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Im Zuge der Dritten Teilung Polens wurde Krakau 1795 den Habsburgern zugeschlagen. 1809 bis 1815 gehörte es zum Herzogtum Warschau und war nach dem Wiener Kongress als Republik Krakau bis 1846 ein Kondominat unter dem gemeinsamen Protektorat seiner Nachbarn Russland, Preußen und Österreich. Nach dem Krakauer Aufstand 1846 annektierte Österreich Krakau.

Nach dem Tod Kasimirs III. des Großen 1370 kam sein Neffe Ludwig von Anjou an die Macht, der gleichzeitig auch König von Ungarn war. Nach dessen Tod bestieg die 12-jährige Hedwig 1384 den polnischen Thron als König (nicht Königin). Sie heiratete den litauischen Großfürsten Władysław II. Jagiełło (Władysław II Jagiełło) und legte damit den Grundstein für die Union zwischen beiden Staaten. Sie verstarb sehr jung 1399 und vererbte ihr ganzes Vermögen der Krakauer Universität. Ihr Ehemann Władysław II. Jagiełło besiegte 1410 den Deutschen Orden bei Tannenberg militärisch und 1416 auf dem Konzil zu Konstanz juristisch. Nach der polnisch-litauischen Union 1385 entwickelte sich Krakau als Hauptstadt einer der größten europäischen Kontinentalmächte ökonomisch, kulturell, wissenschaftlich und urban. Władysław II. Jagiełło gilt als Stammvater der Dynastie der

Seit 1150 existierte eine Lateinschule unter der Direktion des Krakauer Erzbistums, und Kasimir III. der Große (Kazimierz III Wielki) - der Sohn Władysław Ellenlangs - gründete 1364 die Krakauer Akademie (die spätere Jagiellonen-Universität), die nach der Universität Prag die zweitälteste in Mitteleuropa ist. Kasimir der Große gründete die Vorstädte Kazimierz (1335) und Kleparz (1366) und ließ die Wawelkathedrale und viele andere Kirchen im gotischen Stil umbauen bzw. neu errichten. Zu seiner Zeit kamen nach den Pestpogromen von 1348 bis 1349 besonders viele Juden nach Polen und Krakau, denen Kasimir III. weitgehende Privilegien und in der Ausweitung des Kalischer Toleranzedikts von 1265 die Religionsfreiheit sicherte. Entgegen einem weitverbreiteten Irrtum siedelten die Juden zunächst nicht in Kazimierz, sondern im heutigen Universitätsviertel um die St.-Anna-Straße.

1257 wurde Krakau nach Magdeburger Stadtrecht von Bolesław dem Schüchternen neugegründet und in der heute noch in der Altstadt zu sehenden Weise wieder aufgebaut. In dieser Zeit wurden die Marktplätze und das schachbrettartige Straßennetz der Altstadt geformt, in das ältere Fragmente, wie die Marienkirche oder die Grodzka-Straße, eingebettet wurden. Bolesław der Schüchterne und seine Frau, die Heilige Kinga, förderten den Salzabbau in Bochnia und Wieliczka untertage. Damit legten sie einen Grundpfeiler für den Reichtum der Stadt im Spätmittelalter. 1281 erfolgte der letzte große tatarische Angriff auf Krakau, den die vom Turmbläser gewarnten Bürger jedoch abwehren konnten. Das Hejnał-Signal erinnert gemäß einer modernen Legende daran, ebenso wie die Figur des Lajkonik (ein Krieger mit Steckenpferd).

kam es aber auch zum Konflikt der weltlichen mit der kirchlichen Macht in Polen, der darin mündete, dass König Bolesław II. der Kühne (Bolesław II. Śmiały), der Sohn Kasimir´ I., den Erzbischof Stanislaus in der Michaeliskirche 1079 erschlug. Stanislaus wurde zu einem der ersten Schutzpatrone Polens. Bolesław II. musste aus Polen fliehen und wurde später in Ungarn vergiftet. Sein Bruder Władysław I. Herman, der 1079 ihm auf den Thron folgte, verlegte für kurze Zeit die Hauptstadt weiter nach Plotzk. In der Plotzker Kathedrale sind Władysław Herman und sein Sohn Bolesław III. Schiefmund beigesetzt.

Unter Kasimir I. dem Erneuerer wurde Krakau 1038 Hauptstadt Polens. Kasimir verließ das von dem tschechischen Herrscher Břetislav zerstörte Gnesen, das bisher die Hauptstadt Polens war, und wählte das günstiger gelegene Krakau als Königssitz. Gleichwohl blieb Gnesen bis heute Sitz des wichtigsten polnischen Erzbistums und damit des polnischen Primas. Durch die Übernahme der Rolle als polnische Hauptstadt entwickelte sich Krakau sehr schnell im 11. Jahrhundert. Es entstanden zahlreiche Bauten im romanischen Stil, u. a. die Wawelrotunde, die Kirchen St. Adalbert und St. Andreas, das Kloster Tyniec und Norbertanki sowie der Stadtteil Okół nördlich vom Wawel um den heutigen Maria-Magdalena-Platz.

Die ersten Überlieferungen beziehen sich auf Slawen, die sich am Weichselufer ansiedelten. Im 9. Jahrhundert gehörte Krakau wahrscheinlich zeitweise zum Großmährischen Reich. In großmährischen Chroniken wird erwähnt, dass Kyrill und Method dem Herrscher der Wiślanen die christliche Taufe angeraten haben. Es ist nicht bekannt, ob dieser das Angebot annahm. Doch soll bereits zu dieser Zeit die erste Kirche in Krakau an der Stelle eines heidnischen Kultortes (heute Andreaskirche) errichtet worden sein. Im Jahre 965 wurde Krakau von dem arabisch-jüdischen Kaufmann Ibrahim ibn Jakub zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Um das Jahr 990 wurde Krakau von Mieszko I. erobert und kam damit unter die Herrschaft der polnischen Piasten.

Nach dem Gründungsmythos der Stadt errichtete Stammesfürst Krak die Stadt auf dem Wawelhügel über einer Drachenhöhle, nachdem er den dort hausenden Drachen getötet hatte. Aus dieser Zeit stammen zwei Grabhügel, in denen nach der Überlieferung Krak und seine Tochter Wanda ihre letzte Ruhestätte gefunden haben sollen. Die Hügel könnten aber auch astronomische Funktionen gehabt haben, da zur Sommersonnenwende die Sonne genau über dem einen auf- und dem anderen untergeht.

Der Wawelhügel, auf dem heute das Schloss und die Kathedrale stehen, wurde bereits seit 20.000 Jahren dauerhaft besiedelt. In der Nähe von Krakau wurde bereits in prähistorischen Zeiten Salz abgebaut. Im 5. Jahrhundert siedelte sich der westslawische Stamm der Wislanen in der Gegend um Krakau an. Die Geschichte Krakaus beginnt vor der Gründung des polnischen Staates als Hauptstadt des vistulischen Stammes.