@darthvasya я никогда не работал с этим симулятором, (оч хочу научиться, но никак руки не доходят) но я так понимаю, можно штатно. Не посоветуешь какой-нибудь quick-start guide для LAMMPS, помимо их официальной документации? Спасибо.
@shurakbh эээ... дело в том, что он так устроен, что так уж прям quick там не получится - я подозреваю, научиться можно только путём инкрементального поиска собственных ошибок... Поскольку у него очень богатый набор возможностей, возможностей сделать что-нибудь не так - ещё больше. Зато документация очень хороша.
@darthvasya Ясно, придется ковыряться. Мне в идеале бы найти документ, который бы описывал, что делать (по шагам, для дебилов), если у меня есть структура, скажем, нанотрубки в pdb формате и надо посчитать, скажем, теплопроводность с теми или иными потенциалами.
В LAMMPS есть возможность штатно так раскрутить, или в коде поковырялся?
shurakbh 2 months ago
@shurakbh делается с помощью команд variable и fix addforce
darthvasya 2 months ago
@darthvasya я никогда не работал с этим симулятором, (оч хочу научиться, но никак руки не доходят) но я так понимаю, можно штатно. Не посоветуешь какой-нибудь quick-start guide для LAMMPS, помимо их официальной документации? Спасибо.
shurakbh 2 months ago
@shurakbh эээ... дело в том, что он так устроен, что так уж прям quick там не получится - я подозреваю, научиться можно только путём инкрементального поиска собственных ошибок... Поскольку у него очень богатый набор возможностей, возможностей сделать что-нибудь не так - ещё больше. Зато документация очень хороша.
darthvasya 2 months ago
@darthvasya Ясно, придется ковыряться. Мне в идеале бы найти документ, который бы описывал, что делать (по шагам, для дебилов), если у меня есть структура, скажем, нанотрубки в pdb формате и надо посчитать, скажем, теплопроводность с теми или иными потенциалами.
shurakbh 2 months ago
How did you solve to show the breaking and generation of bonds in VMD? By the way nice video and cool idea :)
paddelnisttoll1 1 year ago
@paddelnisttoll1 Thank you! Maybe nice, but still completely unphysical ;)
I simply used the "DynamicBonds" representation in VMD. (Also overlaid with a transparent CPK representation.)
darthvasya 1 year ago