学術誌に掲載された腸内洗浄に関する記事のほとんどは水以外の液­体（たとえばコーヒーや過酸化水素水など）を洗浄に用いた事例で­、処置後に重大な損傷を与えた症例の報告だ。その他重大な副作用­としては電解質平衡異常、細菌感染、体液過剰、腸管穿孔などがあ­る。

全体的に腸内洗浄に否定的な証拠が多く、肯定的な証拠を示す調査­も不足していることから、アメリカ癌協会は2007年に、腸内洗­浄が癌およびその他の疾病に対する治療効果があるとする主張を信­じるべきではないという声明を発表した。