em 1977, nos Estados Unidos, pelos fundadores do Greenpeace, que, ao engajarem-se nesse novo projeto, criaram um movimento de caráter mais ágil, objetivo e ativista. Atualmente, a Sea Shepherd é considerada a ONG de proteção dos mares mais ativista do mundo e conta com a participação efetiva de milhares de voluntários em todo o planeta.

Em 1971 dois jovens movidos pela paixão e pela vontade de preservar o Planeta Terra embarcaram em um navio em direção ao Alasca com o objetivo de parar os testes nucleares que seriam conduzidos na ilha de Amtchika. Estas pessoas eram os canadenses Paul Watson e seu parceiro Robert Hunter. Neste mesmo ano estas duas personalidades acabariam encabeçando a criação da ONG mais conhecida do mundo, a Greenpeace. Seis anos mais tarde, os dois ambientalistas decidem deixar a Greenpeace. Paul Watson então funda outra ONG, mais ativista, objetiva, ágil e menos burocrática. Surge então, em 1977, a primeira ONG de proteção dos mares do mundo, a Sea Shepherd Conservation Society. Nestes mais de 30 anos de atuação, a Sea Shepherd e seus voluntários ficaram conhecidos como piratas dos mares, depois de afundar 10 navios baleeiros ilegais e abalroar e impedir a pesca de inúmeros barcos pesqueiros ilegais.

No Brasil, as atividades do Instituto Sea Shepherd Brasil -- ISSB iniciaram em junho de 1999, através da implantação da sede nacional, em Porto Alegre, no Rio Grande do Sul como o único escritório no mundo com total autonomia da matriz nos EUA. Esta sede serve como referência das ações no Brasil e trabalha pela preservação da biodiversidade marinha brasileira, além de apoiar as ações internacionais da SSCS. O Instituto Sea Shepherd Brasil depende do voluntariado e, como outros escritórios no mundo, não possui nenhum funcionário fixo ou assalariado. Desde a sua fundação o ISSB vem promovendo, defendendo e apoiando a preservação dos ecossistemas marinhos brasileiros.

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