Η ιστορία του Συνδέσμου Φιλάθλων του Ηρακλή στην Κομοτηνή χρονολογείται στα τέλη της δεκαετίας του 1970.Συγκεκριμένα το 1979, σύμφωνα με το καταστατικό,το οποίο υπάρχει στο πρωτοδικείο Ροδόπης,ορισμένοι άνθρωποι που αγαπούσαν την ιδέα που λέγεται ΗΡΑΚΛΗΣ,καταφέρανε να συσπειρώσουν τον λαό της ομάδας στην Κομοτηνή και έτσι ο πρώτος Σύνδεσμος Φιλάθλων Ηρακλή στην επαρχία ήταν γεγονός...
Την εποχή εκείνη η Κομοτηνή ήτανε όντως Γαλάζια.Οι αθλητικές συζητήσεις όλων των φιλάθλων εκείνη την εποχή ήταν για τον Ηρακλή,για το ωραίο ποδόσφαιρο που έπαιζε και φυσικά για τον μεγάλο Βασίλη Χατζηπαναγή.Τα ραντεβού όλων των Ηρακλειδέων δινόταν στο καφενεδάκι κάτω από πλάτανο στην κεντρική πλατεία της πόλης.
Τα χρόνια όμως πέρασαν και το γαλάζιο καφενεδάκι έκλεισε.Ηρακληδείς όμως υπήρχαν και η ιδέα του Ηρακλή ήταν πιο έντονη από κάθε άλλη φορά.
Το 1991 γινόταν ξανά οι πρώτες κινήσεις για οργάνωση όλων των φιλάθλων του Ηρακλή στην ευρύτερη περιοχή.Δυο χρόνια οι συναντήσεις σ' ένα δωματιάκι στα βόρεια της πόλης ήταν καθημερινές.Το 1992 για πρώτη φορά ο Σύνδεσμος οργανώνει εκδρομή με το τρένο για την Δράμα.Λίγο μετά για τις Σέρρες.Το 1994 η χαρά όλων ήταν τεράστια.Το όνειρο γίνεται πραγματικότητα.Λίγα μέτρα πιο πέρα από το γαλάζιο καφενεδάκι ανοίγει ξανά ο Σύνδεσμος Φιλάθλων Ηρακλή Κομοτηνής.Την περίοδο εκείνη ο Σύνδεσμος αριθμούσε 70 μέλη και οι οργανωμένες εκδρομές που πραγματοποιήθηκαν ήταν αρκετές.Σε συνεργασία με τον Σύνδεσμο Αλεξανδρούπολης εκείνη την χρονιά οργανώνουμε εκδρομή στην Καβάλα,στην Ξάνθη,στο Ιβανώφειο (την χρυσή χρονιά),στο Καυταντζόγλειο.
Μεμονωμένα όμως μέλη του Συνδέσμου ήταν στο Καραϊσκάκη στο προημιτελικό του Κυπέλλου Ελλάδος με τον Ολυμπιακό το 1995,στο ΟΑΚΑ,στο Αλεξάνδρειο,στο κλειστό της Δάφνης,στην Νέα Σμύρνη,στα Φιλαδέλφεια,στο Χαριλάου,στην Τούμπα,στους Τελικούς του ΣΕΦ και της Πάτραςστην Βιτόρια της Ισπανίας,στο Γκενιόν της Γαλλίας,στο Final 4 της Θεσσαλονίκης και της Ρώμης κ.α.
Ο σύνδεσμος αν και αντιμετωπίζει πολλά οικονομικά προβλήματα καταφέρνει και επιβιώνει.Η δύναμη του είναι 128 μέλη και αυξάνεται συνεχώς.Βοήθεια δεν έχει από κανέναν,με εξαιρέσεις κατά περιόδους.Κάθε χρόνο ο σύνδεσμος προμηθεύεται ένα σεβαστό αριθμό εισιτηρίων διαρκείας βοηθώντας έτσι μ' αυτόν τον τρόπο την ομάδα.Το Νοέμβριο του 1998 σε συνεργασία με τον Δήμο Κομοτηνής, ο Σύνδεσμος Φιλάθλων του Ηρακλή τίμησε τον μεγάλο Βασίλη Χατζηπαναγή.